上文谓《庄子注》之理论，颇似巴门尼底斯。但在别一方面，其理论又颇似海拉克利塔斯（Heraclitus）《庄子注》以为宇宙间各事物是常变的。《大宗师》“然而夜半有力者负之而走……”注云：

夫无力之力，莫大于变化者也。故乃揭天地以趋新，负山岳以舍故。故不暂停，忽已涉新；则天地万物，无时而不移也。世皆新矣，而自以为故；舟日易矣，而视之若旧；山日更矣，而视之若前。今交一臂而失之，皆在冥中去矣。故向者之我，非复今我也。我与今俱往，岂常守故哉？而世莫之觉，横谓今之所遇，可系而在，岂不昧哉？（《庄子注疏》卷三页十二）

巴门尼底斯与海拉克利塔斯之哲学，极端相反。《庄子注》所以对于二人之哲学，有皆似之之处者，盖《庄子注》言有只是有，乃就宇宙之全体言。言万物是常变的，乃就宇宙间之各个事物言。例如长江之水，时刻变迁，而长江之为长江则自若也。

社会亦常在变迁之中。社会中之制度，皆所以为一时之用，时过即有弊而成为废物。《天运》“其作始有伦而今乎妇女”注云：

今之以女为妇而上下悖逆者，非作始之无理；但至理之弊，遂至于此。（《庄子注疏》卷五页七十八）

《天运》“彼知颦美而不知颦之所以美……”注云：

夫礼义，当其时而用之，则西施也。时过而不弃，则丑人也。（《庄子注疏》卷五页七十）

《天运》“围于陈蔡之间……”注云：

夫先王典礼，所以适时用也。时过而不弃，即为民妖，所以兴矫效之端也。（《庄子注疏》卷五页六十八）

《天运》“止可以一宿而不可久处，觏而多责”注云：(www.daowen.com)

夫仁义者，人之性也；人性有变，古今不同也。故游寄而过去则冥；若滞而系于一方则见。见则伪生，伪生而责多矣。（《庄子注疏》卷五页七十二）

社会因必然之势而变，变则旧办法、旧制度即为“丑”、为“妖”。若时变而仍执持“丑”、“妖”，则即是不能顺自然，即是“矫效”，即是“伪”。《胠箧》“然而田成子一旦杀齐君而盗其国”注云：

法圣人者，法其迹耳。夫迹者，已去之物，非应变之具也。奚足尚而执之哉？执成迹以御乎无方；无方至而迹滞矣。（《庄子注疏》卷四页二十一）

时变则需要新办法、新制度。圣人以新办法、新制度，应新时变，正是顺自然。《秋水》“默默乎河伯……”注云：

俗之所贵，有时而贱；物之所大，世或小之。故顺物之迹，不得不殊。斯五帝三王之所以不同也。（《庄子注疏》卷六页三十）

《天地》“天下均治而有虞氏治之耶？……”注云：

言二圣俱以乱故治之，则揖让之于用师，直是时异耳。未有胜负于其间也。（《庄子注疏》卷五页二十六）

圣人因时“顺物”，因“时异”故其“顺物之迹”，“不得不殊”；要皆系“顺物”，故无“胜负于其间”。由此言之，《庄子注》并不反对道德制度，但反对不合时宜的道德制度。