1933年9月，共产国际派驻中国共产党的军事顾问李德（原名奥托·布劳恩，德国人）从上海到达中央苏区。第五次反“围剿”初期，周恩来曾经就作战方针和战役部署问题与博古、李德等人进行过多次争论，触怒了博古、李德。

11月20日，陈铭枢、蒋光鼐、蔡廷锴、李济深等人以十九路军为主力发动福建事变，反对蒋介石，蒋介石调“围剿”军入闽对付他们。12月13日，周恩来和朱德致电中革军委建议调红军主力入闽与国民党主力决战。李德等不同意红军配合十九路军作战，却将红军主力进攻国民党军构筑的堡垒线。20日，李德以统一前后方指挥为名，将周恩来、朱德调回后方，取消“前方总部”，并入中革军委机关。周恩来、朱德失去了军事指挥权。红军实际上由博古、李德指挥。周恩来曾经说自己到后方后，“李德成了总司令，我连参谋长都不如，只是一个参谋处长”。

广昌战役后成立博古、李德、周恩来组成的三人团，主要是管军事，只是徒有形式，实际是政治上由博古作主，军事上由李德做主，周恩来只是负责督促军事计划的实行。第五次反“围剿”中“左”倾错误造成的结果，是丧失革命根据地，红军不得不进行长征。

中央红军长征出发时，共有8万余人，到突破国民党军四道封锁线，渡过湘江后，只剩下约3万多人。李德的错误军事路线，有利于蒋介石的堵截，红军损失不小。蒋介石要在湘江东岸消灭红军的企图未能实现，就在红军原定计划北去湘西的路上，集中十几万兵力，布下了一个口袋，而这时博古、李德却仍命令红军按原计划去湘西与红二、六军团会合。在这个危急关头，毛泽东力主放弃原定计划，改为向敌人兵力比较薄弱的贵州前进，于是就有通道会议。

1934年12月12日，中共中央在通道临时开了一次紧急会议，有毛泽东、张闻天、王稼祥、周恩来、李德等参加。毛泽东的主张得到张闻天、王稼祥、周恩来的支持。但会后博古、李德仍坚持原计划进军。18日，红军到达黎平后，中共中央政治局召开了著名的黎平会议。会议经过激烈争论，否定了博古、李德的主张，通过了毛泽东的意见，决定中央红军不去湘西。这次会议的决议，是红军战略转变的开始，是长征路上中共中央政治局对博古、李德所犯错误的否定，是使中国共产党和红军转危为安迈出的第一步。周恩来是会议的主持者，做出了重要贡献。会后，剥夺了李德对红军的指挥权。

1935年1月，中共中央政治局在遵义召开扩大会议。会议清算了王明“左”倾路线在第五次反“围剿”和突围西征中军事指挥上的错误。会上，周恩来和与会的绝大多数人都同意毛泽东的正确主张，会议明确了红军战略战术上的是非，指出博古、李德在军事指挥上的错误，决定增选毛泽东为中共中央政治局常委，军事上由朱德、周恩来指挥，“而恩来同志是党内委托的对于指挥军事上下最后决心的负责者”。会后，中央常委分工，决定毛泽东为周恩来的军事指挥上的帮助者。

遵义会议实际上确立了毛泽东在红军和中共中央的领导地位。遵义会议后，红军四渡赤水。在渡乌江前，中共中央决定以周恩来、毛泽东、王稼祥成立三人团，指挥军事。接着，红军南渡乌江，又巧渡金沙江，终于摆脱了几十万敌军的围追堵截，取得了战略转移的决定性胜利，并为长征的胜利奠定了基础。(www.daowen.com)

中央红军在长征过程中，发生两件大事，一件是召开了遵义会议，另一件是中共中央和张国焘的北上和南下之争。

1935年6月12日，红一方面军先头部队一军团第二师第四团，在夹金山、达维之间与红四方面军第九军第二十五师第七十四团胜利会师。这时，南面是蒋系薛岳部队紧追；东面是众多的四川地方部队，派系庞杂，但与红军为敌是一致的；北面是胡宗南部队驻守松潘等地阻拦，但兵力尚未集结，西面是人迹罕至的高山地区。红军会合后，兵力10多万，下一步向何处，是关键问题。6月26日，中共中央政治局在两河口召开会议，周恩来在会上作“目前战略方针”的报告。他阐述了在松潘、理县、茂州一带不利于红军久驻，必须北上到川陕甘建立根据地的理由，并指出向南不可能，敌人已占夹金山以南地区，向东也不可能，敌人已在东面集结130个团兵力；向西条件更难，只有北上才是出路。中共中央所有领导人，包括张国焘在内，都同意这个意见。但是会后，张国焘以种种借口，拖延北上。8月上旬开始，周恩来积劳成疾。20日，中共中央在毛儿盖召开会议，由毛泽东作报告，报告仍坚持北上方针，红军主力要北出洮河流域，取得甘陕广大地区。这以后，张国焘发展到企图危害中央的地步，中共中央决定率红一、红三军团立即北上。到哈达铺后，中共中央得知陕北有刘志丹、徐海东领导的红军，有革命根据地存在，决定率红军落脚陕北。

实践证明，北上是正确的。红一、三军团到达陕北，和当地红军会合后，进行了东征和西征。从1935年10月到1936年7月这10个月中，红军扩大了130%，缴获枪支7 000多支，筹得抗日经费40多万元，攻下县城7座，扩大苏区90余万平方公里。革命根据地的面积扩大到东西长1 200余里，南北600余里，南抵陕西耀县，西南至泾川、长武，西抵甘肃庆阳，西北达靖边，东达黄河，北过长城与蒙古族取得联系。陕南游击队也十分活跃。

1935年11月3日，中共中央常委会在陕西甘泉县下寺湾召开，研究常委分工问题。张闻天主张军事方面由毛泽东负责，周恩来只负责组织局不管军事。这次，是毛泽东挽留周恩来仍做军事工作。毛泽东提出，军委主席由周恩来担任，自己可以当副的。周恩来说，自己是愿意从事军事工作的，但军事领导应以毛泽东为主。毛泽东又说，关于军事领导，指挥军事，恩来都是较通的。会议决定成立西北革命军事委员会，毛泽东为主席，周恩来、彭德怀为副主席，周恩来还负责组织局的工作。

从此，周恩来长期担任军委副主席，和军委主席毛泽东，数十年间在军事上始终亲密合作。