1946年6月底，国民党统治集团撕毁停战协议，向解放区发动了全面进攻。蒋介石击碎了中国老百姓渴望安定、向往太平的美梦，中国面临着两个命运、两种前途。

内战打了八个月，一较量，结果蒋介石不但没有占到便宜，反而吃了亏。在全国战场上，中国人民解放军共计歼灭国民党军71万余人。

无奈之中，蒋介石只好改变战略。自1947年3月起，被迫放弃全面进攻。在晋冀鲁豫、晋察冀、东北等战场上转取守势，抽调兵力对南部战线的两翼——山东和陕北战场，实施重点进攻。用蒋介石的话来说，一是攻击共军主力，一是攻击共军发号施令的首脑机关。

1946年11月16日，周恩来在回延安的前三天，向中外记者宣告：国民党军队如进攻延安，中共将被迫从边区打出来，那就是全国变动的局面。中共只要紧靠人民，为人民服务，必能成功。中共“愿同中国人民及一切真正为民主而努力的党派，为真和平真民主奋斗到底”。

中共中央在作了保卫延安的军事部署的同时，也作了放弃延安的准备。

1947年2月18日，周恩来和刘少奇、朱德、彭德怀等迁到枣园后沟，开始组织清理文件，坚壁清野。他召集会议，要求中央办公厅对重要档案材料提前转运，与新华社负责同志研究广播电台的转移方案，安排中央与各地秘密无线电台的通讯联络，等等。3月8日晚，周恩来当面交代7日从南京刚回来的童小鹏和罗青长，马上建立一个联合秘书处，专门从事同蒋管区的电台联系。

3月10日，胡宗南宣布进攻延安的作战计划。3月11日，国民党军的飞机开始轰炸延安。毛泽东和周恩来等搬到延安王家坪解放军总部办公。当天，彭德怀回到延安，向毛泽东、周恩来报告了前线的情况。当即进行了研究，决定彭德怀和习仲勋到前线指挥西北人民解放军作战。8月，周恩来代理军委总参谋长职务。(www.daowen.com)

周恩来任军委总参谋长，这在周恩来革命的生涯中还是第一次。历史的发展证明，作出这样的安排是正确的。

在周恩来兼代总参谋长期间，他协助毛泽东擘画和指挥了这场东起胶东半岛，西至天山南北，由东北长春到南海之滨的广东，相去万里、历时4年的革命战争，取得了举世震惊的胜利。

决定中国命运的三大战役就倾注了周恩来的大量心血，他不仅是组织者和实施者，他还是英明的战略决策者，一些令人钦佩的作战方针就出自于他。1947年6月30日夜，人民解放军晋冀野战军横渡黄河天险南下。这是中国人民革命军队20年来第一次向国民党反动派发动战略进攻。这个作战方针，是周恩来提出来的。早在1946年6月，蒋介石发动全面内战已经势不可免，和平已经没有希望。这个月中旬，周恩来和几位友好的爱国人士商谈国内军事态势后，18日，他给中共中央去电提出：“我如以两支强兵南下，一插津浦路东，一插路西，直抵江边，京沪局势必将大乱。”

这是大军南下、中原突破这一战略的最初提出。这个意见得到中央的重视和接受，接下来就是做好准备和什么时候实行的问题了。

1946年6月下旬，虽然蒋介石已经发动全面内战，但是广大中间人士对和平仍然存在着幻想，周恩来必须彻底揭露蒋介石不要和平、坚持内战的真面目。到10月11日，国民党军攻占解放区的大城市张家口，和谈已经破裂，而第三方面人士仍然害怕破裂；国民党提出要很快召开“国大”，中共则要争取第三方面人士中的大多数不参加“国大”以孤立蒋介石。在这样的形势下，10月15日，周恩来给中共中央去电报提出：“在军事战略上应与政治相配合”。他主张“在‘国大’前后，还不宜打出来，主要仍在解放区作战，易于歼敌”。