1.芽孢形成菌—芽孢杆菌属（Bacillus）和梭菌属（Clostridium）

革兰氏阳性菌中有两个大的分支，即厚壁菌门（Firmicutes）和放线菌门（Actinobacteria）。厚壁菌门是单细胞并有低的（G＋C）mol%，而放线菌门可形成菌丝体并有高的（G＋C）mol%。厚壁菌门中芽孢杆菌属和梭菌属含有许多不同的种类，并以土壤腐生菌而闻名，但它们也是海洋沉积物中的主要菌群。有些种类因为最初是从海洋沉积物中分离出来而被命名，如海洋芽孢杆菌（Bacillusmarinus）。目前对于它们的丰度和分布仍知之甚少，在海洋中可能还有许多种类有待发现。它们最独有的特征是能产生有极大抗逆性的芽孢，使它们能够抵抗高温、射线和干燥，芽孢可能存活几千年。芽孢杆菌属一般是好氧的，但梭菌属是严格厌氧的。梭菌属有多种发酵途径，因此可形成有机酸、乙醇和氢气。有一些种类能有效地固氮。梭菌属在无氧海洋沉积物的分解和氮循环中起主要作用。肉毒梭菌（Clostridium botulinum）在鱼类产品中可产生肉毒素。

2.其他的厚壁菌门细菌

葡萄球菌属（Staphylococcus）、乳杆菌属（Lactobacillus）和李斯特氏菌属（Listeria）是好氧或兼性厌氧、接触酶阳性的球菌和杆菌，有典型的呼吸代谢。它们偶尔可在海洋样品中分离出来，可能成为鱼类腐败和食物中毒的重要因素。(www.daowen.com)

3.放线菌门

放线菌是细菌中较大的和变化多样的类群，也有高的（G＋C）mol%。它们的细胞形态多样，从棒状（球棒状）（如棒杆菌属Corynebacterium和节杆菌属Arthrobacter）到带有分生孢子的分枝丝状（如链霉菌属Streptomyces和小单孢菌属Micromonospora）都有。放线菌广泛分布于海洋沉积物中。由于它们在土壤中的丰度很高，所以沿岸沉积物中的放线菌很有可能来自于陆地的土壤流失，然而在深海样品中也发现有放线菌。海洋种类中只有红球菌属中的海生红球菌（Rhodococcusmarinonascens）已经培养出来并对其进行了详细的研究，但是16S rDNA的研究表明海洋放线菌的种类是多种多样的。它们的主要生态学意义是起分解作用和参与异养营养素循环，因为它们可以产生胞外酶分解多糖、蛋白质和脂类，放线菌也是次级代谢产物的重要源泉。许多应用很广泛的抗生素都来自于放线菌，但来自于海洋的极少。一些制药公司正在调查海洋放线菌的多样性，并在鉴定一些有生物工程学潜在价值的独特化合物。