信号转导的一个共同特性是一个能使蛋白质磷酸化的蛋白激酶活性的最终调节。我们已经讲过，被cGMP、cAMP、胰岛素、Ca2+-钙调蛋白、Ca2+-二酰甘油、激活的Ras，以及通过其他蛋白激酶的磷酸化作用而激活的激酶。自从1959 年G. Krebs 和Edmond H.Fischer 发现蛋白激酶以来，蛋白激酶的数目迅速增长。酵母基因组编码了约120 种不同的蛋白激酶，占了其全部基因的2%。其他真核生物可能至少也含有这么多的蛋白激酶基因，每种都有它特异的激活剂和蛋白靶。

蛋白激酶和磷酸酯酶的定位影响对靶蛋白的特异性。有几种类型的蛋白激酶和磷酸酯酶定位于特异的亚细胞区域，通过一靶蛋白使它们与其蛋白底物非常靠近。例如，催化和调节骨骼肌中糖原合成和分解的酶类，紧密地与糖原颗粒（Glycogen granules）结合。蛋白磷酸酯酶1（PP-1）是此调节机器的一部分，它将磷酸基从糖原合酶和磷酸化酶激酶的（P）-丝氨酸和（P）-苏氨酸残基上移去，使cAMP-依赖性蛋白激酶（PKA）的调节效应发生逆转。PP-1 有两个亚基：催化亚基（C）和RG-亚基，RG-亚基能使C-亚基与糖原颗粒结合，保证其容易与PP-1 去磷酸化的底物接近。(www.daowen.com)

靶亚基也可使某些蛋白激酶靠近它们的底物。PKA 的R-亚基与A 激酶锚定蛋白（A kinase anchoring proteins，AKAPs）的靶蛋白家族紧密相连。人们认为，每种AKAP 把PKA锚定在细胞的特定区域，如线粒体、高尔基体、内质网、核基质或分泌颗粒，很可能与PKA的重要蛋白质底物非常靠近。这样的PKA 定位，与局部定位的腺苷酸环化酶和磷酸二酯酶活性所产生的[cAMP]的空间梯度结合，可能提供了一个在同一细胞中几种PKA 底物分别进行调节的机制。蛋白激酶C 的各种同工酶也通过与活化C 激酶受体（Receptors for activated C kinase，RACKs）或C 激酶互作蛋白（Proteins that interact with C kinase，PICKs）的锚蛋白的相连，而定位在不同的区域。