那么危机从何而来呢？主要“责任”依然是那个无辜的“主体”。前文有提到，主体主义带来自我意识的觉醒，它通过主客二元对立树立自我主体作为第一性的意义。这种自我主体性的认识，一方面意味着与中世纪人作为上帝的造物的认识的决裂，是一种积极的进步，但另一方面，它又产生了另一种类型的弊病：人作为世界的表象者，他是第一性的，是主体，这使他在与世上万物的关系这个问题上成为“中心”，成为一切客体（包括被客体化了的主体）无论是在存在方式上，还是在真理方式上都必须以之为根据的东西。

笛卡尔通过宣布“我思，故我在”，树立了西方哲学认识论对主体性的强调，但同时也开启了主客二元对立的认识论起点。笛卡尔正是在揭示思维活动就是思维自我反思（即我把我当作考察、认识的对象）这一本性的过程中确立了自我意识在哲学中的地位，并在实际上揭示出自由思想自身反思所确立的那个不可怀疑、无法驳倒的“我思”（自我意识）是一种绝对的、无限的“存在”。因为，这时的“我思”就是“作为思想的思想”，就是纯思想（纯粹思想）、思想本身。

对于这种主客二元对立的主体主义危机，胡塞尔在《欧洲科学的危机与超越论的现象学》的手稿中论述了这个核心问题。胡塞尔谈这个问题是为了阐明其现象学对主体主义的超越，但前文也说了，今天看来，这只不过是延伸出后现代之“无主体的主体主义”。虽然如此，胡塞尔对此前主体主义带来的科学危机还是谈得很深入，在谈到“科学的普遍性的新理念在数学的改造中有其起源”时，胡塞尔首先指出伽利略将自然数学化。

胡塞尔指出，早在伽利略那里就已发生的一种最重要的事情，即以用数学方式奠定的理念东西的世界暗中代替唯一现实的世界，现实地由感性给予的世界，总是被体验到的和可以体验到的世界——我们的日常生活世界。而这种趋势，胡塞尔将其再次落笔到笛卡尔身上，他说：“从笛卡尔开始，新的理念就支配着诸哲学运动的整个发展，并且成了所有这些运动相互间对立的内在动因。”

胡塞尔预兆到这种“数学和数学的自然科学”在知识论和认识论中将带来的严重危机，而这种知识论的危机如果不纠正，必然使科学方法误入歧途，他说：(www.daowen.com)

“数学和数学的自然科学”这种理念的外衣，或不这样说，而说成符号的外衣，符号—数学理论的外衣，包含所有那些在科学家和受过教育的人看来是作为“客观的现实和真正的”自然而代表生活世界，装饰生活世界的东西。理念的外衣使我们将只不过是方法的东西认作是真正的存在，——而这方法在这里是为了通过处于无限前进过程中的“科学上的”预见，修正在生活世界中现实体验到的东西和可能体验到的东西内部原初唯一可能的粗糙的预见的。也就是说，这种理念的装饰使方法、公示、理论的真正意义成为无法理解的，而且在方法是朴素地形成的情况下从未被理解过。

通过对“数学和数学的自然科学”这种理念带来的后果（危机）的剖析，胡塞尔指出，二元论（主体主义哲学）是理性问题不可理解的原因，是科学专门化的前提，是自然主义心理学的基础。在此基础上，胡塞尔提出要超越这种“实证科学的成功及其心理学主义的解释自慰”就必须冲破这种“理念的超越论动机”。

总结来说，主体主义的危机涉及的关键是：从哲学到各门具体学科的研究范式开始变味为一场以“数学和数学的自然科学”为修辞学的形式主义。如果我们看到这个主体主义始料未及的后果，就不难理解，诞生于20世纪初，最早以并不那么入流的社会学、心理学甚至工程学一般理论为“基石”的传播学，何以在今日越走越窄；虽然其研究问题越来越杂，但是越来越难以纲举目张。而最为紧迫的是其自身学科的合法性受到的越来越多的质疑。