北洋大学堂（天津大学前身）、四川中西学堂（四川大学前身）、京师大学堂（北京大学前身）等十八所研究对象高校的建校时间在清末。各大学结合政府的政策法规和本校实际情况，在体育制度方面进行了探索，为中国大学体育制度的发展做出了开拓性贡献。这个时期大学内部体育制度主要体现在体育教学制度方面。值得特别强调的两个事件是：首先，体操作为体育课内容被明确写入《山东大学堂试办章程》，这是在《钦定学堂章程》颁布前一年的1901年，这是制度上的认可与正名，具有开创性的意义。其次，在课外体育活动制度方面，南洋公学出现了最早的“强迫运动”。由于在19世纪末，学生对西方体育非常陌生，所以在相关专家与学者的洋教习的推动下采取了强迫锻炼的方法。清末是国内大学的初创时期，大学开始设置“体操”课，并且将体操明确写入大学管理制度。1899年始，南洋公学宣布“体育一事与中西各课一律并重”，聘请专任教师主持体育锻炼。

据《商部上海高等实业学堂章程》规定，商业专科在第二学年和第三学年设兵式体操课，共四个学期。成立于1898年的京师大学堂，不仅是一所学校，还兼具国家教育行政机构的职能属性。当其依据《钦定京师大学堂章程》将“体操”列入必修课程时，对全国学校体育的示范和推动作用是巨大的。作为教会学校，东吴大学自创办之初就非常注重体育运动对于学生身体健康的促进作用，认为“体育之功能与德育并重”。首任校长在《东吴大学堂试办章程》中指出：“每日临晚，散学后一例体操，以舒气血。体操器具由本学堂置备。”《东吴大学堂试办学规》第一条规定：“每日七点钟起身……四点半散学，四点三刻体操。”类似规定的范例还可以列举很多，在很多大学的章程中都可以找到“体操”的相关规定。大学章程是一所大学的最高等级的管理制度，能够在其中写入体操课的规定，充分说明当时大学对体育的重视程度。在国家危亡的特殊历史时期，体操课“强种强国”的功用被放大，某种程度上成为人们希望的寄托，从国家到大学层面制度中对体操的重视也就在情理之中了。(www.daowen.com)