崇禎元年（1628），孔胤植、吕兆祥編撰《聖迹圖》時，孔子《聖迹圖》已有四種版本，已經形成了較爲固定的圖譜系統。第一种是明正統九年（1444）的張楷本系統，二十九事；第二种是成化二十一年（1485）的何珣增補本系統，三十八事；第三种是萬曆十七年（1589）的吴嘉謨《孔聖家語圖》本系統，四十圖；第四种是萬曆二十年（1592）的孔廟聖迹殿石刻系統，一百一十二圖。比較上述各系統類型我们可知，崇禎二年（1629）孔胤植、吕兆祥新輯的《聖迹圖》明顯受到何珣增補本的影響（參見附表：孔胤植新輯《聖迹圖》來源及順序對照表）。孔府現在所藏的明成化、弘治年間彩繪《聖迹圖》三十六幅，也屬於何珣增補本系統。但據清人題跋可知，此彩繪本是在清雍正以後纔入藏孔府的，自然不可能是新輯《聖迹圖》的直接參考資料。[4]

孔胤植、吕兆祥新輯的《聖迹圖》有至聖先師贊、禱尼山圖、麟吐玉書圖、二龍五老圖、空中奏樂圖、爲兒戲圖、爲委吏圖、昭公賜鯉圖、爲乘田吏圖、學琴師襄圖、問禮老聃圖、在齊聞韶圖、晏嬰阻封圖、退修詩書圖、爲中都宰圖、誅少正卯圖、齊魯會夾谷圖、歸田謝過圖、墮三都圖、齊人歸女樂圖、孔子去魯圖、圍匡圖、擊磬圖、同車次乘圖、習禮樹下圖、臨河而返圖、靈公問陣圖、子路問津圖、在陳絶糧圖、子西阻封圖、西狩獲麟圖、删述六經圖、天降赤虹圖、夢奠兩楹圖、子貢廬墓圖、漢高帝祀太牢圖，共計三十六幅。新輯的《聖迹圖》雖稱聘請高手重新繪製，但構圖與何珣增補本系統的《聖迹圖》基本相同，并無多少創新之處。選題與何珣增補本系統的《聖迹圖》幾乎相同，但少“微服過宋”“楛矢貫隼”“作歌丘陵”三圖。新輯的《聖迹圖》看似“新增”的“歸田謝過圖”“孔子去魯圖”其實沿襲的也是舊圖。張楷《聖迹圖》、何珣增補本《聖迹圖》中的“夾谷會齊”與“受樂遄行”都是一事兩圖，新輯的《聖迹圖》不過是將兩者分别獨立爲“齊魯會夾谷圖”“歸田謝過圖”與“齊人歸女樂圖”“孔子去魯圖”而已。

首先，與何珣的增補本相比較，新輯《聖迹圖》三十六圖的時間順序稍有不同。何珣增補本的“適衛擊磬”位於“醜次同車”“宋人伐木”“微服過宋”之後，主張事在孔子第二次入衛時。新輯的《聖迹圖》置“擊磬圖”於“同車次乘圖”之前，意味着編者認爲此事與“同車次乘”同時，甚或不承認孔子有在此入衛之舉。其次，對孔子著《春秋》的具體時間，兩者看法不一。何珣增補本《聖迹圖》的排列順序是“退修詩書”“跪受赤虹”“西狩獲麟”。《太平御覽》引《搜神記》曰：

孔子作《春秋》制《孝經》既成，斋戒告天。天降赤虹，化爲黄玉，長二尺，上有文。

這意味着編者贊成西狩獲麟而《春秋》絶筆。新輯《聖迹圖》的排列順序則是“西狩獲麟圖”“删述六經圖”“天降赤虹圖”，意味着編者認爲孔子在西狩獲麟後發憤而著《春秋》。

孔胤植新輯的《聖迹圖》最明顯的特點就是舍弃了《孔聖家語圖》《聖迹之圖》以四字为標題的傳統，爲每幅圖都起了三至七字不等的畫題，且畫題最後一字爲“圖”。新輯的《聖迹圖》有序事而無贊詞。序事分三部分：首先是孔子事迹的紀年，除了前三幅圖（“至聖先師贊”“禱尼山圖”“麟吐玉書圖”）和後兩幅圖（“子貢廬墓圖”“漢高帝祀太牢圖”）之外，統一以“魯公××年干支，孔子××歲”的格式開頭。然後是序事，多爲摘抄典籍（如《史記》《孟子》《孔子家語》）中的固定詞句而成。最後是新添加的箋注，多爲地理名物注解。如“誅少正卯圖”：

魯定公九年庚子，孔子年五十一歲，由大司寇攝朝政，七日而誅亂政大夫少正卯於兩觀之下。子貢曰：“夫少正卯，魯之聞人也。今夫子爲政而始誅之。或者爲失乎？”孔子曰：“天下有大惡五而盗竊不與焉。心逆而險，行僻而堅，言僞而辯，記醜而博，順非而澤，五者有一於此，則不免於君子之誅。而少正卯兼有之。其居處足以撮徒成黨，其談説足以飾褒榮衆，其强禦足以反是獨立。此乃人之奸雄者也，不可以不除。”兩觀臺，在曲阜縣東南，今有石刻。(www.daowen.com)

孔子事迹的紀年當爲孔胤植根據孔府舊有的年表重新考訂，據此排列三十六幅繪圖的順序。序事部分全部節録自經史典籍，也無新鮮之處。

新輯《聖迹圖》最有特色的地方當爲地理名物箋注。對照可知，新輯《聖迹圖》的箋注全部出自吕元善《聖門志》卷五“聖賢遺迹”[5]（表1）。

表1　新輯《聖迹圖》箋注与《聖門志》“聖賢遺迹”对照表

（续表）

對比可知，新輯《聖迹圖》的地理名物箋注應該出自吕兆祥之手。吕氏考證多以傳説和明代遺迹爲據，没有多少可信度。“在陳絶糧圖”箋注中整篇引用王禹偁的“厄臺銘”，難免煩瑣之嫌。

孟久麗説：“孔胤植在吕維袺（卒於1643年）的幫助下轉録了這些文字，并且委托一位技藝高超的‘不失聖賢氣韵’的大師爲之作圖。”[6]注中解釋説“吕維袺”的哥哥是更加著名的吕維祺，顯然是將吕兆祥誤認成了“吕維袺”。吕維祺（1587—1641）、吕維袺兄弟與吕元善、吕兆祥父子生活時間上有交叉，但前者是河南新安人，後者爲浙江海鹽人，同姓并非同族。