1908年至1909年間，章太炎相繼與劉師培、孫中山等盟友分道揚鑣，同時《民報》被禁，他逐漸淡出了革命舞臺，治學、講學又成爲其人生的主要活動。這使得他在辛亥革命之前有時間對過去的學術與思想進行總結、反思，主要結晶便是《國故論衡》與《齊物論釋》兩部“精心結構”之作。章太炎在辛亥革命前夕所作的《佛學演講》一文，其實是對《齊物論釋》這部“以佛解莊”之作旨趣的闡述。章太炎在演講中指出，佛學是“出世間法”，其“世間法”不足，而老莊的“出世間法”與佛學一致，同時兼有“世間法”：“大概世間法中，不過平等二字，莊子就唤作‘齊物’，并不是説人類平等，衆生平等，要把善惡是非的見解，一切打破，才是平等。原來有了善惡是非的見（解），斷斷没有真平等的事實出來……就使維摩詰生在今日，必定也主張這種議論，發起這種志願，斷不是只説幾句慈善事業的話，就以爲够用了。若專用佛法去應世務，規画總有不周。若藉用無政府黨的話，理論既是偏於唯物，方法實在没有完成。唯有把佛與老莊和合，這纔是‘善權大士’，救時應務的第一良法。至於説到根本一邊，總是不住涅槃，不住生死，不著名相，不生分别。”[31]佛學作爲“出世間法”，對於世間的現實問題經常“只説幾句慈善事業的話”，因此“規画總有不周”。老莊亦能體得“不住涅槃，不住生死，不著名相，不生分别”，即佛學“無我”之義，却能應機説法，“齊物論”中便有充分的體現。“齊物論”主張不齊而齊，是把心識所生之虚妄分别即“善惡是非的見解，一切打破”，因而是絶對的平等。所以“唯有把佛與老莊和合”，纔能“救時應務”。章太炎自謂平生學問“得於憂患者多”[32]，可見“實踐”纔是他思想發生變化的决定性原因。他在辛亥革命前夕由提倡佛學進而倡導王學、莊學，之後在民國初年以佛、莊證孔，建構“新孔學”的義理體系，晚年走向尊孔，一系列轉變的主要原因皆在於他政治實踐所生之“憂患”。

在1916年完成的《菿漢微言》中，章太炎對自己辛亥革命前後學術思想的轉變歷程加以抽象概括：“自揣平生學術，始則轉俗成真，終乃回真向俗。”[33]“真”“俗”爲佛學用語，“真”即出世間，“俗”即世間。“回真向俗”是指賦予“俗”以“真”的維度，從而證得“真俗平等”之義。如果説《齊物論釋》是章太炎“‘回真向俗’的原理起點”[34]，那麽以佛、莊證孔就意味着“回真向俗”的最終完成。“回真向俗”主要發生於章太炎民國初年被袁世凱軟禁期間，他對此有較爲具體的描述：“癸甲之際，厄於龍泉，始玩爻象，重籀《論語》，明作《易》之憂患，在於生生，生道濟生，而生不可濟。飲食興訟，旋復無窮。故唯文王爲知憂患，唯孔子爲知文王。《論語》所説，理關盛衰，趙普稱半部治天下，非盡唐大無譣之談。又以莊證孔，而耳順絶四之指，居然可明。知其階位卓絶，誠非功濟生民而已。”[35]對於“《易》之憂患”，章太炎解釋道：“‘大哉乾元，萬物資始’，此固阿賴邪（现多作‘耶’——編者注）之徵；‘至哉乾元，萬物資生’，即無明爲緣生第一支也。無明無往不在，而末那我痴即是無明本體。且坤卦言‘先迷後得主’，迷者，無明不覺之謂。依如來藏，有此不覺，不覺而動，始爲阿賴邪識，以爲自我，故曰‘後得主’。以其恒審思量，故《傳》曰‘後得主而有常’；以其執持人法，故《傳》曰‘含萬物而化光’，明萬法依是建立也……末那執阿賴邪以爲我相，爲因緣，猶如束蘆，即生生之本矣。”[36]佛教主張萬法唯心，心即“真如”，“真如”即覺悟之性，又名“圓成實性”“如來藏”。章太炎認爲“真如”作爲世界的本體不能自我認識，所以“真如”本身就是無明。因爲無明，所以産生阿賴耶識，阿賴耶識作爲“藏識”包含了世間萬法的種子，恒轉如瀑流。章太炎立足於“唯識”學的“三性”“八識”創造了整個世界。“八識”包括阿賴耶識、末那識（意根）两識和意、眼、耳、鼻、舌、身六識。“三性”是指遍計所執自性、依他起自性和圓成實自性。遍計所執自性由意識所執而成，即認爲名言是真實存在的；依他起自性由阿賴耶識、末那識两識和眼、耳、鼻、舌、身五識構成，産生了世間萬有；圓成實自性就是“真如”本體和“真如”境界。末那識執着阿賴耶識爲我，所生我見、我愛、我慢、我痴四大煩惱心即爲衆生煩惱之根源，種子不斷，幻我不滅，煩惱就不會消除。所以説，“《易》之憂患，在於生生”。一旦證得“無我”，即是達至“圓成實自性”之善境。

孔子晚年喜讀《易》，并爲之作傳，因而他也知“《易》之憂患”。章太炎認爲《論語》寄托着孔子之“憂患”：

余其未知羑里、匡人之事！夫不學《春秋》，則不能解辮髮，削左衽。不學《易》，則終身不能無大過，而悔吝隨之。始玩爻象，重籀《論語》諸書，臩然若有寤者，聖人之道，罩籠群有，不亟以辯智爲賢。上觀《周易》，物類相召，勢數相生，足以彰往察來。審度聖人之所憂患，與其卦序所次時物變遷，上考皇世而不繆，百世以俟後王群盗而不惑。洋洋美德乎！誠非孟、荀之所逮聞也。諸所陳説，列於《論語》者，時地異制，人物異訓，不以一型錮鑄，所謂大道固似不肖也。[37]

“不亟以辯智爲賢”是指孔子不像佛、老、莊那樣對“道”進行形而上學的建構，而是以實用主義的態度參與社會實踐。“不以一型錮鑄，所謂大道固似不肖”是指孔子以“無我”爲道之本體，不爲人間設置絶對的律令法則。正因爲如此，孔學纔具有無限的開放性與包容性，纔能“罩籠群有”。

在《菿漢微言》中，章太炎對《檢論·訂孔下》所言孔子之“大道”進行了形而上學的建構。他認爲孔子“絶四”即爲孔子的“大道”之體現：“子絶四：無意，即末那不見；無必，即恒審思量不見；無固，即法執、我執不見；無我，即人我、法我不見。意根、末那，我見之本也。恒審思量，思此我也。一切固執，執此我也。是故，意爲必固所依，我爲意之所見。絶四則因果依持，皆已排遣。”[38]“意”即末那識、意根，“必”是指末那識恒審思量，總是執着阿賴耶識爲我；我有兩種，即人我、法我；固執人我、法我爲實體的見解，即人我執、法我執。“意爲必、固的依止者，我由意之妄執而生，四者互爲因果、彼此依持，‘絶四’則將意必固我及其因果關係，悉皆排遣……”[39]“克己”“坐忘”與“絶四”同義：“依何修習而能無意無我？顔回自説坐忘之境，仲尼曰：‘同則無好也，化則無常也。’一切衆生本無差别，是之謂同。知同，故能無好；能無好，而我愛遣除矣。結生流注本是遞嬗，是之謂化。知化，故達無常；達無常，而我見我癡遣除矣……凡人皆有我慢，我慢所見，壹意勝人，而終未能勝己，以是自反則爲自勝。自勝之謂‘克己’，慢與慢消，故云‘復禮’。我與我盡，性智平等見前，此所以‘爲仁’也。”[40]衆生同一真如、同一阿賴耶識，所以是“本無差别”；坐忘、克己皆爲破除我見、證得“無我”即“爲仁”之義。如黄燕强所言，章太炎的解釋體現出他對宋明理學“工夫所至即是本體”這一理念的認同。(www.daowen.com)

“以莊證孔”是指孔子“忠恕”即爲莊子“齊物”之義：“道在一貫。持其樞者，忠恕也。躬行莫先，而方迻以为學，則守文者所不省已。心能推度曰恕，周以察物曰忠。故夫聞一以知十，舉一隅而以三隅反者，恕之事也。夫彼是之辨，正處正色正味之位，其侯（候）度誠未可壹也。守恕者，善比類。誠令比類可以遍知者，是絜榘（矩）可以審方圓。物情之紛，非若方圓可以量度也。故用榘（矩）者困，而務比類者疑。周以察物，舉其徵符而辨其骨理者，忠之事也。故疏通知遠者恕，文理密察者忠……體忠恕者，獨有莊周《齊物》之篇，恢恑譎怪，道通爲一。三子之樂蓬艾，雖唐堯不得更焉。”[41]章太炎將解釋的重點放在“忠”上，“周以察物曰忠”即要體察对象的特殊性，而做到這一點就需要“無己”即“無我”，只有證得“無我”纔能將一己之偏見完全摒除，他者之自性纔能客觀地顯現出來；進而推及衆生萬物各有自性，并無“正處正色正味”，就會在與他者相处时做到尊重他者，達到“人各付人”“人我畢足”“各盡其性”的和諧狀態，此即“恕之事也”。如李智福所言，章太炎所解避免了傳統“有己”之“忠恕”可能造成的“以己出發而强以彼合己，從而忽視‘己之外’之他者存在的多樣性、差異性和豐富性，以己矯彼，以我奪人，結果恰恰會戕害他者存在的自然權利、個體自足性，這樣，以忠恕出發而走向忠恕之反面”[42]。莊子“齊物論”的第一步就是“喪我”，章太炎認爲“喪我”即爲佛學“無我”之義，“齊物”因此與“忠恕”同義。

“新孔學”的義理體系建構完成之後，章太炎提出：“文、孔、老、莊，是爲域中四聖，冥會華梵，皆大乘菩薩也。”[43]他又從“出世間法”與“世間法”即真與俗兼備的角度將文、孔、老、莊并稱爲“域中四聖”“大乘菩薩”：辛亥前，出於“救時應務”的需要，章太炎在佛學、莊學“出世間法”相通的前提下轉而提倡兼具“世間法”的莊學。同理，“四聖”相較，占據中國传统社會思想正統地位兩千多年的孔學，顯然在“世間法”的維度上更爲優勝，這預示着由“四聖”并尊轉爲獨尊孔學，必然是章太炎民國初年思想發展的最終趨向。從這一角度來看，章太炎建構“新孔學”義理體系的意義正在於爲孔子的“世間法”即人本主義道德政治觀賦予了超越的維度，亦即哲學上的根據。

章太炎曾立足於“出世間法”來闡釋中國聖哲的“世間法”：“以直心正趨真如，以深心樂集善行，以大悲心拔一切衆生苦，此千聖之所同也。若其别願，則有異矣。夫拔一切衆生苦者，謂令入無餘涅槃，此乃終局目的耳，中途苦痛固亦多端。於是西方諸聖，有發願令地平如掌者矣，有發願以方藥療病者矣，此其别願，固不必同。而此土聖哲，悉以經國寧民爲其别願。欲經國寧民者，不得不同於世俗社會，有斃以術矯之，其迹又或近偏，非徒與佛家儀則不同，乃與自内證知亦異。”[44]“以直心正趨真如”即“以經國寧民爲其别願”的哲學根據，“以經國寧民爲其别願”的典型便是孔子。章太炎在《駁建立孔教議》一文中指出，孔子以“以經國寧民爲其别願”是隨順國民性的結果：“國民常性，所察在政事日用，所務在工商耕稼。志盡於有生，語絶於無驗。人思自尊，而不欲守死事神，以爲真宰，此華夏之民，所以爲達。視彼佞諛上帝，拜謁法皇，舉全國而宗事一尊，且著之典常者，其智愚相去遠矣！”[45]中國百姓執着於“政事日用”“工商耕稼”，且“人思自尊，而不欲守死事神”，孔子便“以百姓心爲心”，在“經國寧民”的實踐中形成了人本主義道德政治觀。“《論語》所説勝義，大抵不過十許條，其餘修己治人之術，乃在隨根普益，不主故常，因情利導，補救無盡。”[46]《周易》《論語》雖有涉及“出世間法”的内容，但主要内容則是“世間法”，體現出孔子“經國寧民”“修己治人”的人本精神。

1916年夏，章太炎重獲自由，并隨即投身到反對北洋政府獨裁專制的政治鬥争中，親身的政治實踐使他對孔學的救世價值更加確信：“從前傾倒佛法，鄙薄孔子、老、莊，後來覺得這個見解錯誤，佛、孔、老、莊所講的雖都是心，但是孔子、老、莊所講的究竟不如佛的不切人事。孔子、老、莊自己相較，也有這樣情形。老、莊雖高妙，究竟不如孔子的有法度可尋，有一定的做法。”[47]“有法度可尋，有一定的做法”即指孔學的“修己治人”之法。章太炎晚年從政治運動中抽身之後，便將“修己治人”作爲孔學的宗旨，大力提倡尊孔讀經，即屬於其“新孔學”義理體系在現代中國的具體展開。