對於孔子的政治與道德方面的思想，章太炎的態度在1900年前後有一種明顯的轉變。在維新變法時期，章太炎對孔子的政治思想的闡釋明顯受到康有爲的影響，也以“素王改制”來定位孔子，但他的闡釋比康有爲更客觀、理性，并無神秘主義色彩。章太炎認爲孔子變法改制針對的只是魯國的國情，并非爲萬世立法，孔子也并不是“托古改制”，而是損益古制：“仲尼有言：夏道不亡，商德不作；商德不亡，周德不作；周德不亡，《春秋》不作。《春秋》之作，以黑緑不足代蒼黄，故反夏政於魯，爲新王制，非爲漢制也。其所規摹，則政令粲然示於禘矣。故荀子所謂後王者，則素王是；所謂法後王者，則法《春秋》是。《春秋》作新法，而譏上變古易常……漢因於秦，唐因於周、隋，宋因於周，因之日以其法爲金錫，而己形範之，或益而宜，或損而宜。損益曰變，因之曰不變。仲尼、荀卿之於周法，視此矣。其傃古也，禔以便新也。”[18]章太炎的論述顯然更符合現代人的歷史認知，顯示出他以現代的學術立場來闡釋傳統的態度。在論述“保國必先保教”的《争教》《憂教》兩篇文章中，章太炎也以“教”來稱呼孔學，但他所言之“教”是周、孔人文之教。由章太炎在維新變法時期對孔子的政治形象的建構，我们可以看出：他在類比康有爲“孔教論”體系結構的同時，坚持了自己的學術立場。

1900年之後，章太炎的政治立場發生了轉變，對孔子的道德、政治方面的思想亦由尊奉變爲排詆。他將中國社會思想文化發展的停滯歸咎於孔子思想的獨尊。他说：“白河次郎曰：‘縱横家持君主政體，所謂壓制主義也。老莊派持民主政體，所謂自由主義也。孔氏旁皇二者間，以合意干系爲名，以權力干系爲實，此儒術所以能爲奸雄利器，使百姓日用而不知，則又不如縱横家明言壓制也。’”[19]此段文字是指“儒術”不過是對縱横家與道家的剿襲，其目的是通過爲君主的專制統治服務來獲得權力。

章太炎在《論諸子學》一文中對日本學者的觀點作了進一步發揮：“老子以其權術授之孔子，而征藏故書，亦悉爲孔子詐取。孔子之權術，乃有過於老子者。孔學本出於老，以儒道之形式有異，不欲尊奉以爲本師，而懼老子發其覆也，於是説老子曰：‘烏鵲孺，魚傅沫，細要者化，有弟而兄啼。’老子膽怯……於是西出函谷，知秦地之無儒，而孔氏之無如我何，則始著《道德經》以發其覆。”[20]章太炎以小説的筆法坐實了孔子詐取老子權術的行徑，又指出：“所謂中庸者，是國願也，有甚於鄉願者也。孔子譏鄉願，而不譏國願，其湛心利禄又可知也。”“湛心利禄”即爲儒家之通病：“儒家之病，在以富貴利禄爲心。”孔子及後世儒家既然“以富貴利禄爲心”，那麽其道德自然墮落：“然則孔子之教，惟在趨時，其行義從時而變，故曰‘言不必信，行不必果’。”[21]章太炎在政治與道德上否定了孔子作爲素王、聖人的崇高形象。以上即爲章太炎詆孔之基本觀點。

章太炎詆孔并不是出於學術上的嚴密考證，而是爲了反對康有爲的“孔教論”。康有爲的“孔教論”是要統一國人的信仰，進而爲其“保皇立憲”的政治主張服務；章太炎詆孔則是要打破偶像、解放思想。章太炎晚年在《與柳詒徵》的信中對此辯白道：“頃於《史地學報》中得見大著，所駁鄙人舊説，如云‘孔子竊取老子藏書，恐被發覆’者，乃十數年前狂妄逆詐之論……不意淺者猶陳其芻狗，足下痛與箴砭，是吾心也……鄙人少年本治樸學，亦唯專信古文經典，與長素輩爲道背馳，其後深惡長素孔教之説，遂至激而詆孔。中年以後，古文經典篤信如故，至詆孔則絶口不談，亦由平情斠論，深知孔子之道，非長素輩所能附會也。”[22]章太炎晚年走上尊孔道路之後，對“十數年前狂妄逆詐之論”表示了懺悔，并將早年詆孔歸因於康有爲“孔教論”的刺激。但他詆孔在當時促進了革命思想的傳播，具有進步意義，而陳獨秀、吴虞、錢玄同、魯迅等新文化人的批孔言論也確實受到了他的啓發。(www.daowen.com)

有些學者在梳理章太炎的思想發展史時，放大了他詆孔的一面，這顯然是以偏概全，與事實不符的。其實，即使是在辛亥革命之前，章太炎的思想也在隨着革命形勢的變化而發生轉變。1906年夏東渡日本之後，章太炎《在東京留學生歡迎會之演講》中提倡用佛學“發起信心，以增進國民的道德”[23]，隨後在他主辦的《民報》上發表了一系列運用“法相唯識”學談佛的文章。他采取法相宗是基於學術求真的考慮，因爲他分析名相之法與現代學術的方法一致：“然僕所以獨尊法相者，則自有説。蓋近代學術，漸趨實事求是之途，自漢學諸公，分條析理，遠非明儒所能企及。逮科學萌芽，而用心益復縝密矣。是故法相之學，於明代則不宜，於近代則甚適，由學術所趨然也。”[24]但是，因为“法相唯識”學文字艱澀，章太炎又不肯“苟取便宜，失其本義”以“取諧時俗”[25]，所以遭到革命同道的質疑。章太炎雖然在《人無我論》《答夢庵》等文中多次進行辯解，却改變不了他的談佛文章不被接受的現實。在1907年6月所寫的《答鐵錚》一文中，章太炎對自己的主張作出了調整。

章太炎的策略便是將佛學與儒學加以会通，以儒學的形式來体现佛學：“日本維新，亦由王學爲其先導。王學豈有他長，亦曰‘自尊無畏’而已。其義理高遠者，大抵本之佛乘，而普教國人，則不過斬截數語。此即禪宗之長技也。僕於佛學，豈無簡擇？……上自孔子，至於孟、荀，性善、性惡，互相鬩訟。訖宋世，則有程、朱；與程、朱立異者，復有陸、王；與陸、王立異者，復有顔、李。雖虚實不同，拘通異狀，而自貴其心，不以鬼神爲奥主，一也。”[26]章太炎將“自貴其心”即高揚主體性視爲孔子以降儒學的精神傳統，這與佛學“依自不依他”的精神是一致的。王陽明的心學即融合儒、佛而成，與佛法複雜艱深不同，王學“不過斬截數語”，并爲中國士人所熟悉。章太炎於是一改之前批評王學“立義至單”[27]的態度，轉而提倡王學：“今人學姚江，但去其孔佛門户之見，而以其直指一心者爲法，雖未盡理，亦可以悍然獨往矣。”[28]他提倡王學能够達到與佛學相同的目標，效果會更加顯著。

章太炎進一步指出，不僅是儒家，孔子之後的諸子亦是繼承了孔子“依自不依他”的精神：“至中國所以維持道德者，孔氏而前，或有尊天敬鬼之説。（章太炎按：墨子雖生孔子後，其所守乃古道德。）孔氏而後，儒、道、名、法，變易萬端，原其根極，惟依自不依他一語。”[29]佛學得以在中國廣泛傳播，正是由於與孔子“依自不依他”的精神具有一致性。孔子“依自不依他”的精神與西方的主體性哲學亦能相通：“厚自尊貴之風，尼采所謂超人，庶幾相近。”[30]章太炎以“依自不依他”作爲孔學之精神内核來統攝佛學、諸子學、西學，“新孔學”的體系結構已經初具雛形，但此時還缺乏學術上的嚴密論證，尚有比附之嫌。