在維新變法時期，章太炎的“新孔學”就已經表現出與康有爲的“孔教論”的根本性差異。與康有爲的“孔教論”具有明顯的政治功利性相比，作爲清代樸學殿軍的章太炎，主要是依據學術的方式來建構其孔學體系的。他在《儒術真論》一文中對此有所表白：“今既摭拾諸子，旁采遠西，用相研究，以明微旨。”[6]他對孔學“微旨”的論斷即出於現代學術立場的建構：“仲尼所以凌駕千聖，邁堯舜轢公旦者，獨在以天爲不明及無鬼神二事。”[7]“以天爲不明及無鬼神”是墨子抨擊儒家之語，彭春凌對此指出：“章太炎儒術新詮的目的不在復原儒術，而在藉助儒的權威之名，來重塑‘世情’。他非常清楚，在儒家典籍，包括孔子本人言論裏，難以找到支撑自己理論的證據，所以才轉向墨家非儒的文獻。”[8]“重塑‘世情’”指通過對孔學的重構來實現傳統中國的現代轉换。

如王中江所言，章太炎在論文中采取“用自然解構超自然”[9]的方式，對“二事”進行了詳細論證。對於“以天爲不明”一事，章太炎論證道：“若夫天體，余嘗謂蒼蒼之天，非有形質，亦非有大圜之氣。蓋日與恒星，皆有地球，其阿屯以太，上薄無際，其間空氣復厚，而人視之蒼然，皆衆日之餘氣，固非有天也。王育説，天詘西北爲無，其説稍誕。蓋天本無物，故無字從天詘之以指事，因下民所見，不得無所指斥，故强以顛義引申之而曰天。六經言天言帝，有周公以前之書，而仲尼删述，未或革更，若曰道曰自然而已矣。”[10]在孔子之前的古代思想傳統中，“天”被視爲具有人格意志的造物神而被人敬畏，孔子則將其視爲客觀之自然。近代天文學所言之“天”是指天體，即包括星際物質和各種積聚態實體在内的所有宇宙星體的統稱，驗證了孔子的看法。對於“無鬼神”一事，章太炎解釋道：“何以知無鬼神？曰：斫卉木，磔羊彘，未聞其有鬼神，彼人固不得獨有也。人所以有知者，分於父母，精蟲胚珠是也。二者又攝引各點以爲我有，使成官骸，而七情益擴，故成此知識，由於兩精相搏，以生神明也。斯如兩水相觸，即便生浪。兩味相合，乃生隽永，及精氣相離而死，則神亦無存……此精氣爲物也。氣弗聚者，散而從於空氣，涣然飘泊，此游魂爲變也。夫焉有精化既離，而神識能獨立者乎？”[11]章太炎站在唯物主義的立場，運用生物學的知識指出“鬼神”即靈魂依附於物質纔可存在，離開物質性的身體并無靈魂可言，孔子“無鬼神”的觀念因此得以成立。

孔子“以天爲不明及無鬼神”是爲了確立人倫、人道：“神怪絀，則人道始立。”[12]孔子確立人倫、人道，奠定了“以人爲本”的中國社會文明的價值觀基础，促進了中國社會文明的繁榮發展：“惟仲尼明於庶物，察於人倫，知天爲不明，知鬼神爲無，遂以此爲拔本塞原之義，而萬物之情狀大著。由是感生帝之説拙，而禽獸行絶矣。此所以冠生民、横大陸也。”[13]章太炎因此尊孔子爲“獨聖”。他對孔子人本精神的肯定顯然出於對西方現代精神的深刻把握，西方現代文明從本質上而言是回到人自身，建立了以人爲中心的宇宙世界觀。在章太炎看來，孔子“絀神怪以立人道”之於中國的價值亦即在此。(www.daowen.com)

章太炎將以人爲本的人本主義作爲其“新孔學”的核心價值，他對孔子的現代形象的定位皆基於此。在1906年所發表的《論諸子學》一文中，章太炎對孔子的人本思想加以提煉并高度贊揚：“雖然，孔子之功則有矣。變禨祥神怪之説而務人事，變疇人世官之學而及平民，此其功亦敻絶千古。”[14]在1913年爲反駁康有爲“孔教論”而作的《駁建立孔教議》一文中，章太炎又將孔子的人本思想概括爲四點：“蓋孔子所以爲中國斗杓者，在制歷史、布文籍、振學術、平階級而已。”[15]孔子“以天爲不明及無鬼神”，因而是哲學家；孔子整理“六經”，是將“六經”作爲記載典章制度與風俗事迹的史籍，而非神話寓言，因而是“古良史也”[16]，即史學家；孔子將人文學術傳布給三千弟子，“是則孔子者，學校諸生所尊禮，猶匠師之奉魯班，縫人之奉軒轅，胥吏之奉蕭何，各尊其師，思慕反本”[17]，因而是教育家。章太炎對孔子的三種形象的定位皆與康有爲以“孔子爲教主”的主張形成了對立。