中央财政于2004年正式建立了森林生态效益补偿制度，支持国家级公益林的保护和管理，国有、集体和个人的国家级公益林补偿标准均为每年每亩5元。2010年，中央财政将属集体和个人所有的国家级公益林补偿标准提高到每年每亩10元。2013年，中央财政进一步将属集体和个人所有的国家级公益林补偿标准提高到每年每亩15元。森林生态效益补偿制度的建立，促进了国家级公益林的管护，减少了林区水土流失，提高了森林整体生态效益，促进了当地居民增收。

2009年上海市对黄浦江上游水源保护区所涉的青浦、松江、金山、奉贤、闵行、徐汇、浦东七个区县进行了生态补偿，补偿资金为1.85亿元。2010年《上海市饮用水水源保护条例》实施，市政府确定了青草沙、黄浦江上游、陈行、崇明东风西沙四个将长期保留的水源地，划定和调整了饮用水水源保护区范围。2010年的水源地生态补偿范围在2009年的基础上进一步扩大，受补偿区县增加到九个，即四大饮用水水源保护区所在的青浦、松江、金山、奉贤、闵行、徐汇、浦东、宝山、崇明这九个区县全部纳入补偿范围，补偿资金在2009年的基础上大幅度提高，达到3.74亿元。

2010年10月，青海省人民政府办公厅印发《三江源生态补偿机制试行办法》，确定三江源生态补偿机制实施区域包括玉树、果洛、黄南、海南四个藏族自治州所辖的21个县以及格尔木市代管的唐古拉山镇。生态补偿范围包括：推进生态保护与建设、改善和提高农牧民基本生产生活条件与生活水平、提升基层政府基本公共服务能力三个方面。建立草畜平衡补偿政策，对生存环境非常恶劣、草场严重退化、不宜放牧的草原，实行禁牧封育，并给予一定的禁牧补助。禁牧期满后，根据草场生态功能恢复情况，继续实施禁牧或者转入草畜平衡、合理利用。根据草原载畜能力，确定草畜平衡点，核定合理的载畜量，对未超载的牧民给予草畜平衡奖励。真正建立起以草定畜、草畜平衡的长效保障机制。其他补偿政策包括：支持重点生态功能区日常管护，支持推进草场资源流转改革，实行牧民生产性补贴政策，建立农牧民基本生活燃料费补助政策，支持开展农牧民劳动技能培训及劳务输出，扶持农牧区后续产业发展，建立“1+9+3”教育经费保障机制，建立异地办学奖补制度，建立生态环境日常监测经费保障机制，提高生态管护机构运转水平，以及对城乡公共服务设施日常维护、群众文化体育事业发展、城乡居民最低生活保障、社会养老保险、医疗卫生保障、特殊医疗救助、计划生育补助、基层政府运转、防汛抗旱、维护社会稳定等方面进行补偿等。

2011年3月，财政部下发安徽省黄山市新安江流域生态补偿机制试点启动资金5000万元，将新安江作为全国首个跨省流域水环境补偿试点，由财政部、环保部牵头制订试点实施方案。新安江发源于安徽黄山市境内，地跨皖浙两省，流域总面达11674平方千米，其中安徽省境内流域面积占53.6%。新安江也是浙江钱塘江的重要源头，是浙江省最大的入境河流，经千岛湖、富春江、钱塘江入东海。新安江黄山市段八个例行监测断面水质均长年达到或优于三类标准，达标率为100%。上游黄山市经济原本较为落后，多年来为了保护流域生态环境，以牺牲自身发展为代价，延缓了工业化、城镇化进程。全国政协人口资源环境委员会今年1月的一份调研报告显示，为了保护新安江，黄山市舍弃40多个投资额共达40多亿元的污染企业入驻，彻底关闭了造纸、印刷、纤维板、水泥等污染严重的企业，建立了循环工业园区。据不完全统计，黄山市的生态治理投入资金达50亿元，森林覆盖率从1970年的30%上升到现在的77.4%。新安江生态补偿确定了“明确责任、各负其责，地方为主、中央监管，监测为据、以补促治”三原则，由中央财政和安徽、浙江两省共同设立新安江流域水环境补偿基金。根据奖优罚劣的渐进式补偿机制，由环境保护部每年负责组织皖浙两省对跨界水质开展监测，明确以两省省界断面全年稳定达到考核的标准水质为基本标准。安徽提供水质优于基本标准的，由浙江对安徽给予补偿；劣于基本标准的，由安徽对浙江给予补偿；达到基本标准的，双方都不补偿。同时，明确补偿基金专项用于新安江流域水环境保护和水污染治理。

2012年2月，陕西省环保厅及财政厅相关负责人驱车300余千米，来到甘肃省天水市，向天水市政府、定西市政府送去了600万元的渭河上游水质保护生态补偿资金。这标志着省与省之间生态补偿机制在陕甘两省率先实施并完成交接。渭河是黄河第一大支流，发源于甘肃省渭源县西南的鸟鼠山北侧，全长818千米，流经12个地区的84个县市，流域面积13万多平方千米，可谓甘、陕两省人民的“母亲河”。位于渭河上游的甘肃省天水、定西等地，多年来为了保护渭河水质，以牺牲自身发展为代价，延缓了工业化、城镇化进程。先后制定出台了《渭河源头生态保护与治理规划》《甘肃省流域治理规划》等治理方案，涉及上百亿元的投资，囊括林地、水利、新能源等多个项目，全力实施渭河源头的生态保护与治理。定西、天水两市为治理渭河付出了艰辛的努力，输水的水质一直保持在Ⅱ类、Ⅲ类，陕西有责任对两市给予补偿和鼓励。为更好保护渭河，陕西省倡议要在沿渭六市一区建设千里渭河生态长廊，成立渭河流域环境保护城市联盟，实现渭河上下游联防联控。2011年12月2日，渭河流域环境保护城市联盟在西安成立，陕甘两省沿渭的六市一区签订了《渭河流域环境保护城市联盟框架协议》。按照协议规定，陕甘两省六市一区人民政府建立流域生态补偿机制，建设省界、市界水质监测网络体系，设定跨省、市出境水质目标，按水质目标考核并予以补偿。各出境断面的考核因子暂定为化学需氧量和氨氮两项，各考核断面的出境水质考核以陕西省环保厅和甘肃省环保厅共同认可的监测结果为依据。

2012年3月，浙皖启动跨流域生态补偿试点，每年投入资金5亿元确保千岛湖水质。按照要求，浙皖两省环保部门将每月监测一次两省交界处的新安江江段水质，为千岛湖上游水质评价提供基础数据，并按规定程序上报中国环境监测总站。在监测年度内，新安江流域水环境补偿资金为每年5亿元，其中，中央财政出3亿元，皖浙两省各出1亿元，以两省交界处水域为考核标准，上游安徽提供水质优于基本标准的，由下游浙江对安徽给予补偿；劣于基本标准的，由安徽对浙江给予补偿。

2013年3月，《黄冈大别山试验区生态补偿研究报告》通过专家评审，根据核算，到2020年，黄冈大别山试验区可获得的生态补偿资金规模为684.2亿元。

2014年11月，安徽省出台《安徽省大别山区水环境生态补偿办法》，按照“谁受益、谁补偿，谁破坏、谁承担”的原则，在合肥市、六安市和岳西县启动实施大别山区水环境生态补偿机制。大别山区水环境生态补偿资金暂定为2亿元，其中省财政出资1.2亿元、合肥市出资0.4亿元、六安市出资0.4亿元。根据规定，以淠河总干渠罗管闸为跨市界考核断面，以断面监测水质情况确定流域上下游补偿责任主体，若断面监测水质达到标准，下游合肥市补偿资金拨付六安市；若断面监测水质达不到标准，上游六安市补偿资金拨付合肥市。不论上述何种情况，省级补偿资金全部安排给六安市和岳西县，补偿资金专项用于流域水污染防治等方面支出。

2015年起，浙江省通过市场机制协调区域经济与生态发展。林业是生态文明建设的主阵地，林业碳汇是典型的生态产品，推动以林业碳汇为主的生态产品交易，结合政府转移支付制度创新，形成林业碳汇生态补偿机制，既是浙江省平衡生态保护和经济发展的现实选择，也是实现“绿水青山就是金山银山”的有效途径。以浙江农林大学、省林科院、华东林业产权交易所为代表的一批企事业单位经过积极探索，已在林业碳汇计量与监测、托管、交易等方面取得了大量的成果。由浙江农林大学、中国绿色碳汇基金会、国际竹藤组织、华东林交所等单位共同研发的“碳汇造林项目方法学”“竹子造林碳汇项目方法学”“森林经营碳汇项目方法学”已获国家发改委温室气体自愿减排方法学备案。开展林业碳汇交易实质就是建立生态补偿机制，用市场化手段推进植树造林、加强森林管护、增加森林蓄积量、保护生物多样性、改善环境和自然景观，给林农增加一块财产性收入。数据显示，2015年，通过华东林交所和各地林权交易分中心，共成交项目104宗，成交总额为6675.55万元，华东林交所全力打造的规范、高效的大宗农林产品现货电子交易平台正式实盘启动。截至2015年12月25日，已上市胶合板、黑木耳、红酸枝Ⅰ（小料）、红酸枝Ⅱ（中料）、铁皮石斛鲜品、香榧、珍珠、大红袍、安吉白茶、同山烧十个品种，日均交易额35亿元，累计超过9000亿元。

2015年8月，《苏州市生态补偿条例实施细则》正式出台。实施细则一是明确实施生态补偿的具体范围为符合认定条件的水稻田、生态公益林、重要湿地、水源地、风景名胜区等区域，由财政部门会同有关部门提出方案，报市、县级市（区）人民政府批准后实施。具体补偿标准由市财政部门会同市农林、水利（水务）、园林和绿化等部门联合制定，报市人民政府批准后公布实施。二是明确资金承担方式。县级市范围内的生态补偿资金由县级市财政全额承担。市区范围内的按市级标准执行的生态补偿资金由市、区财政各承担50%。各区自行提高生态补偿标准及自行确定新增生态补偿范围的补偿资金由区财政全额承担。

2015年11月，南京市政府办公厅公布了《关于建立水利风景区生态补偿机制的实施意见》，南京在全国率先建立水利风景区生态补偿机制。水利风景区的生态补偿范围为除享受全市备用水源地、湿地公园等生态补助以外的已创建的国家级、省级水利风景区，受偿主体为水利风景区管理单位。每年根据水利风景区生态修复、保护和建设实际需要，对省级以上水利风景区管理单位实施水利风景区项目生态补偿。其中，国家级水利风景区不超过200万元、省级水利风景区不超过100万元。

2015年11月，江西省人民政府印发《江西省流域生态补偿办法（试行）》，实施范围包括鄱阳湖和赣江、抚河、信江、饶河、修河五大河流以及长江九江段和东江流域等，涉及全省100个县（市、区）。主要原则是“整体推进、稳步实施；政府主导、多方筹资；责任共担、区别对待；水质优先、多方兼顾；规范运作、公开透明”。在资金筹集方面，2016年，集中财力首期筹集流域生态补偿资金20.91亿元。

2015年12月16日，湖北省人民政府办公厅印发《湖北省环境空气质量生态补偿暂行办法》，建立健全环境空气质量生态补偿机制，促进空气质量不断改善。(www.daowen.com)

2016年4月25日，四川省环保厅和财政厅联合下发《四川省“三江”流域水环境生态补偿办法（试行）》，从6月1日起，该省将在岷江、沱江和嘉陵江干流及重要支流实施水环境生态补偿制度。补偿办法共涉及三江流域的19个市（州）和52个扩权试点县（市）的82个监测断面，相比扣缴制度只涉及5个地级市和14个扩权试点县（市），扩大了生态补偿范围。补偿办法采取奖罚并举，除了对水质超标的污染扣缴外，增加对保持水质优良地区的生态补偿，体现了“超标者赔偿、改善者受益”的原则。污染者将向下游赔付水环境赔偿金，受益者将向上游支付水环境改善金。

2016年6月，江西在全国率先实施覆盖全境的流域生态补偿机制。2016年，江西首期募集全省流域生态补偿资金20.91亿元，这笔资金包括：国家重点生态功能区转移支付的10.91亿元和省级专项资金3亿元、省级财政新设专项预算资金3亿元、100个县（市、区）财政筹集的3亿元、11个设区市本级财政筹集的1亿元。

2016年6月，西藏自治区林业厅宣布，未来3年内，西藏将投入4800余万元，在日喀则市定结县、山南市浪卡子县和那曲地区申扎县开展湿地生态效益补偿机制试点，包括建立因采取湿地保育、湿地限牧等措施而对农牧业发展造成损失的常态补偿制度，及农牧民协议管护与专业管护相结合的长效管护机制。

2016年6月，湖北省鄂州市启动生态补偿机制，通过市财政转移支付补助梁子湖区1500万元，用于保护梁子湖生态环境，推进梁子湖生态文明示范区建设。与此同时，该市15个农业乡镇，各获得市财政转移支付生态补助50万元。

2016年7月，在江西省政府的主导下，乐平市与婺源县签订《共产主义水库水流域横向补偿协议》，对共产主义水库周边的婺源县珍珠山乡、赋春镇和镇头镇以及乐平市共产主义水库管理局进行补偿。省级奖补资金额度为每年300万元，由省财政厅、省环保厅从省级环保专项资金中拔出，全部下发给婺源县，同时与跨界断面水质是否达标挂钩，主要是作为其建立横向补偿制度的奖励。横向补偿资金由婺源县和乐平市财政各出100万元组成，共200万元，按全年每月一次共12次跨界断面21项水质指标监测达标次数占总监测次数比例计算。如每月都达标，则200万元全部给婺源县，如有6个月不达标，则婺源县、乐平市各得100万元，以此类推。为避免水质监测中的争议，由省环境监测中心站直接提供数据，两地所获资金下发给共产主义水库库区水面周边的乡村。

2016年9月，河北省政府办公厅印发《关于健全生态保护补偿机制的实施意见》，提出，到2020年，实现全省森林、草原、湿地、沙地、海洋、水流、耕地等重点领域和禁止开发区域、重点生态功能区等重要区域生态保护补偿全覆盖，补偿水平与经济社会发展状况相适应。同时还提出，河北将研究建立生态环境损害赔偿、生态产品市场交易与生态保护补偿协同推进的新机制。探索地区间、流域间水权交易方式，加快构建规范有效的排污权有偿使用和交易机制，逐步建立碳排放权交易制度，通过这些制度建设，使保护者通过生态产品交易获得收益。

2017年2月，云南省人民政府办公厅印发《关于健全生态保护补偿机制的实施意见》，提出，到2020年，全省森林、湿地、草原、水流、耕地等重点领域和禁止开发区域、重点生态功能区、生态环境敏感区/脆弱区及其他重要区域生态保护补偿全覆盖，跨区域、多元化补偿机制初步建立，基本建立起符合省情、与经济社会发展状况相适应的生态保护补偿制度体系。

2017年3月，成都市政府常务会通过了《成都市岷沱江流域水环境生态补偿办法（试行）》。此办法要求，依据监测断面水质监测结果，对水质不达标、水质下降的区（市）县实施资金扣缴，对水质明显改善的区（市）县实施资金奖励。具体来讲，入境对照断面水质达标，出境考核断面水质超过考核标准的；考核河道发源于本地（无入境对照断面），出境考核断面水质超过考核标准的；入境对照断面水质超标，出境考核断面水质超标程度增加的这三类情况，将实施扣缴，对境内所有考核断面优于目标要求的区（市）县实施奖励。

2017年8月，陕西省政府办公厅印发《关于印发健全生态保护补偿机制实施意见的通知》，提出，到2020年，实现森林、水流、耕地、湿地、荒漠、矿区等重点领域和重点生态功能区、禁止开发区域等重要区域生态保护补偿全覆盖，跨地区补偿成效显著，补偿标准与经济社会发展水平相适应，符合陕西省省情的生态保护补偿机制基本建立，促进形成绿色生产方式和生活方式。

2017年9月，新疆维吾尔自治区人民政府办公厅出台《关于健全生态保护补偿机制的实施意见》，确定了全区在森林、草原、湿地、荒漠、水流、耕地、冰川七个重点领域积极开展生态保护补偿实践及制度建设工作。积极争取将自治区符合国家级公益林区划标准的公益林，全部纳入中央财政森林生态效益补偿基金范围，健全完善以政府购买服务为主体、社会广泛参与的公益林管护机制；扩大退牧还草工程实施范围，落实国家草原生态保护补助奖励机制政策；探索建立自治区湿地生态效益补偿制度，加快退耕还湿试点工作，开展湿地保护与恢复等综合治理工程；积极探索荒漠生态效益补偿办法和防沙治沙奖补机制，积极申报国家荒漠生态补偿试点，继续开展沙化土地封禁保护试点；研究在河流源头区、集中式饮用水水源地、重要河流敏感河段、水生态修复治理区、水产种质资源保护区、水源调出区、水土流失重点预防区和治理区、重要蓄滞洪区以及具有重要饮用水源或重要生态功能的河流湖泊等区域，全面开展生态保护补偿；积极探索建立耕地保护补偿制度和以绿色生态为导向的农业生态治理补贴制度，对生态退化区实施耕地休耕以及减少农药、地膜使用者给予资金补助；研究建立自治区冰川保护生态效益补偿机制，推动天山一号冰川保护区生态补偿试点工作。

2018年12月，湖北省河湖长制办公室印发《湖北省全面推行河湖长制实施方案（2018—2020年）》，明确提出，到2020年底，基本完成全省河湖及水利工程管理保护范围划界确权，建立生态补偿机制，实现湿地、水流等重点领域生态补偿全覆盖。《方案》明确，在江河源头区、生态敏感区、水源涵养区、自然保护区等重要区域开展生态补偿，推进汉江、通顺河、天门河、黄柏河等流域的水生态补偿机制试点，建立跨界水质保护生态补偿、流域上下游横向生态补偿机制，到2020年实现湿地、水流等重点领域生态补偿全覆盖。