生态补偿机制是以保护生态环境、促进人与自然和谐为目的，根据生态系统服务价值、生态保护成本、发展机会成本，综合运用行政和市场手段，调整生态环境保护和建设相关各方之间利益关系的一种制度安排。主要针对区域性生态保护和环境污染防治领域，是一项具有经济激励作用、与“污染者付费”原则并存、基于“受益者付费和破坏者付费”原则的环境经济政策。

2005年10月中共十六届五中全会通过的《中共中央关于制定国民经济和社会发展第十一个五年规划的建议》首次要求：按照谁开发谁保护、谁受益谁补偿的原则，加快建立生态补偿机制。2013年11月中共十八届三中全会通过的《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》提出要坚持谁受益、谁补偿原则，完善对重点生态功能区的生态补偿机制，推动地区间建立横向生态补偿制度。

2005年12月颁布的《国务院关于落实科学发展观加强环境保护的决定》指出，要完善生态补偿政策，尽快建立生态补偿机制。中央和地方财政转移支付应考虑生态补偿因素，国家和地方可分别开展生态补偿试点。

2007年3月15日，财政部、国家林业局印发《中央财政森林生态效益补偿基金管理办法》。该管理办法确定中央财政补偿基金平均标准为每年每亩5元，其中4.75元用于国有林业单位、集体和个人的管护等开支；0.25元由省级财政部门（含新疆生产建设兵团财务局）列支，用于省级林业主管部门（含新疆生产建设兵团林业局）组织开展的重点公益林管护情况检查验收、跨重点公益林区域开设防火隔离带等森林火灾预防以及维护林区道路的开支。重点公益林所有者或经营者为个人的，中央财政补偿基金支付给个人，由个人按照合同规定承担森林防火、林业有害生物防治、补植、抚育等管护责任。重点公益林所有者或经营者为林场、苗圃、自然保护区等国有林业单位或村集体、集体林场的，中央财政补偿基金的管护开支范围是：对重点公益林管护人员购买劳务、建立森林资源档案、森林防火、林业有害生物防治、补植、抚育以及其他相关支出。

2007年8月国家环境保护总局印发的《关于开展生态补偿试点工作的指导意见》指出，开展生态补偿试点工作的基本原则是谁开发、谁保护，谁破坏、谁恢复，谁受益、谁补偿，谁污染、谁付费；责、权、利相统一；共建共享，双赢发展；政府引导与市场调控相结合；因地制宜，积极创新。目标是通过试点工作，研究建立自然保护区、重要生态功能区、矿产资源开发和流域水环境保护等重点领域生态补偿标准体系，落实补偿各利益相关方责任，探索多样化的生态补偿方法、模式，建立试点区域生态环境共建共享的长效机制，推动相关生态补偿政策法规的制定和完善，为全面建立生态补偿机制奠定基础。(www.daowen.com)

2011年起，由财政部和环保部牵头组织、每年安排补偿资金5亿元的全国首个跨省流域生态补偿机制试点，在新安江启动实施。各方约定，只要安徽出境水质达标，下游的浙江省每年补偿安徽1亿元。这一机制让新安江江水变清了，江面变干净了。

2015年12月，财政部、国家发展改革委、国家林业局、国土资源部、农业部、水利部、环境保护部、国务院扶贫办印发《关于扩大新一轮退耕还林还草规模的通知》，通知指出：扩大新一轮退耕还林还草规模的主要目的是，将确需退耕还林还草的陡坡耕地基本农田调整为非基本农田；加快贫困地区新一轮退耕还林还草进度；及时拨付新一轮退耕还林还草补助资金（国家按退耕还林每亩补助1500元、退耕还草每亩补助1000元）；认真研究在陡坡耕地梯田、重要水源地15~25度坡耕地以及严重污染耕地退耕还林还草的需求。工作要求是：一要坚持农民自愿、政府引导的原则；二要毫不动摇地保护好基本农田；三要加强部门之间沟通协调。

为进一步健全生态保护补偿机制，加快推进生态文明建设，经党中央、国务院同意，由国务院办公厅于2016年4月28日印发了《关于健全生态保护补偿机制的意见》，提出目标任务是：到2020年，实现森林、草原、湿地、荒漠、海洋、水流、耕地等重点领域和禁止开发区域、重点生态功能区等重要区域生态保护补偿全覆盖，补偿水平与经济社会发展状况相适应，跨地区、跨流域补偿试点示范取得明显进展，多元化补偿机制初步建立，基本建立符合我国国情的生态保护补偿制度体系，促进形成绿色生产方式和生活方式。该意见明确提出将推进七个方面的体制机制创新：一是建立稳定投入机制，多渠道筹措资金，加大保护补偿力度；二是完善重点生态区域补偿机制，划定并严守生态保护红线，研究制定相关生态保护补偿政策；三是推进横向生态保护补偿，研究制定以地方补偿为主、中央财政给予支持的横向生态保护补偿机制办法；四是健全配套制度体系，以生态产品产出能力为基础，完善测算方法，加快建立生态保护补偿标准体系；五是创新政策协同机制，研究建立生态环境损害赔偿、生态产品市场交易与生态保护补偿协同推进生态环境保护的新机制；六是结合生态保护补偿推进精准脱贫，创新资金使用方式，开展贫困地区生态综合补偿试点，探索生态脱贫新路子；七是加快推进法治建设，不断推进生态保护补偿制度化和法制化。

2018年2月13日，财政部印发《关于建立健全长江经济带生态补偿与保护长效机制的指导意见》，指出目标任务是：通过统筹一般性转移支付和相关专项转移支付资金，建立激励引导机制，明显加大对长江经济带生态补偿和保护的财政资金投入力度。到2020年，长江流域保护和治理多元化投入机制更加完善，上下联动协同治理的工作格局更加健全，中央对地方、流域上下游间生态补偿效益更加凸显，为长江经济带生态文明建设和区域协调发展提供重要的财力支撑和制度保障。该意见提出中央财政加大政策支持力度：一是增加均衡性转移支付分配的生态权重；二是加大重点生态功能区转移支付对长江经济带的直接补偿；三是实施长江经济带生态保护修复奖励政策；四是加大专项对长江经济带的支持力度。该意见还强调地方财政要抓好工作落实：一是统筹加大生态保护补偿投入力度；二是因地制宜突出资金安排重点；三是健全绩效管理激励约束机制；四是建立流域上下游间生态补偿机制；五是完善财力与生态保护责任相适应的省以下财政体制；六是充分引导发挥市场作用。