固相微萃取通常被误以为是固相萃取的另一种形式或微型化的固相萃取，实际上这两种方法有很大的不同。固相萃取有三个重要的过程：首先，样品通过一个吸附床，样品中的分析物被固体吸附剂完全萃取出来；其次，使用一种溶剂将干扰成分从吸附剂中洗脱下来；最后，使用另一种溶剂将分析物从吸附剂上洗脱下来，得到的溶液通过蒸发、浓缩成体积适当的分析液。而固相微萃取是利用平衡萃取和选择性吸附的原理将分析物从样品体系中转移到涂层上。第一步，将涂层暴露于样品中，由于涂层对分析物有极强的亲和性，因而分析物被有选择性地萃取；第二步，将纤维上萃取的物质直接在分析仪器中解析。在这中间不需要清洗的步骤。微型固相萃取类似于固相萃取，也是一种完全萃取方法，只是减少了样品和吸附剂的体积，而固相微萃取是一种非完全萃取的方法，因此两者在本质上是不同的。任何样品前处理方法都具有一定程度的选择性，想要把样品中所有的化合物都引入分析仪器中是不切实际的。方法的发展必须能除去不能进入仪器中的化合物，包括样品基质中的成分；同时也希望尽可能除去不需要检测的化合物，以保证检测的数据不受干扰，因此有选择性萃取的样品前处理能使过程简单化且节省大量的时间。

在挑选固相微萃取涂层时，涂层的选择性非常重要。而在固相萃取中高容量的吸附剂更为重要，因为样品穿漏才是更重要的问题。而对于平衡萃取技术，如固相微萃取，并不存在这样的问题，因而涂层的选择性更为重要。固相微萃取不同于固相萃取的另一方面在其吸附剂上，较于固相微萃取，固相萃取的吸附剂太大而极易吸附大量非目标分析物，通常很难将其完全洗脱掉而不影响分析物的含量。而固相微萃取的装置由于其几何构造和萃取模式，非目标化合物通常不会在吸附剂上大量富集。与萃取相包装成弹筒状的固相萃取装置相比，固相微萃取一般是一种开放床式的结构。固相微萃取中萃取相的表面是可以直接分析的（虽然对于管式固相微萃取并非如此），因而可以用分光法直接分析表面吸附的成分，不仅仅是化合物，也可以是被收集的悬浮颗粒。这在形态分析和自然体系的表征中十分重要。(www.daowen.com)