（一）体制机制上的缺欠。我国首先面临的是市场制度与政治体制本身的不断完善，这是治理环境的首要前提。市场体制的建立面临很多困难，如市场交易费用太高、产权模糊、行政干预过多等。这些因素使环境外部效应内部化的困难加剧，难以建立市场导向型环保激励机制。此外，地方政府的不作为或不当作为仍在加剧，经济目标为主导的压力型体制导致地方官员缺乏环保动力。现行的财政体制导致地方环境治理投入不足，责任追究机制的缺失导致地方政府没有压力强化环境治理。^[9]

（二）贫困问题造成的缺欠。贫穷会使环境问题变得更加复杂，会导致人们对其赖以生存的环境过度索取，必然使环境迅速退化，反过来，又使贫困人口的生存条件更加恶劣，贫穷状态进一步加剧，形成恶性循环。［2］^[10]地区发展不平衡，也会诱致落后地区不顾自身资源环境条件的限制，急速发展经济以赶上先进地区，环境往往因此而迅速恶化。打破贫困与环境的恶性循环是我们在环境治理中遇到的更大困难。

（三）司法体制缺欠。我国一直坚持司法体制改革，但总的来看，司法体制也存在问题。地方法院在人、财、物上同样受制于地方政府，实际上是以地方政府为核心的大的利益共同体的一员。在这种体制和利益格局支配下，法院要想做到独立审判是很难的，特别是在涉及到地方政府根本利益的案件上要想做到独立审判甚至是不可能的。因为这种格局下，司法系统实际上只是行政系统的附属。^[11]

（四）环境侵权的模糊性困境。环境侵权所具有的特殊的模糊性，往往导致针对环境侵权的司法救济成本过高，可称为“环境侵权的模糊性困境”。环境司法的难处表现为起诉难、举证难、鉴定评估难、找鉴定单位难、因果关系认证难、胜诉难、执行难。环境侵权的模糊性表现在：是否受到侵害的模糊性，即发现污染损害难；责任主体认定的模糊性，即发现受到侵害后确定责任主体难；侵害程度的模糊性，即损害鉴定难。(www.daowen.com)

（五）环境NGO法律地位困境。我国环境NGO的法律法规不完善，缺乏科学有效的监督和管理，环境NGO存在和发展的社会基础薄弱。^[12]根据《社会团体登记管理条例》和《民办非企业单位登记管理暂行条例》，我国对NGO实行双重管理，民政部门负责设立和登记，行业主管部门负责管理。环境NGO要想获得法律承认的资格并合法开展活动，须首先在民政部门登记。而登记的前提是NGO成立须经业务主管部门同意。问题是环境NGO往往很难确定其业务主管部门，经常遭受管理上的互相推诿。^[13]法律地位难以确定，法律功能难以彰显。

（六）全球化带来的困境。经济全球化使环境问题的影响亦日益国际化，我国已成为仅次于美国的第二大二氧化碳排放国家，我国受到来自发达国家的要求提高环保标准并承担更多环境义务的压力，这给我国的环境治理工作带来了新的挑战。此外，在国际贸易与投资自由化的条件下，发达国家以确立绿色产业与绿色产品的优势，给我国造成巨大压力。因此，如何在开放条件下防止国内环境的恶化，也是我国环境治理面临的新难题。