作为拓展人类知识的过程，科学的手段都是以问题为导向的，提出问题，发现问题，解决问题，最终推动人类对包括音乐现象在内的客观世界的逐步认知。以科学的方法发现和解决问题始终应该是中国学者研究中国音乐问题的主要治学手段。

陈应时教授的研究基本都是以问题为导向，无论是在古代宫调问题、琴律问题还是在敦煌乐谱解读问题的研究上，陈先生都是从提出问题开始的。早在20世纪60年代初，陈先生就对中国音乐基本理论中的“调”“调性”和“调式”问题提出了独立的见解。在当时关于黎英海《汉族调式及其和声》一书中几个概念的讨论中尝试解决这些概念的基本内涵，而对这些概念的清晰阐述对于整个中国音乐理论体系的建立都具有非常重要的意义。^[3]

日本《音乐艺术》杂志1981年11月号刊登了关鼎的《中国文献记载中的日本雅乐调原型》，12月号刊登了东川清一的《关于“调”——关鼎论文读后》，介绍了宋代类书《册府元龟》中关于“天宝十四调”的记载。这两篇论文都是对中国古代调名，即所谓雅乐名进行音乐理论上的探讨。这里又涉及了“调”“调式”“音阶”“调名”“均”等基本理论问题。为了厘清这些重要的概念问题，经小泉文夫先生亲自引荐，陈先生同东川清一建立了长久的学术联系并先后发表了《关于“调”和“调式”——关鼎、东川清一论文读后》《转旋、转均、转旋均——东川清一论文读后》《转旋均·唐代犯调·日本音阶》等文章^[4]。(www.daowen.com)

在古琴律制的问题上，长久以来学者们的看法各有分歧。沈知白先生将这个问题作为一个研究任务交给陈先生。带着这个问题，陈先生翻阅了大量文献，经过各种计算和比较最后写出了《论证中国古代的纯律理论》这篇非常重要的律学文章^[5]，以及一系列重要的琴律研究论著。在敦煌乐谱研究中，陈应时先生从林谦三先生和叶栋等学者们的研究结论中发现了很多问题，在反复比较前人的研究、吸取前人重要发现的基础上，最终提出了自己的主张，其中包括具有重要突破性意义的“掣拍说”。与其说陈先生的许多研究是建立在指出前人错误的基础上，倒不如说陈先生的研究大多是带着问题出发，在发现问题的基础上进行深入研究，通过对这些问题的反复思考，不断尝试回答问题，最终形成研究成果。