即同一音级同时存在两种律高的音阶体系。同一音级一为三分律音高，一为纯律音高。多数三分律调弦的琴曲中都出现了这种现象。由于散音和八度音程音位在比例上超过其他音程音位，所以这类复合律制的琴曲都以散音音阶所框定的律制类型为主而兼含他律。三分律调弦的琴曲一般都是以三分律为主而兼含纯律。在统计数据中也尚未发现琴曲中纯律音级的比例超过三分律音级的现象。

六声音阶定弦（如凄凉调）的琴曲，根据其每条弦上的取音或生律可能，可以构成下面的音系网：

框内为散音音阶的音响结构，框外为散音的准徽徽位上可产生的各音级的可能。（图示主要说明音系网中各音级之间的关系，其音名并不是固定的。因为大多数琴家在演奏实践中［合奏除外］并不根据特定的标准音高去定弦。）以上音系网中共有九个音级存在产生两律的可能性，即：

五声音阶定弦的琴曲，则可构成下面的音系网：

这里有六个音级存在产生两律的可能性，即：

在此类复合律制琴曲中，《酒狂》和《获麟》仅有一个音级出现了两种律高，这两个律高分别为徵弦八徽所生的386音分的纯律角音和408音分的三分律角音。但纯律角音出现的概率相对较低，《酒狂》中出现8次，占18.6%，《获麟》中出现14次，占14.53%。

此外，《鹤鸣九皋》为正调定弦，散音关系为C、D、F、G、A、c、d，即F宫均，琴曲本身“借调”到下四度C宫均。该曲五正声中仅出现三次六弦（宫弦）上的六徽按音产生低一个普通音差的角音，但其比例仅占该音级出现概率的5.26%，其余均为三分律音位。七弦（商弦）上出现一次“上八”产生变宫音，六弦（宫弦）上出现一次“下十二”产生清商音，这种“上”和“下”的手指滑动指法实际上为演奏者移动手指避免纯律音程提供了条件。该曲三次六弦六徽也都是在“”的手指滑动情况下产生的。

《遁世操》为慢角调定弦，该曲中除八徽按音外，其他纯律音位均没有出现过。八徽共出现过4次，但这4次的情况分为“引上八”“立引上八”“”“”。这种在“引上”“”的手指滑动情况下的取音也为产生三分律的大六度音程提供了可能。(www.daowen.com)

其他琴曲中兼用纯律徽位的情况则相对较多。琴曲中的一些临时变化音级如清羽、清宫、清商等更多的是在纯律音位上产生的。

根据计算机翻译的音高谱分析，《神奇秘谱》中绝大多数琴曲都出现了宫系统的游移和转换。这种游移和转换最常见的是上下四、五度关系和向下大二度关系两种形式。三分律调弦的琴曲中出现比较明显的“借调侧弄”形式的有《神品商意》《神品古商意》《慨古》《忘机》《隐德》《长请》《鹤鸣九皋》和《神品徵意》等，这些琴曲基本上都是从正调定弦三弦为宫的F宫均“借调”到一弦为宫的C宫均。

上述两种形式的宫系统转换通常情况下不造成音阶律制性质发生根本性变化。但在某些特殊情况下，利用特定徽位的转换，也可能会使音阶性质从以三分律倾向为主转变为以纯律倾向为主，比如下面情况下的向下大二度移宫，新的宫音不是在五度链中原宫音向下两个纯五度生出的清羽，而是在徵弦十二徽按音上生出的徵音上方316音分的小三度音，这个音在曾侯乙钟铭中叫“商曾”，它比三分律的清羽音低一个普通音差。这样，整个音阶结构都产生了变化，在《阳春》《高山》《玄默》等三分律琴曲中都出现了这种情况，如《阳春》一曲的音位图：

全曲基本上是在F宫系统。由于空弦散音为三分律音阶，加上八度音程的频繁运用，F宫系统基本是以三分律倾向为主的音响结构。但在该曲的第二段开头，通过以徵弦上十二徽按音为宫转入E宫系统后，宫音同其他音级的关系则变为：

以为宫，则其音阶的音响结构为“宫（），商（F），角（），清角（A），（C），变宫（）”，等同于上述纯律类音阶的D型。（见例）

《〈神奇秘谱〉琴曲的调弦法》一文曾提到过三分律调弦的琴曲取音方式有一重要特点，即泛音几乎全部都避用了三、六、八、十一徽的纯律音位，从而造成这些琴曲中的泛音段落构成了不折不扣的三分律。从按音应该同泛音律制保持一致的角度考虑，客观上就存在这样一种可能性，即古代琴家在实际演奏这些三分律调弦的琴曲时，对按音中的纯律徽位实际上做出了某些调整。如十一徽按在十徽八，八徽按在七徽九等。这样可减少三分律调弦时琴律音系网中可能出现的较多的同音两律现象。如果这种可能性存在的话，则三分律调弦的琴曲绝大多数均为单纯三分损益律制，但不管其可能性存在与否，当代琴家对这部分琴曲进行打谱发掘时，适当调整其按音中的纯律音位即可以保持全曲律高的统一。