调弦法的律制性质为琴曲音乐构成某种律制提供了基础和可能性，它是决定琴律性质的一个十分重要的因素。所以本文对《神奇秘谱》琴律的研究首先从调弦法开始。

调弦法首先涉及琴调，琴调是标示琴曲所用特定的定弦或音乐风格特征的一种名称。《神奇秘谱》中琴曲在曲目前，都标明该曲所使用的琴调，并且按不同的琴调分类。下卷中同类曲谱前都附有该调的调意。全谱集上、中、下三卷共应用了慢角调、碧玉调、慢商调、凄凉调、楚商调、慢宫调、黄钟调、蕤宾调、姑洗调、宫调、商调、角调、徵调、羽调和商角调15个琴调。其中慢角调和碧玉调、凄凉调和楚商调定弦相同，宫调、商调、角调、徵调、羽调和商角调均为正调定弦。这样全谱共可归纳出八种不同定弦的琴调。但相同的琴调又可以采用不同的调弦方法，使七条弦散音所构成的同样的音阶形式产生不同律制的音响结构。

《神奇秘谱》中没有标明任何琴调完整的调弦程序，仅在下卷某些琴曲前标明了部分应弦法，但实际上七条弦散音之间的音律关系仍不明确。所以，本文对《神奇秘谱》调弦法的研究主要通过寻找同一音级在不同弦上的同度或八度重复的两个连续谱字来推导两条弦的关系的办法进行。推导原则为同度或八度重复的两个音级不产生音差。八度关系的两个音级由于其在音高上的相似性，音乐心理学中一般将其称为“等价音”。同度和八度重复一般也不会产生音高上忽高忽低的现象。寻找音符的原则以准徽为依据，并以泛音为主，在特殊情况下，找不到泛音音位的重复时才用按音代替。因为按照演奏实际，徽间音的位置往往具有游移性，而次徽的位置是不游移的。特别是泛音徽位，一旦游移将发不出响亮的泛声。

本文对调弦法的推算利用音分数来进行，首先将琴上13个徽的按音和泛音的弦长比转换成音分。这样，在具体推算过程中就可以用加减法来代替乘除法，使得音高标记和换算也更为直观和明确。表1为13个徽位按音和泛音的音程值：

表1　13个徽位按音和泛音音程值

根据八音度的“等价音”性质，我们可以将相隔一个或几个八度的两个音看作等律音，这样就得到表2较为简化的13个徽位的音分值：

表2　13个徽位按音和泛音音分值

具体推算原理为：当两条不同弦上不同徽位连续发出同一音或八度音时，低音弦徽位上的音分数等于高音弦徽位的音分数加两条弦之间音程距离的音分数。比如，若我们知道五弦和六弦之间为小三度关系，但不明确是纯律小三度还是三分律小三度的话，则我们可通过“　”“　”两个连续进行的同度泛音谱字来进行推算。五弦（低音弦）的十二徽泛音为702音分，六弦（高音弦）的十一徽泛音为386音分。设两弦距离为X，则：702＝X＋386，X＝702－386＝316音分。可求出五弦和六弦之间的距离为316音分的纯律小三度。

谱字位置采用分数来标记，分母表示页数，分子表示行数，再用“F”或“A”分别表示泛音或按音。如“8／20F”表示谱字位置在第20页第8行，性质为泛音。每首琴曲则另外标明收在上、中、下三卷中的哪一卷。谱字下面则标明所推导出琴弦的阶名及其以三分损益律为基准的律高，阶名上方加“—”表示在三分律律高的基准上加一普通音差，阶名下方加“—”则表示减一普通音差。未标出卷名和弦名的琴曲，其推导过程和所收录的谱卷与前曲相同。《神奇秘谱》现存明嘉靖汪琼翻刻本和上海图书馆藏明万历翻刻本。这两种版本版面基本一致，本文的标记也同样适用于这两种版本。

经过全面统计，我们基本上可以将《神奇秘谱》中的调弦法归纳为两大类五种形态。

第一类为三分律音阶调弦法。其特点是散音的音阶可纳入五度链之中。其应弦方法一般都是利用古琴上某一弦的纯五度或纯四度音位同其他弦之八度或散音相应。

第二类为纯律音阶类调弦法。古琴上的纯律音阶调弦法存在四种形态。

第一种形态，本文称为A型，即典型的西方式的纯律音阶。该音阶形态的生律方式为：

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这种音阶形态的调弦法在古琴上一般是兼用纯四、纯五和三、六度音位两类应弦方法。音阶中各音级同宫音之间的弦长比和音分数如下：

在该形态七声音阶中，其角、羽和变宫三个音比三分律的同音级低一个普通音差，五声音阶中一般其角和羽两个音比三分律音级低一个普通音差。

纯律类调弦法的第二种形态，本文称为B型。这种音阶形态的五声音阶中除了羽和角音比三分律的同名音级低一个普通音差外，其商音也低一个普通音差。它与宫音之间为182音分，这个音在曾侯乙编钟中被称为“素商”。其音阶结构为：

第三种形态，本文称为C型。这种音阶形态的特点是五度链中原应为最左边的一个音级在这里用了三度生律法。在五声音阶中这个音是角音，曾侯乙编钟中称“宫角”。在六声音阶的凄凉调定弦，第七弦低一个普通音差的情况下，如以五弦为言，则七弦音为“”；以二弦为宫，则七弦音为“变宫”，曾侯乙编钟中称“徵　”。这种音阶的结构形态为：

或　　宫　　徵　　　商　　羽　　角

第四种形态，本文称为D型。该音阶形态的特点是宫音比三分律宫音高一个普通音差，或徵、商、羽、角均比三分律音级低一个普通音差。具体结构为：

或　　

黄翔鹏先生在其《传统音调的数理逻辑关系》（载于《中国音乐学》1986年第3期）一文中曾指出过古琴音乐中存在着本文所称除A型之外的纯律类音阶，并认为它们为中国民族音乐中所特有的音阶形态，同时将其律制称为“复合律制”。本文将其划为纯律类律制是因为笔者认为它们同典型纯律音阶的基本特点一样，即同时运用了两类生律方式，仅仅是音阶的排列形式不同而已。并且通过四、五度关系的移宫，往往可以同典型的纯律音阶产生转换。如采用下面调弦关系的凄凉调定弦：

如以第二弦为宫，则为典型的纯律音阶，即纯律类调弦法的A型。如以第五弦为宫，则为纯律类调弦法的B型。而复合律制这一名称，笔者认为若指称那些在同一音级上出现三分律和纯律两种律高情况的音阶形式则更为合适。