在如何判定琴律的基本性质方面，亦存在着两种不同的认识。

第一种观点认为琴律是一种单纯的三分损益律制。这种观点在我国明清及以前的琴律理论中始终占主导地位。如唐武后时的《乐书要录》、陈拙的《弦论》、宋朱熹的《琴律说》以及元陈敏子的《琴律发微》都毫无例外地用三分损益法来解释琴律。《乐书要录》卷五“论三分损益通诸弦管”中有如下记载：“琴不择长短，但调取一弦与黄钟同声，即于其上分作三分，捻却一分而弹之，即与六寸林钟声合。又于中更分作三分而益一分捻之，即与八寸太簇声合。如此展转，终于十二，与律吕相并，遂无毫厘之差。”^[9]

第二种观点认为琴律的基本性质是二律并用，即一种兼含纯律和三分律的复合律制。上述分期理论的第二种观点曾提到过复合律制的二律并用，但它主要是从历史发展的角度强调琴律的分期断代，这里的“二律并用”是对琴律基本性质的一种判断。如张世彬先生认为，“琴上按音音位，其音阶之根据无疑是简律”。“自从琴上有13个徽而且琴曲用及泛音的旋律便即是有纯律音阶供实用。”“在一乐器上兼用简律与纯律两种音阶这是古琴音乐的特色。”^[10]这里，张先生的“二律并用”之观点是由于将古琴按音和泛音的音律加以区别看待而形成的。叶明媚女士也明确地指出“古琴共有七弦，故共得泛音九十一个。古琴乐曲中有整段弹奏泛音者即纯律的应用”。“按音较散音与泛音为多。琴上按音音位是以三分损益法算出者，乃按照一定的比例而得，而非胡乱按下而得的三分损益法乃属于相生法，古琴乐曲中弹奏按音者即三分损益律（简律）的应用”。^[11]梁铭越先生也认为“泛音的律制都属于纯律”^[12]。(www.daowen.com)

然而，黄翔鹏先生对琴律的研究却是将按音和泛音的音律结合起来进行考虑的，并形成与上不同的观点：“由于琴的各种取音方法全部联系着琴徽的作用，因此三分损益法虽存在于某些取音方法之中，但琴律仍是一种以纯律倾向为主的复合律制。”“按音在当徽之处则在绝大多数情况下必然产生纯律音程，而某些徽分则仍然产生纯律音程。琴律的泛声则由徽位约定，只能使曲调中的各音符合纯律结构。因此，琴徽决定着琴律以纯律为主的律制倾向。”^[13]