对于古琴律制运用的历史分期，学者们一般都认为可分为纯律（或纯律为主）和三分损益律（或三分损益律为主）两个时期。并且纯律的运用在前，三分律的运用在后。琴律的发展是从运用纯律演化为运用三分律的，但在具体历史阶段的划分上，却存在着两种不同的观点。第一种观点认为从纯律向三分律的演变发生在明末清初，这种观点以杨荫浏先生为代表。杨先生认为，“在七弦琴的弹奏技术中，却很早就有了应用纯律的证据。琴上有十三徽，其中第三、第六、第八及第十一等四个徽位上的泛音都是纯律所独有的音……从现存的无数琴谱看来，我们至少可以有把握地断言，从公元第6世纪起，至第16世纪止，在长达千年以上的一段时间，我国的琴家所用一直是不折不扣的纯律。最早的是南北朝时梁丘明所传授的《碣石调·幽兰》，其中十三徽上的泛音都用到；其次是《白石道人歌曲》中所载宋代词人姜夔（1155—1209）的《古怨》琴曲，又其次是明代出版的很多琴谱。在后两类书中，除了十三徽上的泛音位置之外，徽间的按音‘徽分’都记写得十分明确，所代表的都是纯律的徽分”^[1]。然而陈应时先生却慎重地指出“杨先生所说的纯律徽分在明代或明代之前的琴谱中是没有的，杨先生在弦长比值图中所列的所谓‘纯律徽分’是他自己计算出来的，在历史上它们尚未出现过，因为这些纯律徽分不能适应古琴使用纯律的需要”^[2]。“杨先生的理论现在看来还不够完善，需要再做进一步的论证。”^[3]这样，就存在一个明代或明代之前古琴上的纯律如何运用的问题。正如台湾出版的《大陆音乐辞典》里所述，“七弦琴应用纯律到什么程度，也是一个悬而未决的问题”^[4]。但该辞典在关于琴律历史分期阶段的观点同杨先生的观点也基本一致，“按弦的位置虽然把琴弦做简单的除法然后标示出来，而琴乐上也确实用了许多泛音，自16世纪以后的琴学手册却指出对琴弦的一些调整，使其调音似乎更接近毕氏音律或平均律”^[5]。这段话同《新格罗夫音乐与音乐家辞典》中的陈述相同^[6]，但后者认为16世纪后的琴律接近平均律，这显然同实际情况相差较大。

关于琴律历史分期的第二种观点，认为琴律从纯律向三分律的转变发生在宋元时期，如丁承运先生认为：“琴乐在琴徽发明之后，在一个时期中曾是倾向于泛音的纯律音程的应用……但纯律和三分律在琴乐中共存的矛盾经过长期的实践，逐渐发展成为三分律为主体而兼含纯律成分的复合律制。这可由大量的极少用十一、八、六、三徽泛音的唐宋琴曲如《梅花三弄》《离骚》《禹会涂山》等得到证明。”“这个变革至迟也不会晚于宋代，到了元代律制问题已是明朗了。”^[7]这里“明朗了”无疑指琴律到元代已经完成从以纯律为主的复合律制发展到以三分律为主的复合律制的历史变革了。持近似观点的尚有何昌林先生，他认为“我国古琴音乐由南北朝时期的偏重纯律（十三徽泛音全用到）到元明清时的偏重简律（避用三、六、八、十一徽泛音等），说明早期的琴曲，有一定复音音乐特色”^[8]。(www.daowen.com)

如果以上述两种不同观点来看待成书于15世纪初的《神奇秘谱》的话，那么按照以杨荫浏先生为代表的第一种观点，该谱琴曲应该全部属于纯律律制或纯律兼含三分律的律制。按照第二种观点则正好相反，即属于三分律或三分律兼含纯律的律制。