鸦片战争之后，西学东渐的趋势逐渐增强。在甲午战争之前，中国传统士大夫仍然以“忠信”“礼义”为“甲胄”“干橹”，顽强与之抗衡。但是甲午中日战争的失败，国人不仅感受到亡国灭种的危险，也看到日本学习西方之后所焕发出的蓬勃朝气。因此，西学以狂风暴雨之势摧垮了中国知识分子心中的堤坝，人们开始正视和接受西学。刘师培生活在东南地区，这里不仅是传统学术的重镇，也受到西方文化较大的影响。刘师培青年时就认识到学习西学的重要性，他在《仪征刘君师培留别扬州人士书》中倡言：“中国数十年来，所习非所用，所用非所习，故列强目为无教之民，而社会无复日新之望。”他劝告扬州士绅学者，“实行欧化主义，而不必托言国粹也；曰保守之习宜革也；曰兼善之念宜生也”。可见，刘师培早年就对西学十分重视。

在世纪之交，随着甲午战败和庚子事变的发生，西方对中国的影响大大加深了。在这种情势之下，康有为梁启超等维新派以及蔡元培、章太炎的革命派都在努力将中西学术进行融合，以期建立一种新的学术体系，加强国人对西学的吸纳与认知。刘师培注重中国学术与西方的汇通，力图运用西方的新理论、新方法来研究传统学术。在《论小学与社会学之关系》当中，他以西方的社会学理论来考察中国的文字起源，如对“田”字的考察，“西人于言人群之进化者，名曰社会学，其言曰：民之初生，由狩猎时代进而至于游牧时代，由游牧时代进而至于耕稼时代。斯义也，证之中国‘田’字而益信。中国称狩猎曰田，耕稼亦曰田，盖上古之民，言语单简，于凡可以获食者，皆以田字该之。《尔雅》李巡注云：田，陈也。谓陈列种谷之处，盖陈列种谷之处多田，故陈列禽兽之处亦名田，则田之一字，为未有火化前之言矣！”除了运用西学解释文字外，他还将西方学科划分体系引入中国，将中国传统的学问区分为心理学、伦理学、历史学、文学等，并且着手编写了一系列教科书，如前文所提到的《中国文学教科书》《伦理学教科书》《中国地理教科书》《中国历史教科书》等。他对自己所编的教科书寄予厚望， “今所编各课，于征引中国典籍外，复参考西籍兼及宗教、社会之书，庶人群进化之理可以稍明”。对于以西方意义上的教科书来启发明智充满了信心。

除了用西学来解释、理解中学外，刘师培也以中学去附会西学。西学东渐，带来的不仅仅是西方的富强之“术”，也把西方近代形成的价值观念带到了中国。在没有经历辛亥革命和新文化运动的洗礼之前，在普通中国人中间，传统文化仍然占据主导地位，西方价值观念想要落地生根并普及并非易事。因此，欲倡革命，必先占据理论高地，刘师培正是充分利用了自己深厚的国学功底，用中学来附会和接引西学，给西方价值披上传统文化的外衣。在《周末学术史序》中，刘师培把先秦学术发展进行了一番整理，认为西方近代许多学科门类在先秦时期已经开始出现，如“西儒社会学必搜集人世之现象，发见人群之秩序，以求事物之总归”。“大易之道，不外藏往察来，探赜索隐。藏往基于探赜，以事为主，西人谓之动社会学。察来基于索隐，以理为主，西人谓之静社会学。”同样，“《礼运》一书，历举饮食宫室之微于圣王既做之后，反溯圣王未作之先，以证事物浩繁，各有递变。而春秋大义，实与相符。此《春秋》通于社会学者也”。对于西方的进化论，刘师培认为先秦诸子已有阐发，“儒家立说，虽斥强权，然天择物竞之理，窥之甚明，观《论语》之论岁寒，《中庸》之论生物，因庶物之繁滋而明天然淘汰之作用。孰非孔门之粹言乎！”刘师培将儒家言论比于达尔文之说，将墨子“人定胜天”之说比于斯宾塞之说，将杨朱“为我”之说比于边沁的功利学说，都表现了一定的中学附会西学的特点，而这也是近代中国思想界的潮流。

刘师培用西方的概念来解释中国传统文化，虽不免有附会之嫌，但这种文化比附现象在晚清民国的思想界是一种普遍存在的现象。刘师培通过这种“旧瓶新酒”的方式让不易为中国人接受的西方事物以中国的面目出现，也在客观上为西学在中学的领域内找到了一片立足之地。刘师培的这番努力不仅有助于那些不能放下传统包袱的人接受西学，而且，显示出中学的悠久广博，提高了中国人的文化认同感和民族自豪感。对于刘师培中西汇通的努力，我们应该给予充分的肯定，看到他在近代思想启蒙中的贡献。但是，从学术角度论，刘师培对中西文化的融合显得过于牵强，虽然从语言上看，中国先秦思想家许多言论近似近代西方学说，但其内涵却不一定相通。同时，我们也应该看到，刘师培虽然传统学术素养很深厚，但是对于西学却没有受过系统的训练。因此，他对西学的理解有时会出现舛误，甚至以中学的思维去解释西学。(www.daowen.com)

关于如何对待中学和西学的关系，不是刘师培个人所要面对的难题，是那一代、甚至几代中国人都要探索、思考的问题。王汎森先生曾指出，刘师培的思想中存在着两个灵魂，既有传统的一面，也有激进的一面，他们痛恨西化，却又希望从西学寻求富强之道，同时，他们批判传统，又在某种程度上对他们想象中的纯粹传统有着依恋。同很多近代学人一样，刘师培一生思想都处在“古今中西”的纠缠中，力图在其中找一个平衡点。他少年之时，看到国家积贫积弱，在古学中寻找不到救世的良方，转而开始投身革命，不仅要革清政府的命，而且开始学习西方文化，批判传统，并以“激烈派第一人”自居。但随着对西方文化的接触，刘师培又认为欧美仅有“伪文明”，其政治则“较中国为尤恶”，“人民无形之自由，亦较中国之尤减”，只是在物质文明上比中国进步。因此，晚年的刘师培又回到了中国传统的怀抱，在北大的讲台上教授音韵训诂、《尚书》、《三礼》等传统学问。此后，刘师培在北大创办了《国故》月刊，开始提倡国粹和整理国故，他和黄侃分任主笔和副主笔。《国故》在当时的北大影响很大，与胡适为首的《新潮》和李大钊为首的《国民》并列。刘师培将《国故》的期刊宗旨定义为“保存国粹”和“昌明国学”，一再表示不是为了与新学争锋。有学生回忆，他上课时候绝少批评新文学，只是主张不妨用旧有的文章体裁来表达新思想。这和另一位国粹健将黄侃形成鲜明对比，因为黄侃一节课总要用半个小时去抨击新文化运动。可见，刘师培对新学还是秉持包容的态度。

处在近代思想文化转型的历史时期，刘师培的学术思想呈现了融会贯通的特点，在经学、诸子学、中西比较之学上，他都具有包容性的取向，对古今中西的学说思想都能够保持吸取兼收，这是传统经学家所少能具有的思想特质。这也说明，在古今中西思想交汇的近代中国，思想家们必须兼收并包，才能在其治学领域有所创新。