清代考据学兴盛，学者们除了醉心于经学的整理与研究外，在史学研究领域也取得了一批重要成果，如王鸣盛的《十七史商榷》、钱大昕的《廿二史考异》和赵翼的《廿二史札记》等，还出现了如章学诚这样的史学理论大家。刘师培就十分推崇章学诚，在《国学发微》中称章学诚“作《文史通义》内外篇，集二刘之长，以萃汇诸家之学术，郑樵以还，一人而已”。章学诚在《文史通义》中系统提出“六经皆史”的主张。章氏的这种主张颇有影响，如刘师培的祖父刘毓崧认为，“六艺未兴之先，学各有官，惟史官之立为最古。不独史家各体各类并支裔之小说家出于史官，经、子、集三部及后世之幕客书吏，渊源所仿，亦出于史官”。受其先辈的影响，刘师培提出“六艺者，古圣王之旧典也”。在《古学出于史官论》一文中，他进一步提出“六艺出于史也”、“九流出于史也”、“术数方技之学出于史也”的论断。

刘师培在治学过程中提倡经、史互证，在他所编的《中国历史教科书》中，将六经当作研究上古史的重要史料。特别是西周以前，中国流传下来的史料稀少，使上古史的研究困难重重，那么六经的重要性就不言而喻了。刘师培认为：“六经皆西周之史书，西周之大政大事以及典章礼俗大抵附见六经之中。”如研究古代伦理则需征引《孝经》《易经》《礼记》《毛诗》等，研究古代制度则需征引《尚书》《左传》《公羊》等，研究周边少数民族则需引《诗经》《尚书》《左传》等。同时，刘师培赞同班固《汉书》的观点，认为“诸家学术悉随时势为转移”，即学术受到时代的影响。反之，通过对学术的研究，可以帮助史家理解时代之精神。经学在中国学术发展史上的重要地位不言自明，而经学的发展与变化也能反映出政治、社会和时代精神的变迁。在刘师培的《国学发微》《经学教科书》《伦理学教科书》中，就可以从经学的发展史中体会到时代的发展变迁。

刘师培对诸子学研究进行肯定，认为经学和诸子学并非是敌对和排斥关系，而是有着密切的联系，先秦时期各家争鸣不已，为了能够将自己学派的主张发扬光大，就需要不断吸收其他各家的长处，取长补短。儒家也是如此，孔子对于先秦时期各家观念有一定的吸收，如“九流术数诸学，孔子亦兼通之。观《汉书·艺文志》之叙名家也，引孔子必也正名之语。叙纵横家也，引孔子诵诗三百，使于四方，不能专对之言。叙农家也，引孔子所重民食之词。叙小说家也，引孔子虽小道，必有可观之文。叙兵家也，引孔子足食、足兵之说。以证诸家之学不悖于孔门，然即班志所引观之，可以知孔子不废九流矣”。孔子之后，其门人弟子亦对其他各家有所涉猎。刘师培用“上达”和“下学”来说明诸子百家的作用，诸子百家当中的许多学问虽然属于“下学”，即被定义为“术”的学问，历来为许多儒家士大夫所轻视，但刘师培认为“下学功夫寖密，则所为上达者愈深”，即“上达”基于“下学”，他批评宋儒“高谈性命，盖徒知上达而不知下学者也。此其所以流为空谈欤！”(www.daowen.com)

除了治经学需要融通诸子学之外，刘师培研究诸子学也是顺应时代和学术发展的要求。清代考据学极为兴盛，考据的方法和技术已经十分完善了，但儒家经典的数量毕竟有限，考据学家们在考据经、史之外，开始将目光投向中国文化思想的另一大宝库，即先秦诸子学领域。特别是到了清代中晚期，诸子学研究已经蔚为大观，如刘师培极为钦佩的汪中，就对《墨子》进行了研究，著有《墨子序》一书。为了政治需要而研究诸子学，如康有为、梁启超等人研究诸子学，力图从中挖掘出变法图强的方法和依据。另外，西学东渐，如何以中国传统的学术资源来接引西学，成为晚清思想家们需要思考的一个重要问题，由是他们纷纷把眼光投向诸子学领域。

刘师培在诸子学的研究上花费了大量的功夫，著有《管子校补》《老子校补》《庄子校补》《荀子补释》《韩非子校补》《墨子拾补》《楚辞考异》等大量著作。他努力将西学嫁接到中学之上，以此缓解中西文化之间的紧张关系。他认为：“周末诸子之学派多与西儒学术相符，比较而观，可以知之矣！”如道家学派的庄子、列子，主张趋乐去苦、逍遥自适，就和古希腊的伊壁鸠鲁所创学派相似；法家的申不害、韩非子主张“任法为治”，类似于西方主张的依法治国；惠施、公孙龙的名学则类似于西方的逻辑学。刘师培用西学附会诸子学，虽稍显牵强，但他力图在传统文化的母体中为西学找到一块合适的孕育之地，对于汇通中西学术起到了一定促进作用，也是近代以来中西思想交流碰撞的一个体现。同时，诸子学研究也成为刘师培宣传政治主张的有力武器，他和章太炎、邓实等人创办的《国粹学报》，不仅把研究诸子学上升到研究国学、保存国粹的高度，而且要“以国粹激烈种姓，增进爱国热肠”。