刘师培继承了扬州学派的治学特点，崇尚通儒之学，他从经学发展的历史出发，认为“六经均先王旧典”，孔子对这些“旧典”进行了系统的整理，并以此来教授学生。孔子在授课过程中，弟子“各记所闻，故所记互有详略，或详故事，或举微言，详于此者略于彼。所记既有详略，因之而即有异同”。由此，“《春秋》所由分为三，《诗经》所由分为四”。但是归根溯源，这些都是孔子所传之六经。刘师培认为，后世虽然经义纷纭，但所传皆出自孔子，只是各派之间的侧重点有所不同，但皆有相通之意。而且先秦传下的资料有限，不同典籍可以互相补充，他举《春秋》三传为例，“三传同出于孔子，公、榖二传乃左传之拾遗，故其义有为《左传》所有者，如五始之说，是盖因左氏未将此意笔于书，故公羊补其缺”。

孔子之后，儒学流传最广的当属春秋战国时期的齐、鲁两地，两地学术在传承过程中形成了不同特点。齐学的特点是“详于典章”，鲁学的特点是“详于故训”，按其特点，齐学多近于今文经学，鲁学则多属于古文经学，但是这种区分不是截然的，不同的经书之间大义是有相通之处的。因此，“西汉经师多数经并治，诚以非通群经即不能通一经也”。到了汉武帝独尊儒术之后，百家之间的争论遂转变为儒学内部的争议，各派为了争夺政治上的优势地位，严格了“家法”、“师法”。许多儒家学者为了仕路之途，取得在某一经典上的独占式地位，多仅治一经而不复参考他经之说。这样，儒家虽然形式上取得了独尊，实则在思想内容上受到了禁锢。

刘师培把这种情况看作儒学式微的体现，他反对统治者用政治手段对学术进行干预，他批评唐代政府组织编订的《五经正义》是仅“一家之注”、“一家之疏”，六朝以来的经义、注疏都因此而失传。因为唐代科举考试皆是以《五经正义》的内容为标准，天下读书人遂“不复发挥新义”。他将唐代思想界的贫乏归咎于《五经正义》“眯天下之目，锢天下之聪”。他认为：“仅通一经，确守家法者，小儒之学也；旁通诸经，兼取其长者，通儒之学也。”刘师培在《经学教科书》的序例中阐述了他对古今经注的态度，即“汉儒去古未远，说有本源，故汉学明则经诂亦明，愈明汉学，当治近儒说经之书。盖汉学者，六经之译也。近儒者，又汉儒之译也。若夫六朝隋唐之注疏，两宋元明之经说，其可供参考之资者亦颇不乏，是在责而用之耳！”(www.daowen.com)

由此可见，刘师培在经学发展史方面，强调古今并举。他继承了清代考据学的特点，强调汉代经学的重要性，同时主张汉代之后的经注有可观之处，不可偏废。同时，他在经学不同学派之间，强调今、古文并治。他主张今、古文之间大义相通，各有特点，可以互相补充。这也可以看出，刘师培在学术上较为开通，不囿于门户之见。