在中国传统文化中，经学占有重要的地位，它不仅关涉学术，而且关涉政治、社会生活等各方面，既是学术思想，也是政治思想，具有崇高的位置。刘勰在《文心雕龙·宗经》篇中说：“经也者，恒久之至道，不刊之鸿教也。故象天地，效鬼神，参物序，制人纪，洞性灵之奥区，极文章之骨髓者也。”可见，经学即使在玄学盛行的魏晋时代也具有至高无上的地位，并且一直延续到清朝末年。刘师培作为经学大师，对经学有极深的造诣，但他摆脱了古人对六经的盲目崇拜性，并没有把经学捧上神坛，而是更为平实地给经学的作用进行了定位。他认为：“夫六经浩博，虽不合于教科，然观于嘉言懿行，有助于修身。考究政治典章，有资于读史。治文学者，可以审文体之变迁。治地理者，可以识方舆之沿革。”因此，他认为六经仍然具有很大的价值，不能偏废。但是，不可否认六经中蕴含的许多思想是为传统的专制统治服务的，不对经学中的糟粕进行批判，就不能祛除国人头脑中的枷锁，也难以推动革命的前进。

刘师培对经学思想批判的矛头集中在维护君权、父权和夫权的“三纲”上。他认为秦汉大一统专制王朝建立之前，并没有什么“三纲”之说，而是提倡“五伦”，认为君臣、父子、夫妇、兄弟和朋友之前互相负有义务和责任。刘师培认为：“五伦者，乃对待之名词，非为君者、为父者、为夫者当立于绝对之地位也。”他旁征博引，考证先哲言论，“晏子对齐候谓：君仁臣忠，父慈子孝，夫和妻柔，为礼之善物。孔子对景公亦曰：君君臣臣，父父子子。大学曰：为人君，止于仁。为人臣，止于敬。为人子，止于孝。为人父，止于慈”。刘师培认为先秦人对“五伦”的看法蕴含着平等的精神，特别是在《春秋》经中，对于那些无道昏君的批判，肯定了人们“弑君”的合理性。

对于“三纲”的形成与发展，刘师培进行了考证和推论。他认为三纲之说本于纬书，最早出现于董仲舒的《春秋繁露》一书中，后东汉著名经学大师马融以“三纲”来解释论语。自此之后，纲常名分之说日盛，平等之精义渐衰，刘师培批判“三纲”的流行是“舍理论势，以势为理，舍是非而论顺逆”。对于“三纲”所维护的君权，刘师培认为君主并非天生就高高在上，享有特权，之所以产生君主，是因为先民在群居过程中容易发生争端，需要一个“能断曲直者”，君主就是这个做出公断的人，因此“利出于群，君道乃立”。在这个意义上，君主是要为群体服务的。但是在后代历史的发展中，随着君主权威的日益稳固，君权日尊，民权日衰。刘师培的这些观点，是受到了黄宗羲《明夷待访录》的深刻影响，这也表明，刘师培对于传统君主专制政体的质疑与批判。

关于“三纲”中的父子和夫妇，刘师培从家族伦理角度分析，认为中国传统的家族、宗法制度是一种不平等的家族伦理，在宗法制度的胁迫下，兄弟子侄屈服于父兄犹如臣子屈服于君主一样，毫无人身自主权。父亲、丈夫压迫儿子、妻子的行为即使是错误的，也被世人所认同，如果儿子、妻子胆敢反抗，即使事出有因，也会受到批判和惩罚。刘师培反对父、兄、夫在家族中的绝对支配地位，提出“互相均平”，即“父子、兄弟、夫妇之间，均当互尽其伦理，所以矫不平者而使之均平耳”。父亲的责任是以正确的方法教育子女，使之为善去恶，子女的责任是孝敬长辈，父母有错，也应该规劝，不应一味顺服，这才是父子之间应有之伦理关系。

对于夫妇间的伦常，刘师培认为女子受欺压由来已久，但压迫的程度却是越来越重。先秦时期，“夫妇一伦亦多主平等”，“观礼记有言，妻之为言，齐也”，夫妇之间“义合则留，不合则去”。但到了汉代之后，出现了“三纲”之说，“夫为妻纲”成为禁锢妇女的重要思想工具。宋代以后，理学家更是提出“饿死事小，失节事大”，妇女的地位进一步下降了。为了推动男女平权，刘师培从礼的角度批评了重男轻女是属于“失礼”，主要表现在三个方面：一是“为子者，重父而轻母”，于孝道不合；二是“为父者，重子而轻女”，违反作为父母的天性；三是“为女者，重舅姑而轻父母”，即女子出嫁之后，要以夫家为重，对父母的义务则减少了，这也于礼不合。基于这三点，刘师培提倡男女平等，主张实行一夫一妻制，废除缠足等陋习，同时主张女子能够接受教育，参与社会工作，取得经济上的自由，摆脱对男人的依附，即“今欲男女平等，必自女子能自立始”。(www.daowen.com)

刘师培对传统儒家“三纲”的批判是和他早期的政治取向相统一的，他在日本接受了无政府主义的思想，主张废除任何形式的政府和权威、实现人与人的绝对平等，而要达成无政府主义的目标，刘师培势必要消解“三纲五常”所宣扬的依附关系。同样，刘师培的妻子何震也是激进的女权主义者，他们二人作为《天义报》的主笔在该报上发表了大量关于女权的文章，刘师培对“夫为妻纲”的批判也恰恰为他们夫妻追求男女平等和女性革命奠定了理论基础。

除了对“三纲”进行批判，刘师培对经学批判的另一矛头指向了“天命论”。所谓“天命”，产生和盛行于古代社会，主张自然、社会和人的命运被某种超自然的力量所主宰，人们只能服从于它。“天命论”是专制皇权的另一支撑，古代的皇帝以天子自称，认为自己的权力“受命于天”，以此作为自己统治合法性的依据。如果要推翻君主专制，就要破除“君权神授”在人们心中的神圣地位。刘师培首先从君权产生和起源角度出发，论证君权的出现并非“神授”。他认为一方面“君主”的出现是历史发展到一定阶段的产物，上古社会“有巫无酋”，洪荒以降，“易巫为酋”，《说文》训“酋”为“酒”，由于发明酒是一大贡献，部落民众遂推举为酋长。另一方面，君主也是顺应社会发展的需要而产生的，人类繁衍日盛，而获取资源的能力有限，为了组织起来和其他部落争夺资源，也为了能够解决内部的争斗，就有必要选择一位君主来“定纷止争”。刘师培受卢梭《社会契约论》的影响，认为君主的权力是民众授予的，人民是国家的“主体”，君主是国家之“客体”。君主利用自己掌握的权力来控制人民的思想，把“民授”的权力逐渐转化为“天授”，自此则民权益弱，君权益强，专制之政体则愈加巩固。刘师培批评古代君主这种以“神道临民”是“舍理信数，此则暴君恃以欺众”。刘师培对君主权力来源的追溯，使得君权的神圣性光环被祛除，有利于破除人民心中对革命的疑虑。

从个人的角度，他也对“命”进行了新的诠释，提出“命由己造，非定于天”，中国古代经学思想中也蕴含了此精意，如《左传》“祸福无门，为人所召”，《诗》言“自求多福，福由自求，非天锡之”等。刘师培认为要掌握自己的命运，就要先“立志”，然后“实行”，“立志欲为贤圣，则己身即为贤圣之人。立志欲图富强，则己国即为富强之国。其所以有能、有不能者，咸由于实行之力不力。岂可委之于数，又岂可委之于天哉！”刘师培提倡的“命由己造”体现了新时代的要求，即从农业社会向工业社会过渡的进行中，必须打破固有的“命运观”，发挥人们的主动性和积极性。

总体来看，刘师培利用自己在经学上的深厚造诣，以经学作为工具，既为近代政治思想的转型张目，也为其自身的政治主张提供重要论据，体现了近代经学思想的新旨趣。