刘师培撰文对康有为所倡导的今文经学做了有针对性的批判，这些批判多发生于改良派和革命派进行激烈论战之时，也是刘师培政治思想转向激烈革命时期。因此，他对今文经的批判带有浓厚的政治色彩。改良派以康有为的今文经学理论为基础，主张渐进式的改革，反对革命派暴力推翻清政府的主张，刘师培作为革命派的理论健将之一，以自己最擅长的经学为武器，对今文经学发起了有针对性的批判。

首先，今文学派尊孔子为后世制法的“素王”，康有为遂把孔子立为改革的“教主”。针对这个问题，刘师培认为自古以来，改制之权，均操于君主之手，臣子变法若无君主全力支持，势难成功，即“非天子，不议礼，不制度，不考文”（《礼记·中庸》）。孔子作为宋国贵族的后代，反对僭越和破坏周礼的行为，他抨击鲁国贵族季氏“八佾舞于庭，是可忍也，孰不可忍也”（《论语·为政》）。由此，孔子自己又怎么可能僭越天子的权威去为后世制法呢？至于孔子“素王”一说，刘师培指斥“实则素王之说，出于纬书，纬书取邹衍五德之论，以为孔子继周，故有素王之说。实则儒家不言五行，焉有所谓五德之说？奚必袭《公羊》家素王新法之词乎？”总之，刘师培把孔子看作“从周制而兼考古制者也”，绝非是康有为所指的“素王”和“教主”。

其次，今文经学家认为六经皆为孔子所作，康有为利用今文经学的这个主张，宣称孔子为了改制而创作了六经。刘师培则认为“六艺者，又皆古圣王之旧典也”，孔子只是述而不作，把六艺折中、整理出来，作为自己授课的教材。刘师培套用西方的学科制度来解释六经：“易经者，哲理之讲义也。诗经者，唱歌之课本也。书经者，国文之课本也。春秋者，本国近事史之课本也。礼经者，伦理、心理之讲义及课本也。乐经者，唱歌之课本及体操之模范也。”这样，刘师培将六经从神圣的位置上放到教化所依据的文本意义上，这就对康有为改良的理论基础给予了批判。

另外，刘师培批判了康有为的“三世说”。“三世说”是《春秋公羊传》所主张的一种历史哲学，即社会历史的发展是沿着据乱世、升平世、太平世的过程。康有为将之和《礼记·礼运》篇中的“小康”、“大同”理想及西方的进化论糅合在一起，创造出了“三世说”的理论，即人类社会是不断进化的，即沿着据乱、升平、太平三个步骤，反映到现实的政治进程中就是从君主专制到君主立宪，最终到达民主共和。在康有为的理论中，这“三世”是不能跳跃式前进的，需要循序渐进方能达到，这就支持了改良派的渐进改良的主张，希望中国走上君主立宪的道路，反对激烈的暴力革命。刘师培为了驳斥康有为的“三世说”，就必须对康有为立论所依据的《春秋公羊经》等今文经学进行批判。康有为为了抬高今文经的地位，极力贬低古文经，认为古文经是西汉末年刘歆所伪造。刘师培则反驳了康有为的观点，认为“六经之所记者，事也。舍事则无以为经，然记事之最详者，莫若古文之经。如周官经、左氏传是也”。即古文经的记载更接近六经之原意，况且，早在刘歆之前的西汉初年，就有很多人在治古文经学，他举例汉初叔孙通为汉高祖制定朝仪之时，就采用《左传》的说法，“天子至尊无敌，故无亲迎之礼”，而不采用《公羊传》的说法，即“自天子至庶人皆亲迎”，此例可证“西汉之初，学者非不治左氏也”。刘师培在文章中还举出很多例子证明《周官》《毛诗》等书在汉初多已流行，何来刘歆伪造一说？刘师培通过大量文献和史实考证，打破了康有为的古文经伪造的说法，不仅为古文经正名，而且也说明经学领域内并非今文经学一家独大。那么，附会《公羊传》而得出的“三世说”也就不是神圣不可侵犯的真理了，改良派所宣扬的必须经过君主立宪才能过渡到民主共和的观点不攻自破。(www.daowen.com)

当然，排除政治因素的干扰，从学术角度论，刘师培所追求的是今、古文的汇通。他认为：“今文家言多以经术饰吏治，又详于礼制，喜言灾异、五行。古文家言详于训诂，穷声音文字之原，各有偏长，不可诬也。”他所反对的是康有为等人为了变法而歪曲今文经学，伪造孔子托古改制的假象。刘师培对今、古文经学的差异持较为开放、通融的态度，并没有那种狭隘的门户之见。他在《汉代古文学辩诬》一文中，努力弥合今、古文之间的争端，提出“汉代以前无今、古文之分”，“今古文之分仅以文字不同之故”等论点。

刘师培的好友南桂馨在为《刘申叔遗书》作序时，记述刘师培早年笃信古文经学，后来流落四川，结识了今文经学家廖平，遂对今文师说“多宽假之辞”。南桂馨进一步分析认为刘师培兼综今文并非仅仅受到廖平的影响，实则与其家学深受扬州学派影响密切相关，扬州学派中“主古文者有之，主今文者有之”，刘师培的曾祖父刘文淇少年时就曾受经于其舅舅，即今文经学家凌曙，今、古文学者之间“彼此推挹，各自成其述作”，体现了扬州学派贯通群经，追求经学与诸子学及史学相互融汇的特点。刘师培早年之所以排斥今文经学，多受其革命的政治立场所影响。1905年前后，改良派和革命派进行了大规模的论战，作为力倡革命的刘师培来说，为了驳斥康有为及其依据的今文经学，不得已才力攻今文。刘师培后期摆脱政治束缚，专攻学问时，则多倡通融之言。客观来看，儒学之所以在中国具有旺盛的生命力，就是因为儒学内部存在着互相竞争的学派，先有孟、荀，次有今、古文，后有汉、宋。两派之间相互竞争，一派由盛转衰，则另一派起而代之，互相汲取对方的长处，不断完善自己，生生不息，不断为儒学的发展注入新的动力。