扬州学派的多数学者生长于考据学鼎盛的时期，深受其风气影响，在许多方面继承了汉学家们的优良传统，如提倡实事求是的治学原则，注重音韵、训诂、辑佚、校勘、辨伪、整理等考据学法的运用。扬州学派承认和正视考据学的伟大成绩，阮元称赞清代汉学家考据治经的成就。他认为：“我朝小学训诂远迈前代，至乾隆间，惠氏定宇、戴氏东原大明之。”凌廷堪也认为惠栋和戴震首倡“汉学”，为考据学发展奠定基础，有其积极进步的一面，宋明时期养成的喜空谈、好臆断的空疏学风在一定程度上得到了扭转，乾嘉学者“多知崇尚汉学，庶几古训复申，空言渐绌，是固然已”。正是由于惠、戴等学者的推动，考据学在乾嘉时期发展到鼎盛时期，“几乎独占学界势力”，上至帝王，下到商贾，无不以附庸考据之风为荣。但扬州学者更为可贵之处不仅仅在于继承，如果是仅仅继承了吴、皖两派的治学精神与方法，没有新的创见和突破，就很难将之称为一个独立的学派，充其量只是其他学派的一个支流。因此，我们认为扬州学派更为可贵之处在于其大胆的批判精神，尤其是这种批判发生在考据学如日中天、千万人“靡然从之”之时。

扬州学派批判“汉学”的矛头主要指向两个方面：一是汉学末流思想僵化；二是存有严重的门户之见。“汉学”之僵化在汉学首倡者惠栋身上就初现端倪，惠栋提出“经之义存乎训”和“凡古必真，凡汉皆好”，这种提法在“汉学”发轫之初是有一定的革命意义，但演变到后来就变成了僵化的教条，导致许多学者转宗汉儒遗说，“而汉儒中所据者，又唯郑康成、许叔重”。针对惠栋“凡古必真，凡汉皆好”的观点，焦循提出，“学者言经学则崇汉，言刻本则贵宋。予谓汉学不必不非，宋板不必不误”。而且，焦循认为儒家的宗主是孔子，不是汉代经师，汉代经师虽去古未远，但他们解释的经典也未必全部符合圣人的真意。“学者述孔子而持汉人之言，惟汉是求，而不求其是，于是拘于传注，往往扞格于经文，是所述者汉儒也，非孔子也。”这就明确提出了不以汉人之是非为是非，树立了“实事求是”的治经原则。焦循曾一针见血地指出惠栋治学的不足之处：“东吴惠氏为近代名儒，其《周易述》一书，循最不满之。大约其学拘于汉之经师，而不复穷纠圣人之经，譬之管夷吾，名曰尊周，实奉霸耳。”因此，焦循的易学研究既不完全依据汉代的注疏，也不轻信宋儒的研究，他根据自己在象数方面的研究心得，自创了一套研究《易》经的方法，这是他在易学研究方面超越惠栋的具体体现。

另一位扬州籍学者凌廷堪也注意到了汉学走入极端的现象。“浮慕之者，袭其名而忘其实，得其似而遗其真。读《易》未终，即谓王、韩可废；颂《诗》未竟，即以毛、郑为宗……不明千古学术之源流，而但以讥宋儒为能事。所谓天下不见学术之异，其弊将有不可胜言者。”考据学者拘泥于汉代经说就会出现门户习气太重的毛病，不能兼容并蓄、融会贯通。焦循认为学者治学需要泛观博览，才能汲取众家之长，最忌讳“执一废百”。他在家训中正告后人：“学经者博览众说而自得其性灵，上也；执于一家以和之，以废百家，唯陈言之先入，而不能自出其性灵，下也。”焦循指出了考据学发展中存在的主要问题，考据学家虽然在复原经典方面做出了重大贡献，但是过于拘泥于汉人成说，忽视了汉以后的百家之长，未能以历史的眼光看待学术的继承、发展和演变，故而也就不能在前人的基础上有所推进。

前文提到的扬州学派学者多生活在清代汉学极盛期之后，不仅汉学阵营内部开始自我反思，程朱理学和汉学之间也互相争鸣。在这种学术环境影响之下，扬州学派诸学者开始积极寻求各个学派间的调和之道，焦循主张做人和做学问一样都要奉行“忠恕”之道。他批评学者“自据其所学”，不能看到其他学者或学派的优点，更有甚者，“虽明知其善”，但是为了意气之争和门户之见，则一定要和对方相抗衡。他认为先秦九流二氏、汉魏经师、宋明的朱陆之争，“其始缘于不恕”，因此，他主张做学问应该有着融会贯通的气象，“舍己克己”、“善于人同”。有鉴于此，扬州学派学者身体力行，纷纷提倡和践行通儒之学，阮元将学者定义为“通儒”和“陋儒”，“陋儒”就是固执于一家之言，不知变通，一心攻读八股词章之学，醉心于功名利禄。而“通儒”则是能“笃信好古，实事求是，汇通前圣微言大义”。根据此定义，扬州众多学者大都可以称得上通儒，焦循、阮元自不必说，学问旁涉内容涉及四书、五经、史学、文学、诗词、戏曲、医学、算学等；焦循在经学研究方面也力争做到“以经文为主，以百家子史、天文、数算、阴阳、五行、六书、七音等为辅，汇而通之，析而辨之，求其训诂，核其制度，明其道义，得圣贤立言之旨，以正立身经世之法”。前文述及的汪中打通了经学与诸子学的壁垒，开诸子学复兴之先河，亦可称之为通儒。王念孙所著《读书杂志》校勘对象涉及经史百家，其子王引之亦继承其父通儒之风。凌廷堪则“读书破万卷，肄经邃于士礼，披文摘句，寻例析词，闻着冰释。至于声音、训诂、九章、八线，皆造其极而抉其奥。于史，则无史不习……”以上诸人皆是扬州学派的中坚人物，他们治学都打通了学科间的界限，突破了前辈汉学家考经的藩篱，大大扩展了考据学的领地，显示出了通儒的气象。

除了打通学术的界限，扬州学派还主张调和“考据”和“义理”的关系。扬州学者看到许多汉学家皓首穷经，只重视恢复经典的本来面目，而忽视了经典的义理价值，走向了与理学末流相反的另一个极端。扬州学派在这方面较为推崇戴震的为学方法，即“故训明则古经明”的见解。戴震认为：“然病夫《六经》微言，后人以歧趋而失之也。言者辄曰：‘有汉儒经学，有宋儒经学，一主于训诂，一主于义理。’此诚震之大不解也者。夫所谓义理，苟可以舍经而空凭胸臆，将人人凿空得之，奚有于经学之云乎哉？惟空凭胸臆之卒无当于贤人圣人之理义，然后求之古经。求之古经而遗闻垂绝，今古悬隔也，然后求之故训。故训明则古经明，古经明则贤人圣人之理义明，而我心之所同然者，乃因之而明……贤人圣人之理义非它，存乎典章制度者是也……彼歧故训、理义二之，是故训非以明理义，而故训胡为？理义不存乎典章制度，势必流入异学曲说而不自知。”在戴震这里，如果想要弄明白往圣先贤作品中的义理，必须有正确的方法，即以经籍和典章制度为中介，先将在历史长河中散佚、篡改和意义难明的典籍搜集整理，再通过考据学的方法去还原其本来面目，进而才能达到最终闻道的目的，也即先广为搜集、严为考证、精为义理的研究思路。(www.daowen.com)

由此，戴震强调：“经之至者道也，所以明道者其词也，所以成词者未有能外小学文字者也。由文字以通乎语言，由语言以通乎古圣贤之心志，譬之适堂坛之必循其阶，而不可以躐等。”作为考据学大师的戴震，受到许多学者的推崇，但在考据之风盛行的情况下，人们只重视他在考证方面的功劳，而忽视他在义理阐释方面所作出的贡献。扬州学者十分重视戴震的义理学著作，凌廷堪提醒学者不要忽视戴震的义理著作。他称：“先生之学，无所不通，而其所由以至道者则有三，曰小学，曰测算，曰典章制度。至于《原善》、《孟子字义疏证》，则古训而明义理，盖先生至道之书也。”焦循认为在“汉学”没有兴起之时，为矫学者空谈之弊，提倡考据之学，意义深远，保存和恢复了古代典籍的本来面目。但是在考据之学已经风行海内之后，学者就要避免走向极端。“古学未兴，道在存其学；古学大兴，道在求其通。前之弊，患乎不学；后之弊，患乎不思。证之以实而运之以虚，庶几学经之道也。”何为运之以“虚”？就是要求学者在证“实”的基础上进一步推究、思考经典文本中蕴含的丰富哲理，将古圣先贤的智慧再现于世间。我们可以看到在焦循这里已经出现了融通汉宋的努力，他将考据和义理统一起来，在已经证“实”的确定文本基础上，发挥自己的主观能动性，参悟和阐发义理。可见，焦循的义理阐发不同于宋儒那种不依托于文本、但求于心、六经注我，甚至引释、道入儒的做法。不过，他与宋儒解经的做法也有一定的相同点，如有学者指出的，焦循认可了宋学在文本解释形势下的主观心理活动的作用，即强调学者的创造性和主观能动性，这也是一切真正的为学致思的普遍性特点。

阮元既是乾嘉后期的一代名儒，也是朝廷的封疆大吏，他在当时的士林之间具有无可比拟的影响力，被认为是“汉学”的大护法。阮元对于清代考据学贡献极大，这里提及阮元主持编纂的几部主要的著作，其一是《十三经注疏》，阮元主持校刻的《十三经注疏》在诸多的“十三经”的注释版本中是最为完善的，总共四百一十六卷，并撰《校勘记》附于诸经卷末，号为善本，是迄今为止最好的版本，是今天研究传统文化不可或缺的宝贵资料。其二是《皇清经解》，全书共一千四百卷，收录了清代七十三位重要学者的一百八十三种重要著作，基本上将清代学术之精华都网罗在内，对清代学术的保存做出了重要贡献。阮元之所以重视汉学家的工作，是因为他把文字、音韵训诂看作入学的门径，门径一旦出错，学问也就迷失了方向，哪里能达到为学之目的呢？清代中前期，理学家在朝堂之上占有重要地位，汉、宋之间的争论一直未能平息，阮元作为朝廷重臣，既受到考据学者的影响，也能接触到众多的理学名臣，因此能够相对客观看待汉学和宋学的优缺点。他认为宋代学者的错误正是在于“求道太高，卑视章句，譬犹天际之翔出于丰屋之上，高则高矣，户奥之间，未实窥也”。而汉学家则“但求名物，不论圣道，又若终年寝馈于门庑之间，无复知有堂室矣”。阮元认为，汉、宋学问之优点则在于“两汉名教，得儒经之功；宋明讲学，得师道之益，皆于周孔之道得其分合，未可偏讥而互诮也”。因此，唯有取汉、宋二家之长方能窥其径、登其堂而入其室。

由上大致分析可知，扬州学派的朴学思想，有两个重要的内容：一是重新发现了先秦诸子学，并对诸子学的文献予以搜集、整理、考辨；二是对清代汉学予以了一定的反思，在此基础上强调通儒之学、考据义理并重、汉宋兼采的思想方法。