惠栋被众多学者公认为对清代“汉学”有开创之功，是由于他在经学领域建立了新的治学取向和范式。如前所述，江南学者归有光、钱谦益、顾炎武等人为了矫正晚明儒者治学空疏之弊，率先提出“通经学古”、“以汉人为宗主”、“重返六经的主张”，虽然这些主张在士人当中也有一定的反响，但这批学者并没有严格将经学研究与宋明理学对立起来，也未能成为学术潮流，难以对学界产生重大影响。到了惠栋这里，他正式举起了复兴“汉学”的大旗，不仅要提倡经学，而且明确提出尊崇汉代的经学，贬低宋明以来的经学著述。惠栋认为汉代经师去古未远，与圣人生活的时代最接近，能深刻理解先秦经典的真正意义。从惠栋的角度来看，宋儒之学则偏离了圣人之道，大致有三个方面的原因。其一，宋儒距离圣人生活的时代已经很远了，圣人传下的典籍在历史的长河中不断散佚、毁损、遭人篡改，很难完整复原经典的原始面貌，更难以正确理解圣人传道的真实意图。惠栋曾感叹：“《春秋》为杜氏所乱，《尚书》为伪孔氏所乱，《易经》为王氏所乱。”其二，两汉经学之后，中国学术思想史上又产生了两大学术思潮，即魏晋玄学和隋唐佛学，在宋以前的七八百年中，道家思想和佛教教义深刻改变了中国人的思想世界，儒学为了“与时俱进”，顺应时代发展的特点，不得不从佛道二教汲取影响，三教在碰撞中融合。在惠栋看来，宋明理学正是受到佛道二教影响并被歪曲的学说，偏离了正统儒学的轨道。其三，宋明儒者治学多强调心性、良知，强调义理之学，表现出一种想要越过汉唐训诂之学而直面经典、直接“孔孟之道”的气势，这种学问具有很大的主观性。正如陆九渊所说的“六经注我”，实际上是以六经为工具，去诠释自己的思想。

正是由于宋学上述的几个“缺点”，惠栋对宋学持一种反对态度，他要在对宋明理学反动的基础上为“汉学”重新奠基。

首先，惠栋重新确立了“五经”至高无上的地位。宋代以来，理学家们改变了唐以前尊崇“五经”的趋向，把“四书”奉为儒者治学的主要经典，理学家们关注和讨论的主要问题都与《论语》《孟子》《大学》《中庸》紧密相联，如理气、心性、格物、致知、主敬、主静、涵养、知行、已发未发、道心人心、天理人欲等。朱熹提倡：“读书，且从易晓易解处去读。如《大学》《中庸》《语》《孟》四书，道理粲然。人只是不去看。若理会得此四书，何书不可读！何理不可究！何事不可处！”“四书”固然以明白直接的语言教导人们为人、处世、治国之道，但朱熹对“四书”的理解，随着时代发展也逐渐为后学曲解，学者于四书之外，不阅他书，政府亦在科举选才过程中将“四书”以及朱熹的解释定为官方教材，更加造成了学者束书不观、游谈无根的风气。惠栋力图改变宋后以四书为中心的理学传统，力图建立新的学术范式，他选择《易》经作为自己研究的重点。惠栋认为易之理是理解《中庸》的基础：“此仲尼微言也，子思传其家学，著为此书，非明《易》不能通此书也。”在惠栋这里，汉代的经注比“四书”更为重要，他们更贴近圣人的本意，因此，抬高“五经”的地位，是惠栋复兴汉学的第一步。

其次，惠栋认为了解儒家经典本来面目的前提是恢复汉代经学家的注疏，特别是还原贾逵、马融、郑玄和许慎等人的经学著作。惠栋及其他考据学者的任务是从文字音韵入手，用训诂、校勘、辑佚等方法对古代的字义、器物名号、制度等进行严格考证，最终达到对经典真实面貌的还原与认知。惠栋主张遵循“复古”和“尊汉”的原则，基本全盘继承了汉学，在他的引领之下，“汉学”重光。惠栋张大汉学的举措对于扭转学风具有现实意义，它使得学者从空谈义理转向了对古代典籍的潜心考证。但是惠栋“凡汉皆好”的主张也产生一系列负面影响，如将众多学者引入繁琐的考证、钻入故纸堆中，使学术仅成为一种考订文献的学问，可以说对人的精力和创造力造成了一种浪费。同时，过分的尊崇汉人学说不是实事求是的态度，是一种专制的文化心态，不利于考据学的进一步发展。但惠栋尊崇汉儒注疏的治学取向毕竟为考据学的崛兴奠定了基调，是引领清代汉学发展的一面大旗。(www.daowen.com)

第三，为了梳理清楚汉代经学的发展脉络，惠栋十分强调汉代经学的“师法”和“家法”。关于“师法”和“家法”，皮锡瑞曾指出：“前汉重师法，后汉重家法。先有师法，而后能自成一家之言。师法者，溯其源；家法者，衍其流也。”根据皮锡瑞的见解，“师法”盛于西汉一朝，而“家法”则盛于东汉。西汉是儒学发展的上升期，儒家经典在秦汉之际多是依靠经师硕儒口授传承。到了汉武帝“罢黜百家，独尊儒术”之后，儒学取得了统治地位，五经博士的设立使经学成为利禄之阶，经学的地位通过政治手段而得到大大提升，而政治化的经学就需要学者遵循一定的标准，不能凭己意解经，因此要严格“师法”、“家法”。据记载，东汉政府曾下令：“令郡国举明经，年五十以上、七十以上诣太学。自大将军至六百石，皆遣子受业，岁满课试，以高第五人补郎中，次五人太子舍人。又千石、六百石、四府掾属、三署郎、四姓小侯先能通经者，各令随家法，其高第者上名牒，当以次赏进。”正是由于“师法”和“家法”在汉代被要求严格遵行，所以惠栋认为：“汉有经师，宋无经师。汉儒浅而有本，宋儒深而无本，有师与无师之异，浅者勿轻疑，深者勿轻信，此后学之责也。”汉代的经师严守“师法”、“家法”，学有所本，通过“家法”和“师法”，可以逐本溯源，探究经学之本意。由此，惠栋总结了汉代经师治经的方法。他说：“汉人通经有家法，故有五经师。训诂之学，皆师所口授，其后乃著竹帛。所以汉经师之说立于学官，与经并行。五经出于屋璧，多古字古言，非经师不能辨。经之义存乎训，识字审音，乃知其义。是故古训不可改也，经师不可废也。”惠栋所坚持的这种尚家法、遵古训的治学方法，有助于回溯经典的本义、理清汉代经学发展演化源流，同时，也为清代汉学发展树立了一个基本的治学原则。

另外，惠栋对于考据训诂与义理之间的关系也值得深思。梁启超先生在《清代学术概论》中批评惠栋治学原则是“凡古必真，凡汉皆好”，此八字虽然直指惠栋治学的基本倾向，但也不能因此就认为惠栋治学思想是一味的僵化和复古。应该看到，惠栋作为清代考据学倡导者和践行者，是具有严谨治学精神的。他对宋学虽然持反对的态度，但也在一定程度上承认了宋学存在的合理性，他认为宋学虽“无本”，但在义理、思辨方面是有深度的。他曾说：“汉人经术，宋人理学，兼之者乃为大儒。”戴震年轻时候曾受到惠栋经学的影响，他认为：“松崖先生之为经也，欲学者事于汉经师之故训，以博稽三古典章制度，由是推求理义，确有据依。彼歧故训、理义二之，是故训非以明理义，而故训胡为？理义不存乎典章制度，势必流入异学曲说而不自知，其亦远乎先生之教矣。”戴震认为，惠栋所作的考据训诂工作也为了使得“理义”有更可靠的文献依据，考据训诂可以还原古代经典的本来面目，而最终是要“故训明则古经明，古经明则贤人圣人之理义明，而我心之所同然者，乃因之而明”。戴震关于惠栋思想的推论也暗合惠栋“经之义存乎训”的见解。在惠栋的学术著作中，虽未有纯义理性的著作，但他的经学著述中也能窥见其义理思想，如他认为“《易》之理存乎数，舍数则无以为理。《春秋》之义在事与文，舍事与文，则无以为义”。可见，惠栋的义理思想贯穿在其“汉学”考据之中。