自汉武帝“罢黜百家，独尊儒术”以来，儒家思想在政治、社会中一直占据主导地位。魏晋以后，虽然玄学之风大兴，儒家理论在创造性上有所式微，但总体来看，在各阶层的社会政治生活中起主导作用的仍然是儒家思想。葛洪在道教理论的建构过程中，对儒、道关系进行了深入思考与重新定位。

葛洪对儒、道关系的论述分为两个方面，一方面，为了破除儒家在社会意识形态领域中的“独霸”局面，他在“道”的层面上肯定道家理论的优越性，提出“道本儒末”的儒道关系论：

道者，儒之本也；儒者，道之末也。先以为阴阳之术，众於忌讳，使人拘畏；而儒者博而寡要，劳而少功；墨者俭而难遵，不可遍循；法者严而少恩，伤破仁义。唯道家之教，使人精神专一，动合无形，包儒墨之善，总名法之要，与时迁移，应物变化，指约而易明，事少而功多，务在全大宗之朴，守真正之源者也。

葛洪“道本儒末”主张承袭了司马谈在《论六家要旨》中的论点，在强调道家总揽众家之长、与时变化的优点的同时，葛洪还借先秦道家思想资源对儒家展开批判，他说：

夫道者，其为也，善自修以成务；其居也，善取人所不争；其治也，善绝祸于未起；其施也，善济物而不德；其动也，善观民以用心；其静也，善居慎而无闷。此所以为百家之君长，仁义之祖宗也……道之衰也，则叔代驰骛而不足焉。夫唯有余，故无为而化美。夫唯不足，故刑严而奸繁。黎庶怨于下，皇灵怒于上。或洪波横流，或亢阳赤地，或山谷易体，或冬雷夏雪，或流血漂橹，积尸筑京，或坑降万计，析骸易子，城愈高而冲愈巧，池愈深而梯愈妙，法令明而盗贼多，盟约数而叛乱甚，犹风波骇而鱼鳖扰于渊，纤罗密而羽禽躁于泽，豺狼众而走兽剧于林，爨火猛而小鲜糜于鼎也。君臣易位者有矣，父子推刃者有矣，然后忠义制名于危国，孝子收誉于败家。疾疫起而巫医贵矣，道德丧而儒墨重矣。由此观之，儒道之先后，可得定矣。

葛洪认为，道教（实际上是先秦道家）的无为、自修、不争等主张是优于百家，更是主张仁义思想之儒家的“祖宗”。后世因为背离了道教（家）的思想，故而带来一系列社会矛盾、人与自然的矛盾等等。由此，葛洪得出的结论就是应该以“道先儒后”来确定儒道关系。

另一方面，葛洪试图调和儒、道两家。葛洪本人淡泊名利，致力于养生修道，虽然在哲学思想上主张“道本儒末”，但他并不忽视儒家的重要性，相反，他认为真正的“长才”能够兼儒、道而修之，内以养生，外以治国。葛洪认识到在当时的政治、社会环境中，儒家思想仍然是维系社会伦常的重要依赖，道家虽然在理论上陈义甚高，但在现实的国家运作中，道家仍难与儒家比肩。鉴于儒家在现实政治中的强势地位，若道家不与儒家调和互补，势必受到统治阶层的排斥与打击，也不能为下层民众所信奉和接受。为了调和儒道关系，葛洪首先向统治阶层展示黄老之学的治世功用，即“黄帝能治世致太平，而又升仙，则未可谓之后于尧舜也。老子既兼综礼教，而又久视，则未可谓之为减周孔也。故仲尼有窃比之叹，未闻有疵毁之辞，而末世庸民，不得其门，修儒墨而毁道家，何异子孙而骂詈祖考哉？”另外，由于东汉末年起义领袖利用民间道教反对政府，新兴的统治阶层对道教的传布持有警惕和怀疑的态度。为了消弭统治者对道教的戒惧心理，葛洪对神仙道教与民间道教进行了区分，他将那些危害政权统治的民间道教头领蔑称为“邪道”、“妖道”、“妖伪”等，并揭露和严厉抨击这些人借助道教名义所实行的妖邪行为。他说：(www.daowen.com)

俗所谓道率皆妖伪，转相诳惑，久而弥甚，既不能修疗病之术，又不能返其大迷，不务药石之救，惟专祝祭之谬，祈祷无已，问卜不倦，巫祝小人，妄说祸祟，疾病危急，唯所不闻，闻辄修为，损费不訾，富室竭其财储，贫人假举倍息，田宅割裂以讫尽，箧柜倒装而无馀……曩者有张角柳根王歆李申之徒，或称千岁，假讬小术，坐在立亡，变形易貌，诳眩黎庶，纠合群愚，进不以延年益寿为务，退不以消灾治病为业，遂以招集奸党，称合逆乱，不纯自伏其辜，或至残灭良人，或欺诱百姓，以规财利，钱帛山积，富逾王公，纵肆奢淫，侈服玉食，妓妾盈室，管弦成列，刺客死士，为其致用，威倾邦君，势凌有司，亡命逋逃，因为窟薮。

对于民间道教及危害统治秩序的行为，葛洪主张予以镇压，要求政府“峻其法制”、“致之大辟”、“刑之无赦”，以期达到“禁绝”奸邪的目的。这一方面反映了葛洪要求与其他道教宗派划分界限，一方面也反映了他维护当时社会统治秩序的诉求。

神仙道教的传播，不仅要得到统治阶级的支持和信任，其教义也必须能够吸引底层民众。葛洪对修仙长生的可能性与可行性论证虽有一定的吸引力，但对下层民众而言仍是虚无缥缈的，儒家“慎终追远”“尊先敬祖”的孝道观念根深蒂固，如若道家的理论不能迎合儒家观念，势必难以在民间传播。因此，葛洪审时度势，将儒家的一些主张纳入到他的神仙道教体系中去。他提出：

欲求仙者，要当以忠孝、和顺、仁信为本。若德行不修，而但务方术，皆不得长生也。行恶事大者，司命夺纪，小过夺算，随所犯轻重，故所夺有多少也。凡人之受命得寿，自有本数，数本多者，则纪算难尽而迟死，若所禀本少，而所犯者多，则纪算速尽而早死。又云，人欲地仙，当立三百善；欲天仙，立千二百善。若有千一百九十九善，而忽复中行一恶，则尽失前善，乃当复更起善数耳。故善不在大，恶不在小也。虽不作恶事，而口及所行之事，及责求布施之报，便复失此一事之善，但不尽失耳。又云，积善事未满，虽服仙药，亦无益也。若不服仙药，并行好事，虽未便得仙，亦可无卒死之祸矣。

葛洪将儒家倡导的“忠孝”、“和顺”、“仁信”和“积善”作为修道成仙的前提和基础性条件，这就在一定程度上调和了儒、道观念，将修道和人事进行了有机结合，使得道教可以扎根民间社会，“积善之人、必有余庆”的观念起到促人向善的功用，对于纯洁社会风气、维系社会稳定都有积极作用。葛洪作为生活在士庶界限分明时代的士族知识分子，承认修仙问道不是件容易的事情，在主观上不一定有吸引普通下层民众信奉道教的意愿，但是他对神仙道教理论的完善在客观上为魏晋南北朝时期道教在民间的广泛传播奠定了基础。