葛洪在道教信仰体系的建构中发挥了重要作用，他率先论证了仙人的存在。我们知道，儒家一直恪守“子不语怪力乱神”的实用理性传统，孔子称“未能事人，焉能事鬼”（《论语·先进》），教育学生尽心于人事，而不要沉迷于六合之外、虚无缥缈的鬼神之事。而道教思想其旨归在于通过修炼成为神仙，因而神仙的存在对于道教理论来说就显得十分重要。为了建构道教神仙系统，葛洪就要先论证神仙是实际存在的。葛洪在《论仙》一篇中以问答的方式回复世人对神仙存在的疑问，问者提出“神仙不死，信可得乎？”答曰：“夫有始者必有卒，有存者必有亡。故三五丘旦之圣，弃疾良平之智，端婴随郦之辩，贲育五丁之勇，而咸死者，人理之常然，必至之大端也。”这即是说，世间万物有生必有死，圣人、智者、辩才及勇士没有不最终走向死亡的，这是必然的规律，“故不可为者，虽鬼神不能为也；不可成者，虽天地不能成也。世间亦安得奇方，能使当老者复少，而应死者反生哉？”针对世人对“神仙”与“长生”的怀疑，葛洪称：“虽有至明，而有形者不可毕见焉。虽禀极聪，而有声者不可尽闻焉。虽有大章竖亥之足，而所常履者，未若所不履之多。虽有禹益齐谐之智，而所尝识者未若所不识之众也。万物云云，何所不有，况列仙之人，盈乎竹素矣。不死之道，曷为无之？”他认为，人的感觉经验的有限性导致人不能洞察世间的万事万物，因此，我们不能从狭隘的经验出发去否定未知的世界。葛洪正视世界的纷繁复杂，认为“万殊之类，不可以一概断之”，生物界中都有破茧成蝶、龙蛇之变、龟鹤长存等种种神奇之事，那么，作为“有生最灵”的人修仙不死也不足为奇。葛洪在论证了人不能从感观经验出发去否定神仙存在之后，又从正面列举了许多古籍中所记载神仙的存在之事例，如曹植记载左慈，“断穀近一月，而颜色不减，气力自若，常云可五十年不食”，董仲舒《李少君家录》中少君尸解成仙之事，刘向所撰《列仙传》记载有仙人七十多人，凡此种种，皆是古人所见所闻之成仙例证。普通人之所以难以睹见成仙之事，多是因为“神仙幽隐，与世异流，世之所闻者，犹千不及一者也”。为了让更多的人相信仙人的存在，葛洪整理了各种“仙经”、“服食方”、“百家之书”以及先师、耆儒之说，整理出《神仙传》十卷，“以传知真识远之士”。

不过，仅仅论述仙人的存在是不够的，原始道教的信仰是驳杂的，既有玉皇大帝、太上老君、王母娘娘这些中国古代传说中的人物，也有一些地方信仰，如土地公公、龙王爷、河神等等，道教中这种多神信仰最终导致信徒的信仰薄弱，宗教也就失去了虔诚性与凝聚力。道教作为中国的本土宗教，由于缺乏类似佛教中的佛陀、伊斯兰教中的默罕默德、基督教中的耶稣等这类明确的创教者，道教的神灵信仰体系的形成是一个复杂的过程，有着极其复杂的文化背景。从最早产生的天师道来看，其信奉的主神是“太清玄元无上三天无极大道”，简称“太上大道君”，这种信仰主要源于先秦道家思想“道”的概念，所谓“道生一，一生二，二生三，三生无穷”，道成为化生天地万物的本源。天师道信奉的“大道”在民间传布的过程中逐渐与道家思想的代表人物老子相联系，化作所谓的太上老君。到了两晋时期，葛洪在著作中创造了道家至高神“元始天王”，从《枕中书》的记载来看，“元始天王”的原型是民间神话中的“盘古”，有开天辟地之功。到东晋南朝时期，由于道教还未形成统一的教派，分散的道教理论家们创造出众多的道家神灵，比较著名的有元始天尊、灵宝天尊、虚皇天尊、妙行真人、五方帝君、西王母、西城王君等，这些神灵从名字上看，有的来源于中国传统文化、有的来源于各地区和各民族的神话，它们还不可避免地受到盛行于南朝的佛教影响，如“天尊”的称呼就是源于佛教语汇。

由于道教没有一个像佛教那样秩序井然的统一信仰体系，这使得道教的传播受到限制，且难以形成一个有凝聚力的教派，难以与佛教相抗衡。陶弘景在道教信仰体系的建构方面做了大量工作，他认为在道教信仰的神仙当中，“虽同号真人，真品乃有数；俱目仙人，仙亦有等级千亿。若不精委条领，略识宗源者，犹如野夫出朝廷，见朱衣必令史；句骊入中国，呼一切为参军。岂解士庶之贵贱，辨爵号异同乎”。为了能够“比类经正，雠校仪服，埒其高卑，区其宫域”，陶弘景专门梳理了魏晋以来道教诸神纷繁变化的名号，撰写了《真灵位业图》，构建出一个清晰的、秩序井然的道教神灵信仰体系。陶弘景搜罗了道教中的七百多位神灵，对此，任继愈先生做了如下归纳：(www.daowen.com)

按从上天至地下的次序，将诸神依此排列为七个阶层；每一阶层有一位主神排在中位，其余诸神则分列于左位、右位、散仙位和女仙位。第一阶是以中位主神“上合虚皇道君应号元始天尊”为首的玉清境三元宫诸天帝道君（共29名）；第二阶是以“上清高圣太上玉晨玄皇大道君”为首的上清境诸神（共104名）；第三阶是以“太极金阙帝君李宏”（即太平真君）为首的上清太极金阙诸神（84名）；第四阶是以“太清太上老君”为首的太清境诸神（174名）；第五阶是以“九宫尚书张奉”为首的诸天曹仙官（36名）；第六阶是以“右禁郎定录真君茅固”（即中茅君）为首的诸位地仙（共173名）；最后，第七阶是以“酆都北阴大帝”为首的阴曹地狱诸鬼官（88名）。

以上神仙阶等在中国思想史上都有着一定的开创性意义，对后来的道教思想、文学创作都着深刻影响。陶弘景所建构的神仙体系改变了道教繁杂的多神信仰体系，建构出完整的道教神灵系统，在此系统中，他仿照人间的社会等级，将神仙纳入不同的等级序列，每一等级中都设一位为首的主神，而在各主神中，又以元始天尊地位最高，这就使得道教向着“一神教”的方向迈进了一步。值得一提的是，在这个道教神仙体系当中，陶弘景吸收了儒家的纲常伦理和等级秩序，是儒道调和的一个重要体现。