在《清华学校研究院章程》中提到：“本院略仿旧日书院及英国大学制度，研究之法，注重个人自修。”这意味着，清华国学研究院在教学管理上，融中国传统书院与英国牛津大学导师制于一炉，使之融为一体。这同时也成为清华国学研究院在中西合璧上的一大特色。

20世纪初期的中国，废科举、书院，大兴学校，学习西方欧美各国的教育制度，但中国学得并不好。范源濂曾说，欧西名校师生间“情谊极厚”，中国古代“师弟间之感情亦非常淳厚”。然而新学制下的中国，各学校情形却不尽如人意，“既失我国固有之精神，复不能采取欧西之美点”。所以，清华创办国学研究院在模仿英国大学制的同时，也有意地把中国传统书院的教学管理方式“移植”入新的教育体制当中，以期有所革新。

吴宓以西方大学的导师制来给清华国学研究院正名，称“略仿旧日书院及英国大学制度，研究之法，注重个人自修，教授专任指导。其分组不以学科，而以教授个人为主，期使学员与教授关系异常密切”。并言，“教授所担任指导之学科范围，由各教授自定。俾可出其平生治学之心得，就所最专精之科目，自由划分，不嫌重复”。

在清华国学研究院，每年开学之初，各教授将公布自己所担任指导的学科范围，并对学生如何进行选题和研究进行指导。“各学员应与各教授自由谈话”，然后根据自己的兴趣、能力和专长选择相应的研究课题，开学两星期内呈报讲师进行核定，经核定后根据学生的研究方向为其确定一位教授作为导师。清华国学研究院能尊重教授个人的治学所好又能顾及学生的乐趣爱好，所以能发挥教授与学生的潜能与优长，体现了传统书院自由教学的一面。题目和导师一旦确定后，原则上不得随意变更，这又于自由之中体现西方大学制度的严谨和约束性。学员在选定研究题目后，“应即随时受教授指导，就此题切实研究”，这有点近似今天的学位论文。而“教授于专从本人请业之学员，应订定时间，常与接谈，考询成绩，指示方法及应读书籍”。总之，“教授学员当随时切磋问难，砥砺观摩，俾养成敦厚善良之学风，而收浸润熏陶之效”。^[41](www.daowen.com)

《清华学校研究院章程》还规定，专任教授须“常川住院，任教授及指导之事”；学员也须到院“常川住宿，屏绝外务，潜心研究”。^[42]这种仿英国大学的学院住宿制，使全院师生朝夕相处、亲如一家，不仅有利于师生之间对疑难问题进行及时交流，也使学生近距离地感受各位教授独特的人格魅力，这也在潜移默化间影响了清华国学院学生的人格气质，使得在学院中形成了一种尊师爱生、崇尚学问、积极探索的学术氛围。

此外，清华国学院还模仿当时西方流行一时的“道尔顿制”。在清华国学院设立研究室，“广藏书籍，使学生自修时候，不致无参考书”；又“请有学者在院内负指导责任，来兹学者，如有困难疑惑之处，即可向指导者请教”。清华国学院内共设立了五个研究室，五位导师各负其责。第一研究室讲师李济先生，每周只授人文学二小时；第二研究室教授为赵元任先生，授普通语言学；第三研究室教授为陈寅恪先生，授东方语言学；第四研究室教授为王国维先生，授古史，包括《说文》《尚书》《仪礼》等；第五研究室教授为梁启超先生，授历史研究法、儒家哲学及中国文化史。“凡各教授所指导范围以内之重要书籍，皆置其中，俾同学辈得随时入室参考，且可随时与教授接谈问难”^[43]。

综上所述，清华国学研究院在管理制度的建构上，不仅保留了中国传统书院的精神，而且广泛吸取西方大学中的导师制、学院住宿制和道尔顿制的精华。可以说，旧日书院与英国大学制度的融合使得自由与约束完好地结合到一起，清华国学研究院因此形成了一种自由与严谨交融的独特学术氛围。所以，清华国学研究院的创立，在当时的教育界无异于平地一声雷，引起了非同小可的反响。