在新亚书院初创时期，即拟定了这样的课程设置的总体原则：“一方面参酌中国教育部所颁大学课程之规定，一方面顾虑海外社会客观环境，但同时又须适合本院教育理想。”^[28]这说明，在课程设置上，新亚书院的创办者既考虑到了要顺应体制与香港社会的现实状况，又要思虑坚持自己的教育理想，是相当审慎的。

在总体的原则确定后，新亚书院还明确了课程设置的具体原则，其主要有二：

第一，中西合璧。对此，钱穆曾说过：“中国宋代的书院教育是人物中心的，现代的大学教育是课程中心的。我们的书院精神是以各门课程来完成人物中心的，是以人物中心来传授各门课程的。”^[29]这就说得很清楚了，新亚书院课程设置的重要原则是把中国以人为中心的特点与西方课程以学科知识为中心的特点结合起来。

第二，通识与专门结合。新亚书院特别注重课程的基础性，要求全校学生一定要注重中、英文的学习。因为在钱穆看来，在今日的世界中，若不通外文是苦痛的、不方便的。若在中国人的社会中不懂中文，这是一种奇耻大辱。因此，他希望全体同学，在此两门课上都努力学习，为阅读中外优秀文化著作提供便利。另外，钱穆还认为，一切课程，要先主通识再求专长，培养学生广博的知识基础。对此，他曾说：“本书院一切课程主在先重通识，再求专长。首先注重文字工具之基本训练，再及一般的人生文化课目，为学者先立一通博之基础，然后再各就其才性所近，指导以进而修习各种专门智识与专门技术之途径与方法。”^[30]从此段话我们可以知道，新亚书院在课程设置上具有如下特点：其一，十分注重基础文字的教学，力图帮助学生扫除阅读中的文字障碍；其二，对一般的人生文化课目也要求学生学习，以为其打下博通的基础；其三，根据每个人的个性特点、特长各自学习不同的专业课程，以培养具有通博知识基础的专门人才。特别需要说明的是，新亚书院在课程上非常注重一年级、二年级的共修课程，以培养学生健全的思想基础。其中的哲学、政治、经济、教育、历史、地理等学科作为各系一年级、二年级共同的必须课程，不分专业，要求每个同学都要学习，课时比重还很大，到三年级以后才开始开设各学科的专门课程。另外还缩短了上课时间，为学生提供更多的课外时间，用以自学和利于教师的个别指导。

另外，从其学系、课程的变迁中，我们也不难看到新亚书院在课程设置上的特点。在新亚书院创办之初共有六个系，如下：①文史系。钱穆任系主任，系内又分为中文、外文、中史、外史四组。②哲学教育系。唐君毅任系主任，系内又分为哲学和教育两组。③经济学系。张丕介任系主任。④商学系。杨汝梅任系主任，系内又分为商业管理、国际贸易、银行、会计四组。⑤农学系。由于附设的农场没有建立起来，农学系在教学过程中没有实习场所，被迫关闭。⑥新闻社会系。系内又分为新闻组和社会组。由于校舍不够分配，开办一年也被迫关闭。这样说来，新亚书院开始只设有四个系。(www.daowen.com)

此后五年，因为经济上获有资助，在原有四系的基础上加以扩充。首先，于文史系中分出外文系成为独立的一系，突出了对西方文化的学习与重视。这是因为，在新亚书院的主事者看来，当今的世界是紧密联系在一起的，学好外语便于进行中西文化的交流。为此，新亚书院还专门聘请郎家桓负责一年级、二年级英语课程的教学，希望学生能够通过学习外文，能够看得懂外文参考书，阅读外国优秀著作。尽管非常重视外语的教学，但钱穆提出，其课程比重不能超过本国文字的训练。其次，于文史系之中再分出历史系，从此文史系改为中文系、外文系、历史系三个独立的学系。接下来把哲教系独立为哲学系和教育系。希望在经济条件许可的情况下，完成中文、外文、历史、哲学、教育、经济、商学七系外再添设一个中国艺术系的目标。此一学系，拟分为音乐、绘画、戏剧、书法、篆刻诸小组。最后，希望在经济允许下再恢复农学系的开设，使学生能够接近农村的实际生活，了解当时中国大多数人民的生活。由于系别的增加，课程时数也应伴随着增加。计划第一年106个小时，并逐步增长，直到第五年增加至240个小时。新亚书院分科设系，并且有固定的课程时数，这便是在传统书院制的前提下对西方大学课程设置制度的学习。

1958年，新亚书院商学院增设了工商管理系，以适应香港地区社会的发展需要，并聘请陈静民先生为系主任。从1959年开始，新亚书院步入成熟阶段。在第一届艺术专修科毕业同学取得不错成绩的同时，新亚书院又紧接着成立了艺术系。1959年秋，又开设了数学系和生物系。1961年，新亚书院成立了理学院，对此，很多人表示不解，认为以弘扬传统文化为指向的新亚书院不应分散精力建立理学院。钱穆对此的回应是，学习传统文化，并非是抱残守缺，本院文、史、哲、艺术系一样中西并重，并且会同样重视工商实业与自然科学。在建立理学院之后，新亚书院又相继建立了物理系、化学系、生物系、数学系，并且购买了不少仪器，投入力度非常大。新成立的理学院与文学院、商学院鼎足而三。

总之，新亚书院从刚开始的只有四个学系，发展到最后有十二个学系，其课程设置均是兼具文理、融贯中西。

综上所述，在课程架构上，清华国学院、无锡国学专修馆、新亚书院都显现出中西结合以及通识课程与专业课程结合的特点。这在西学课程一统天下的当时，也是十分具有特色的。