纯化倍数和回收率是选择纯化方法和纯化条件的依据，用来跟踪酶活力和蛋白质的来龙去脉，而为了了解所获得的样品是否均一纯净，还要通过其他方法进行纯度检定。酶均一纯净性的检定主要有以下几种方法。

1.电泳法

因该方法需要的样品量小而且具有较高的分辨率，是目前最为常用的方法，常采用的有醋酸纤维素薄膜电泳、聚丙烯酰胺不连续凝胶电泳和聚焦电泳。

样品在凝胶电泳上显示一条区带，可作为纯度的一个指标，但这只能说明，样品在荷质比方面是均一的，达到了电泳纯度。如果在不同pH下电泳都得到一条带，则提高了结果的可靠性。常用的聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDS-PAGE）只能说明样品在相对分子质量方面是均一的，而且只适用于含有相同亚基的蛋白质。等电聚焦是根据不同蛋白质等电点来分辨的，具有很高的灵敏度。

2.层析性质的考察

用线性梯度离子交换法或分子筛测验样品时，如果样品是纯的，则各个部分的比活力应当恒定。分析型高效液相色谱（HPLC）在证明蛋白质纯度方面的分辨率接近于电泳法。

3.化学结构分析法

对于一个纯蛋白质来说，通过N-末端的定量分析可以发现，每摩尔蛋白质应当有整数摩尔的N-末端氨基酸。少量其他末端基的存在，常常表示存在着杂质。如果只是定性地测定N-末端，那么此法只适用于仅有一个肽链的蛋白质。

对样品进行总的氨基酸分析，也是检验纯度的一种方法。纯蛋白中所有氨基酸都成整数比。

4.超离心沉降分析法(www.daowen.com)

在高达65000r/min的离心力场情况下观测离心谱带，若出现明显的分界线，或者分步取出离心管中的样品，以管号对样品浓度作图后，组分的分布是对称的，则表明样品是均一的。此法的优点是时间短、用量少，但缺点是灵敏度较差。

5.免疫学法

纯化的酶样品在琼脂胶上与相应的抗体进行免疫反应，根据得到的沉降可以判断样品的纯度。

6.其他方法

纯蛋白的A_280nm/A_260nm为1.75，因此，可用分光光度法检查蛋白质中有无核酸存在。

需要说明的是，所谓“纯”是一个相对概念，是指在其检验方法情况下检测不到其他杂蛋白，随着检测方法灵敏度的不同，相对纯度也有所不同。例如，进行聚丙烯酰胺不连续胶电泳后，可以进行考马斯亮兰染色，也可进行银染，后一种的分辨率远远高于前一种，也就是说用考马斯亮兰染色显示纯净时，银染条件下则可能检测出其他杂蛋白。

按照严格的要求，只用一种方法鉴定蛋白质纯度是不够的，至少应该用两种以上的方法，而且是两种不同的分离机制的方法来判断纯度才比较可靠。

酶的纯度用百分比来表示，因应用目的不同，对酶的纯度要求也有很大不同，要求95%、99%或99.9%，应选择满足实际需要纯度的检测方法。一般研究用酶要求达到电泳纯度。