ENZYME数据库是与酶命名相关的信息库（http://www.expasy.org/）。近年来，它已经成为开发代谢数据库不可或缺的资源。对于已经鉴定的酶，ENZYME数据库提供EC编号、推荐名、别名、催化活性和辅助因子等方面的信息，并提供以下链接：该酶氨基酸序列的SWISS-PROT蛋白质数据库链接、该酶所属PROSITE蛋白质家族数据库链接、该酶缺陷导致人类疾病的链接。该数据库着重描述酶、催化反应和生化通路等，并且与软件相结合，使得代谢信息的展现更为直观。该数据库可以从完整的细菌或古细菌基因组序列重建代谢途径。ENZYME数据库主要的数据来源于IUBMB和一些文献的补充，不为表征的新酶提供EC编号。ENZYME数据库与SWISS-PROT紧密关联使得数据库彼此的更新和更正能及时有效传递。

ENZYME数据库可以通过ExPASY www服务器进入（http://enzyme.expasy.org/），也可以从ftp服务器获取ENZYME数据库数据资源。ExPASy网站提供了一个简单以酶命名的数据库。该数据库的在线版本提供了多种查询方式，也提供可下载的版本。

进入ExPASy酶数据库主页，可以看到ACCESSENZYME（检索酶）、DOCUMENTS（文件）、SERVICES（服务）、RELATED TOOLS AND DATABASE（相关工具和数据库）四个板块。其中ACCESS ENZYME提供了在线的六种查询方式：EC编号查询、酶的分类查询、酶名称关键词查询、化学组成查询、辅助因子查询和描述查询。DOCUMENTS里提供ENZYME数据库使用手册和如何获取ENZYME数据库资源的手册。SERVICES里包括了ENZYME数据库提供的可下载的文件、新酶的发现和现有的酶更新及更正入口。其中ENZYME数据库提供的可下载的文件有：ENZYME数据库数据文件（enzyme.dat），酶类、亚类和亚亚类的定义文件（enzclass.txt），ENZYME数据库用户手册文件（enzuser.txt），如何获取ENZYME数据资源文件（enzyme.get）。新酶的发现和现有的酶更新及更正入口可链接至ExplorEnz Enzyme database，这里提供给用户关于需要报道的新酶和现有酶的更正或更新的格式界面。RELATED TOOLS AND DATABASE提供了相关酶数据库的链接，包括BRENDA、IUBMB ExplorEnz Enzyme database、KEGG、MeteCyc、IUBMB Enzyme Nomenclature和BioCarta。

截至2018年4月，ENZYME数据库数据文件收录了5991条酶信息，每个酶的信息都以特定结构的条目和行类型组成，可供读者和计算机程序使用。一般结构如下所述。

ID：酶的EC编号（开始每个条目；每个条目1个）

DE：官方名称（每个条目≥1）

AN：替代名称（每个条目≥0）

CA：催化活性（每个条目≥1）(www.daowen.com)

CF：辅助因子（每个条目≥0）

CC：描述（每个条目≥0）

PR：与PROSITE的交叉引用（每个条目≥0）

DR：与SWISS-PROT的交叉引用（每个条目≥0）

DI：与酶相关的疾病（每个条目≥0）

//终止行（结束每个条目；每个条目1个）

一些条目不包含所有行类型，而一些行类型在单个条目中会多次出现。每个条目必须以识别线（ID）起始并以终止符线（//）结束。通过ExPASy酶数据库的六种查询方式，可以方便直观地获取ENZYME数据库数据文件的资源。