在酶学研究蓬勃发展的同时，酶的生产和应用也越来越广泛，酶工程技术逐步发展。20世纪50年代以前是酶工程技术形成的初级阶段，主要是从动物、植物和微生物原料中经提取、分离、纯化来制造各种酶，并加以利用。1894年，日本科学家高峰让吉首先从米曲霉中制得淀粉酶用作消化剂，开创了有目的地进行酶生产和应用的先例。1949年，日本开始采用微生物液体深层发酵方法进行细菌α-淀粉酶的生产，揭开了近代酶工业的序幕。酶制剂的生产和应用进入到工业化阶段。20世纪60年代，固定化酶技术的工业应用是酶工程发展的重要转折点。1969年，日本科学家千畑一郎首次在工业上应用固定化氨基酰化酶转化DL-氨基酸生产L-氨基酸，出现了“酶工程”这个名词来代表有效利用酶的科学技术领域。1971年，第一届国际酶工程学术会议在美国召开，当时的主题即是固定化酶，酶工程学科和技术体系正式形成。20世纪70年代后期，酶的固定化技术取得了突破，固定化酶、固定化细胞、生物反应器与生物传感器等酶工程技术迅速发展并得到应用。

随着基因工程的发展，酶工程的研究被赋予了新的内涵。20世纪80年代实现了酶基因的克隆，此后以基因工程为先导的生物酶工程逐步形成。基因工程技术的应用，不仅极大地推进了更优质、更经济的酶（生物催化剂）的生产，还拓宽了酶的应用规模，酶的稳定性也得以增强，酶的应用成本显著降低。与之相关的定点突变、随机突变、基因重组、定向进化等技术的发展，也开启了对酶的催化性质进行改造和修饰的先河。近20年来，以定向进化、酶蛋白的理性设计为代表的分子酶学的飞速发展，可简便而高效地实现酶的催化活力、稳定性、专一性以及环境适应性等多方面的改造，不仅为酶的大规模应用创造了条件，同时使研究者能够更快、更多地了解蛋白质结构与功能之间的关系，揭示酶在生命活动中的作用机制。另外，抗体酶、人工酶、模拟酶等新的研究进展不断涌现，以及酶的化学修饰等酶的应用技术的快速发展，使酶工程在研究和工业应用方面不断向广度和深度发展，显示出广阔而诱人的前景。目前，酶工程的应用已经覆盖到所有人类需要的产品生产（如食品、饲料、药品、精细化学品、材料、医疗保健、能源、环境等）和分析诊断领域。(www.daowen.com)