用台式离心机将探针样品高速离心1 min，以沉淀任何可能的杂质。用移液枪将样品吸加到阵列中央，注意不要碰到离心管中任何沉淀并避免形成气泡。封盖玻片（要足够大以覆盖整个阵列杂交区表面），注意不要形成气泡。在该玻片的另一区域滴加5 μL 3×SSC，以提供杂交舱内湿度，由此可以确保杂交过程中探针混合物不会蒸干。将玻片放入封口的杂交舱中，并浸入65 °C水浴，4～6 h。

杂交后，小心擦干杂交舱并移出玻片，浸入盛有洗液1（2×SSC，0.1%SDS）的玻片槽中，玻片点样面朝下，这样当盖玻片掉落时不会划伤阵列表面。剥落盖玻片后，将玻片在洗液中晃动2～3次后移入盛有洗液2（1×SSC）的玻片槽中，小心操作，尽可能减少洗液1混入玻片槽2中，因为SDS会干扰玻片图像质量。轻柔摇晃玻片槽2 min，将玻片移入盛有洗液3（0.2×SSC）2 min，然后离心甩干玻片。所有洗液温度均应为室温。

具体实验步骤如下：

（1）将表11-4中试剂混合。

表11-4

用microcon 30 filter浓缩探针混合物，使终体积为12 μL或略少

（2）芯片先经含有0.5mg/mL鱼精DNA的杂交液在42 °C预杂交6 h。

（3）杂交探针在95 °C水浴中变性5 min，14 000 r/min离心10 min。(www.daowen.com)

（4）探针加在基因芯片的点样区域上，用盖玻片封片，置于42°C杂交15～17 h，

（5）用洗涤2×SSC+0.2%SDS冲洗玻片，去除盖玻片。

（6）准备两个染色缸，分别装有2×SSC+0.2%SDS，0.1×SSC+0.2%SDS放入60 °C水浴锅中。

（7）将玻片依次浸入以上两个染色缸中洗涤10 min。

（8）再将玻片浸入装有0.1×SSC的烧杯中洗涤5 min，晾干后扫描。

注意事项：每点的DNA的数量=样本的浓度×每点的量。

斑点的容量少意味着用于杂交的探针的数量也很少，即使样本的浓度很高。一些因素必须考虑到，除了探针 DNA 的数量外，还有与目标分子相互补的探针 DNA 的比例、长短，目标分子的活性，就像用于检测信号方法的灵敏度影响着信号的强度。

杂交信号的浓度是与目标分子活性成比例的，与它的长度成反比，因此目标分子的特殊活性是十分重要的。每次实验的杂交时间也应该精确测量。