【实验目的】
(1)掌握质粒提取的原理和方法测定的应用。
(2)熟悉碱裂法提取质粒的基本操作步骤。
(3)了解质粒小抽提取试剂盒的组成和实验原理。
【实验原理】
质粒是细菌染色体外能自身独立复制的双股环状DNA,带有遗传信息,可赋予细菌某些新的表型。将质粒指纹图谱分析方法、质粒 DNA探针技术及检测质粒的PCR技术用于临床感染性疾病的诊断和流行病学调查已成为现实。质粒作为载体在基因工程中起着重要的作用。分离和纯化质粒DNA的方法很多,但这些方法基本包括3个步骤:即细菌的培养和质粒DNA的扩增;细菌菌体的裂解;质粒DNA的提取与纯化。
本实验学习用碱变性方法提取质粒DNA。细菌培养物加入SDS和NaOH碱性溶液处理后,菌体裂解,可使细菌的质粒DNA、染色体DNA和RNA一起从细胞内释放出来,经琼脂糖凝胶电泳,因各种核酸分子的迁移率不同将上述核酸分成不同的带。用核酸染料(Gold view)染色后,在紫外线灯下可看到各种核酸带发出的荧光。根据荧光的位置,可区分不同的核酸带。
【实验试剂与器材】
1. 实验材料
菌种(E.coli DH5α大肠杆菌,含Kana抗性的质粒pEGFP-N1)。
2. 实验试剂
(1)溶液Ⅰ(50 mmol/L葡萄糖,25 mmol/L Tris.Hcl pH8.0,10 mmol/L EDTA)。
(2)溶液Ⅱ(0.2 mmol/L NaOH,1%SDS)用前新配制。
(3)溶液Ⅲ(5 mmol/L KAc溶液,pH4.8)。
(4)TE缓冲液(10 mmol/L Tris.Hcl,1 mmol/L EDTA,pH8.0)。
(5)LB液体培养基(胰蛋白胨10 g,酵母粉5 g,NaCl 10 g,加蒸馏水溶解,用NaOH调pH至7.5,加水至1 000 mL,121 °C灭菌20 min)。
(6)RNA酶。
(7)饱和酚,氯仿,异戊醇。
(8)TAE缓冲液。
(9)上样缓冲液。(www.daowen.com)
3. 实验器材
恒温振荡培养仪、高速冷冻离心机、漩涡振荡仪、各种规格的移液枪及枪头、分析天平、灭菌锅、1.5 mL/10 mL离心管、试管及试管塞、琼脂糖凝胶电泳仪等。
【实验步骤】
(1)接种细菌于5 mL LB液体培养基中,37 °C培养过夜。
(2)以3 000 r/min离心15 min,弃上清。加入100 μL溶液Ⅰ悬起细菌沉淀。
(3)加入200 μL前新配制的溶液II,颠倒EP管5次混合均匀,冰浴2 min。
(4)加入150 μL溶液III温和地混匀,以12 000 r/min离心5 min。
(5)吸取上清清亮裂解液放入另一新EP管中,加等体积酚-氯仿-异戊醇抽提2次,以12 000 r/min离心2 min。(若不做酶切,此步可省略)吸取上清放入另一新EP管中,加入2倍体积的冷乙醇,以12 000 r/min离心10 min。
(6)弃乙醇,干燥后用30 μL TE缓冲液洗下核酸,待电泳检测。
【注意事项】
(1)对于低拷贝数的质粒,请用5 mL细胞。
(2)步骤(2)和(3)在冰上操作效果更佳。
(3)提高离心速度,使沉淀更加紧密,步骤6操作取上清更为方便。
(4)步骤(6)转移上清时不要吸取沉淀,否则会出现Genomic DNA和蛋白质污染。
(5) 将TE或水预热到50 °C左右可以提高洗脱效率。测序用质粒用30 μL预热的水洗脱,浓度一般满足测序要求。
【讨论与思考】
(1)碱裂法提质粒的原理是什么?
(2)实验过程中所用的试剂的作用各是什么?
(3)载体质粒的选择标准是什么?
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