具有互补序列的不同来源的单链核酸分子，按碱基配对原则结合在一起称为核酸杂交（hybridization）。杂交可发生在DNA-DNA、RNA-RNA和DNA-RNA之间。杂交是分子生物学研究中常用的技术之一，利用它可以分析基因组织的结构，定位和基因表达等，常用的杂交方法有Southern印迹法，Northern印迹法和原位杂交（insitu hybridization）等。

1. DNA印记法（Southern印迹法）

又名Southern Blot，是将基因组DNA经限制性内切酶解、琼脂糖凝胶电泳分离，使DNA片段按分子量大小排列在琼脂糖凝胶上。经碱处理凝胶使DNA变性（使双链DNA变成单链），通过具有一定盐离子浓度溶液的毛细管作用，将凝胶中变性的单链DNA片段原位地吸印到硝酸纤维素滤膜或尼龙膜上，经过干燥或紫外线照射处理。单链DNA片段的极性基团与支持膜上的基团结合而使DNA分子牢牢地固定到转移膜上，转移后的单链DNA分子与32P或35S标记的DNA探针按互补原理进行杂交。经放射自显影对特定位置上显现的特异DNA片段进行分析。

2. RNA印迹（Northern印迹法）(www.daowen.com)

将RNA固定在硝酸纤维素膜上后，用互补的、具有放射性标记的RNA或DNA探针与其杂交，为了与DNA印迹法有所区别，又被称为Northern 印迹法。

3. 原位杂交

将特定标记的已知顺序核酸为探针与细胞或组织切片中核酸进行杂交，从而对特定核酸顺序进行精确定量定位的过程。原位杂交可以在细胞标本或组织标本上进行。