阿那克萨戈拉出名是他是阿那克西美尼的学生，那时候阿那克西美尼已经是米利都著名的哲学家了。但阿那克萨戈拉真正奠定自己名声和哲学地位的是他的一篇论文。在他一篇以高贵而富于吸引力的语言风格写成的论文的开头，他这样说：“万物混合在一起，然后产生心灵，并将它们置于秩序之中。”为此，他赢得了一个头衔叫“努斯”或“心灵”。他认为努斯高于一切，是因为心灵的冲击使混乱无序的种子产生了最原始的偏转，从而形成了各种星体和万物。但就是这个学说使他惹上了灾祸，因为他说太阳是块发热的石头。

这对于当时的教士来说是不可饶恕的，因此他们将阿那克萨戈拉告上了法庭。他们认为，阿那克萨戈拉的许多言论都是不敬神的。包括阿那克萨戈拉曾经多次在公众场合说的话，比如：

“月亮本身是不发光的，它有光是因为它反射了太阳的光。而日食和月食是因为太阳、地球、月亮三点一线，地球挡住了太阳就产生了月食，月球挡住了太阳就产生了日食。”这是阿那克萨戈拉最让人不敢相信的话。

“月亮上是有人居住的，并且还有山和峡谷。”这和中国关于嫦娥的神话故事有点儿相似。

“整个世界是由微小的物体混合而成的，就像金子是由金粉构成的一样，同类的小物体构成了大物质。而这些微小物体组合运动是以努斯或者心灵作为原则的。较重的物体比如土占据着靠下的部分，而较轻的物体比如火焰占据着靠上的部分，中间的则是水和气，这样一来，海洋就处在平坦的地面之上，而当被太阳蒸发之后，海洋就沉在湿气的下面。”

“星星在天空中运动就像是在一个旋转的圆穹中运动，以致那总是可见的天极竖直地悬在天空中，但随后天极就倾斜了。而星星是靠旋转留在天上的，运动停止就会掉下来。”这意思大概是地球是倾斜的，卫星总是环绕着地球而动的，如果不动，天上的卫星就会掉下来。

“银河是由星星的光反射形成的，这些星星并不是依靠太阳才闪亮，彗星是由喷射火焰的行星结合形成，流星则是空气发出的一种闪光。”事实上，银河就是由类似太阳的无数颗恒星构成的。(www.daowen.com)

“当空气被太阳烤热而变稀薄时就产生风。”冷热对流产生大气流动。

“雷声产生于云的碰撞，闪电产生于它们的剧烈摩擦。”现在谁都知道摩擦起电的理论。

明确记载的是，阿那克萨戈拉预言了流星雨。他说：“有一日，天上将会出现流星，火热的石块从天而降。”果然，之后不久，在色雷斯地区，出现了陨石雨，大如车载，闪闪发光。

虽然这些言论为他赢得了哲学家的称号，并引领了雅典的哲学气息，最终在雅典形成了哲学高峰，但在当时，阿那克萨戈拉却因为这些言论而被起诉。理由就是教士提出的一条法律：“一切不相信宗教者和一切对神明持不同见解者立即治罪”。关于这件事，有各种各样的说法。索提翁在《哲学家的师承》中说，教士克莱翁起诉了阿那克萨戈拉，控告理由是不敬神，因为他宣称太阳是块发热的石头。伯里克利帮阿那克萨戈拉做了辩护，他被罚款五塔伦特之后被放逐。而萨提罗斯在其《生平录》中说，起诉人是伯里克利的反对者修昔底德，控告理由除了不敬神之外，还说他叛通波斯。也许后一个理由更为充分。我们可以看到由于阿那克萨戈拉与伯里克利的交往，他被陷害了，他的言论“不相信宗教并且是不信神的”，据此，阿那克萨戈拉锒铛入狱。好在当时伯里克利尚未失势，因此阿那克萨戈拉交了一笔罚款之后被保释出狱，之后他就去了小亚细亚的兰萨库斯。

阿那克萨戈拉在兰萨库斯建了一所学校，授课讲学。在他死时，人们问他有什么遗愿，他说，在他死后的那个月里，给学生放假。

阿那克萨戈拉死于公元前428年。