清代是我国统一的多民族国家空前巩固和发展的时期。18世纪中叶，清朝先后平定了准噶尔贵族和大、小和卓的叛乱，统一了新疆，并采取了一系列卓有成效的治理措施，这对于我国西北疆域的最后界定，新疆各主要民族及其分布格局的形成，以及新疆各民族之间、新疆与中原之间的政治、经济、文化联系与交流，产生了深远的影响。

清乾隆二十四年（1759年）后，改称西域为“新疆”或“西域新疆”，清政府开始在新疆各地置官立府，行使中央政府对天山南北各地的管辖治理。新疆与内地的军政体制基本一致，国家的统一局面得到进一步加强。

1840年是中国近代社会的重要分界，鸦片战争以后，新疆和祖国其他地区一样，逐渐沦为半封建半殖民地社会。新疆各族人民反对外国入侵，反对分裂以及反对封建剥削压迫的斗争任务更为繁重。

第一次鸦片战争以后，大清王朝日益衰弱，中国领土主权遭到帝国主义的践踏。位处祖国西北边陲的新疆更深受沙俄侵吞之害。沙皇俄国在完成对西伯利亚的扩张之后，开始蚕食侵占我国领土。1860～1851年，沙俄迫使清政府签订丧权辱国的《中俄北京条约》、《中俄勘分西北界约订》和《中俄伊犁塔尔巴哈台通商章程》。由于清朝衰落，就连毗邻新疆的浩罕小国都有伺机吞并我国领土的野心。一些反动和卓打着“圣战”的旗号，攻城略地，无恶不作，给新疆人民带来沉重灾难。沙俄又借口伊犁农民起义和阿古柏势力威胁到俄国安全，打着保护和代守的旗号，公然出兵占领伊犁。新疆面临为外国瓜分侵占的危险。

清政府在经过一场所谓“海防和塞防密瓜”的争论之后，西北防务重新得到清统治者的关注和重视。光绪元年（1875年），陕甘总督左宗棠受令以钦差大臣督办新疆军务。清军入疆顺应历史潮流，得到新疆各族人民的拥护和支持。至光绪三年底，清军已陆续收复到天山南部诸地，阿古柏的侵略政权覆没。

清光绪七年2月，清政府使臣曾纪泽（曾国藩之子）经过与沙俄艰苦的谈判，几经周折，双方签订《中俄伊犁条约》，条约议定次年沙俄军队撤出伊犁，中国以赔款和允许俄商在新疆贸易不纳税，俄国在嘉峪关和吐鲁番设领事作为代价。1882年，伊犁终于回到祖国的怀抱。

清光绪十年（1884年），清政府发布新疆建省上谕，刘锦棠被任命为首任新疆巡抚。将迪化直隶州升为府，新疆军政中心由伊犁移到乌鲁木齐。实行以军府制为主体的多元性行政管理体制到单一郡县制的转换，使新疆行政建置与内地趋于一致。

清朝对新疆的经营，无论是规模和范围皆远胜以前历代，社会经济得到前所未有的进步和发展，具体表现在：①屯田戍边，农垦事业规模空前；②移民及人口增长；③矿产资源的开发利用进入一个新的时期；④商业贸易有一定发展；⑤兴办各种文化教育事业。

清王朝进入20世纪后，已是穷途末路，资产阶级革命运动日益高涨。革命党人的足迹，也踏上新疆的土地。1911年10月武昌起义不久，新疆革命党人刘先俊等人计划于迪化城策动起义，因叛徒出卖而失败。翌年，以杨缵绪、冯特民、李辅黄为首的革命党人在伊犁起义成功。宣告清朝在伊犁反动统治的结束。之后因清朝宣统皇帝退位，袁世凯命杨增新为新疆都督，杨增新采用软硬兼施的手段，迫使革命党人妥协，资产阶级领导的伊犁起义失败。但伊犁起义作为新疆各族人民在资产阶级革命影响下发动的旨在推翻清王朝，埋葬封建专制制度的伟大革命斗争功不可没。伊犁起义还激发了新疆各族人民反帝爱国斗争的热情和斗志。(www.daowen.com)

杨增新窃取伊犁起义成果，担任新疆都督后，实行专制独裁统治，制造民族不合，推行愚民政策，镇压不同意见。遭到社会各界的反对。在统治新疆17年后，终于死于统治集团内讧。1928年，愚昧不堪的金树仁继任新疆都督，社会动乱进一步加深。1933年末，金树仁被迫出逃。阴险狡诈的封建军阀盛世才接任都督，开始他长达10年之久的反动统治。

1933年是新疆的多事之秋。以穆罕默德·伊敏为首的大突阙主义分子妄图分裂祖国，破坏国家统一，但由于人心向背，几个月后就覆灭了。

盛世才是一个典型的反动政客。摆出一副积极治理新疆的虚伪面孔，积极发展同苏联的联系，妄图利用苏联人的支持保持自己“新疆王”的独裁地位。在一些进步青年的影响和苏联的帮助下，盛世才于1936年形成“反帝、亲苏、民平、清廉、和平、建设”的“六大政策”。1937年，卢沟桥事变后，中国共产党为了团结一切力量共同抗日，同盛世才结成抗日民族统一战线。1937年10月，盛世才同意我党在迪化成立八路军办事处，滕代远任主任。随后，党中央派遣了100多位党员来疆工作。

中国共产党人在新疆工作取得的成就使盛世才十分不安，1939年有意制造摩擦，冷淡关系。1941年德国法西斯发动侵苏战争，盛世才错误估计形势，公开与苏联、中共彻底决裂。制造所谓“四一二阴谋暴动案”捕杀中共党员，残酷杀害陈潭秋、毛泽民、林基路等中共党员，抛弃六大政策，投向国民党蒋介石。新疆沦入国民党反动统治之下后，各族人民生活日益恶化，阶级矛盾、民族矛盾更加尖锐。

政治局势的恶化孕育了三区革命风暴。三区革命是在国内外形势影响下，在苏联的支持和进步知识分子领导下的新疆各族人民反对盛世才和国民党反动统治的民族解放运动。

1943年3月，国民党政府发布命令要求各族人民捐献1万匹军马，交不出就按市场价格一倍的马价交现金。1944年8月，尼勒克县牧民首先发动反对“献马运动”的武装起义。成立“东土耳其斯坦共和国”临时政府。1945年初，革命军打败国民党。同年，三区民族军正式成立。

1945年8月14日，日本宣布无条件投降，同一天《中苏友好同盟条约》在莫斯科签字。国内外和平的呼声越来越强烈，蒋介石派张治中到新疆同三区革命政府进行和平谈判。1946年1月，双方签订11项和平条款，根据条款规定，改组新疆省政府，成立由三区革命代表、七区代表和国民党中央代表共同组成的新疆省联合政府，张治中任新疆省联合政府主席，阿合买提江、包尔汉任副主席，阿巴索夫任副秘书长。纠正三区革命初期的一系列错误，抛弃了“东土耳其斯坦”的旗号，团结新疆各族人民，使革命走上正确轨道。

1946年，国民党反动派发动内战，破坏和平。导致新疆省联合政府破裂。然而，国民党反动派悍然发动内战，并不能阻挡中国人民推翻三座大山的历史步伐。1949年，人民解放军已解放了全国大部分地区，国民党政权土崩瓦解。1949年秋，党中央派遣邓力群到伊犁与三区革命政府联系，三区革命政府踊跃响应。1949年9月，新疆警备司令陶峙岳、新疆省政府主席包尔汉分别通电起义，新疆宣告和平解放。接着王震将军率领中国人民解放军第一野战军第一兵团进驻新疆。1949年10月1日，新疆各族人民同全国人民一起，迎来了中华人民共和国的成立。“中国的历史，从此开辟了一个新时代。”