“素质教育”自提出之时，就始终面临着种种质疑甚至否定。虽然第三次全国教育工作会议已将“素质教育”视为中国教育改革与发展的基本纲领，但无论是在理论界还是在实践界，对“素质教育”持怀疑甚至否定态度的都大有人在。

归纳起来，各种反对观点可分为两大类。一类观点主要从素质教育与现有教育理论关系的角度，反对“素质教育”的提出。这种观点认为：我国教育界已有把全面发展教育作为基本原理指导各级各类教育实践，素质教育若与全面发展教育在基本思想上大同小异，当然没有必要多此一举再提出来；若不一致，则不应提出；古今中外已有许多优秀的且相对成熟的教育思想和教育理论，素质教育基本上未在这些理论和思想的基础上有多大的超越，所以也没有必要提出。另一类观点主要从对“素质”与“素质教育”的意义辨析出发，反对素质教育的提法。这种观点认为：“素质教育”迄今尚未形成公认的明确定义，说明它本身不是一个科学的概念，因此不宜提出；“素质教育”缺乏教育哲学基础，不像严谨的教育理论，更像是一个教育口号，它不仅在语义结构上不规范，存在着“语义悖论”，还在逻辑上自我矛盾，存在着“逻辑悖论”，而且在文化意义上内在冲突，也存在着“文化悖论”；“素质教育”在多方面反映出的自我相关与自我缠绕的矛盾性和不合理性，表明它还不是一个成熟的范畴，盲目提出只会扰乱教育思想和教育实践；素质具有朴素性，它本身有优劣之别和好坏之差，“素质教育”相应地可能会成为培养低劣或畸形素质的教育，显然不宜提出。(www.daowen.com)

应当承认，上述针对“素质教育”提法的各种质疑和反对，在客观上促进了对素质教育的概念和基本思想的深入探讨，深化了素质教育理论。但同时也要看到，这些反对观点大多在三方面失之偏颇。一是从固定的教条出发，毫无客观依据地反对“素质教育”的提出，表现在以“全面发展教育”排斥“素质教育”上。当“全面发展教育”被视为放之四海皆准的最高教育信条之时，素质教育无论是否与其相一致，都将面临被否定的命运。二是从纯粹的概念或理论辨析出发证伪素质教育。的确，素质教育首先是一种教育思想或教育理论，它的合理性在很大程度上反映在其概念的清晰与准确性和理论上的逻辑自洽性上，但这种反对观点没有意识到，素质教育是实践理性的产物，它本身也是随着实践逐步完善的。与最初极具口号色彩的素质教育相比，今天的素质教育理论无论是在概念上，还是在基本命题上，都显得更为严谨、更为系统了。至于从素质的优劣二重性出发提出的对素质教育的反对，更是违背了认识教育的基本思想方法，没有看到真正的教育必然包含着对理想境界的追求。三是从所谓的实践出发，反对提出素质教育。这种观点认为，素质教育并没有提出一套易于运作的程序，实际上也很难操作。这种观点忘记了素质教育主要是一种思想，它无意提供一套可供完全照搬的模式和程序。而且，它实际上反对将素质教育视为某种特定的教育类型，反对将素质教育与特定的模式相联系，因为这样容易将素质教育固化。此外，也有一些对素质教育的反对，源于对素质教育的过高期望。很多人以为只要提出并实施素质教育，现有教育中的一切理论与实践问题均可迎刃而解。其实，素质教育终究只是一种教育思想，是一种思考和解决现有教育问题的思路。具体如何落实这一思想，既取决于外部的社会环境，也取决于教育实践界的创造。人的良好素质的形成绝不仅仅是学校实施教育的结果。素质教育一旦被寄予了过高的期望，往往会招致怀疑甚至否定。因为现实的素质教育由于种种主客观因素的制约，往往难以达成预期的效果，使过高的期望变成失望的同时，也产生对素质教育的怀疑和否定。