生态保护与经济发展孰先孰后的辩论一般都以优先考虑经济增长为结局。资金计划由一系列经济度量标准支持，这些度量标准一贯保持着破坏环境或忽视社会后果的行为，例如，GDP、ROI、NPV、ROE这些指标都忽视了环境保护。金融市场短期回报周期要求总是被置于生态和社会系统的长期时间范围要求之上。由Setthasakko对泰国渔业所做的实证研究可知，人类行为和企业文化是阻碍企业向绿色转变的根源。该文阐述了CER的三个主要障碍，即缺乏系统视角、目标短期、缺少企业高层的认可。CER障碍可分为制度障碍和认知障碍。习惯力量造成个体认知和社会制度问题，拒绝改变并同时拒绝新式政策和指标。这些造成了心理和文化限制，改变了个人和组织对一些议题，如污染防控和濒危物种保护的认同。从制度上来说，这些组织机制，例如已有的失调的酬金和激励系统，会使得个体管理者更愿意完成短期个人目标而不是可持续的组织的长久目标。只有在组织内做出交流和网络化的改变才能有助于接受绿色生产和消费的形式。

从认知上来看，经济收益重于生态关注。认知壁垒经常会导致不信任。组织机构的文化多样性也是运营成功的一个主要障碍，而企业文化从聚焦经济驱动目标转移到整合生态关注和商业计划目标上却很困难且缓慢。(www.daowen.com)

一些发展中国家面临着更多障碍，例如腐败，执行和监管不力，在不遵守的情况下缺乏惩罚和制止机制，罚款仅被当作经营成本等问题。监察人员缺乏、官员腐败和法庭对违法行为的宽待处理都促使企业选择不遵守相关法律法规。环境保护规定的效果，或者说遵守，主要依靠减排的成本、相关法律的详尽程度、行业承担减排成本的能力、惩罚措施以及对违法违规事件的洞察能力。为了跨越这些障碍，至关重要的是改变原有的对环境保护不利的信条和价值观。加大员工培训和与之沟通交流更有利于增加员工环境保护意识、知识和推进采用EMS。