白垩纪末期生态环境发生了翻天覆地的变化，这直接带来了生物大灭绝，使蕨类、裸子等植物和以非鸟恐龙为代表的大型爬行动物淡出了历史舞台，这给被子植物和哺乳动物带来了巨大的生存空间，它们凭借着自身繁殖能力的增强和对环境的适应能力迅速占领了世界。

图5.1　重庆第四系地层分布图

受喜马拉雅造山运动早期影响，新近纪中晚期的重庆相对周边地区处在一个较高的位置，风、雨、雪等带来的风化剥蚀作用占据了主导，导致重庆古近纪—新近纪（距今约6 600万年至258万年）地层完全缺失，这段时间形成的化石均被破坏或搬运到相邻地区，使得重庆古近纪—新近纪的生物面貌无法直接恢复（图5.1）。根据相邻区域（如湖北、陕西、云南等地）的古近纪—新近纪化石，以及重庆早更新世化石推断，古新世的重庆为陆地，哺乳动物可能主要为古有蹄类（踝节类和钝角类）和古食肉类，例如中国中兽（图5.2），这些动物与今天的哺乳动物完全不同，但由于重庆古新世的地层极不发育，如今仍未发现。在始新世和渐新世，今天哺乳动物的祖先广泛形成，如啮齿类（如竹鼠、豪猪、豚鼠、松鼠）、兔形类（如野兔、鼠兔）、食虫类（如刺猬、鼩鼱、鼹鼠等）、灵长类（如猴、猿）、翼手类（如蝙蝠）、奇蹄类（如犀、貘）、偶蹄类（如牛、羊、鹿、猪）、长鼻类（如象）和食肉类（如猫、狗、狐、虎、豹、獾等），这些祖先的典型代表有凶猛的伪剑齿虎和粗壮的雷兽（图5.3）。在新近纪后期，处在陆地的重庆可能曾生存过铲齿象、乳齿象、羚羊、剑齿虎、鬣狗、犀牛等动物（图5.4）。

图5.2　古新世的中国中兽复原图(www.daowen.com)

图5.3　始新世的伪剑齿虎和雷兽复原图

图5.4　新近纪动物世界复原图

当重庆进入更新世（距今258万年至1.26万年），新近纪以来的剥蚀作用使得重庆处在一个海拔相对较低的位置。早更新世早期，气候变得寒冷，重庆地区进入冰期，开始沉积大量地层。在此后的时间里，重庆经历冰期与间冰期的冷暖交替变化，生物也伴随着气候的变化而发生灭绝和迁徙。虽然环境的变化比较大，但并未出现全国乃至全球性大区域的灭绝性事件。