基于16S rRNA分析的FISH技术，可实现对特定环境中活性微生物的原位观测，不仅可以提供目标微生物种群的存在形态和空间分布状况信息，还可以通过荧光强度分析其种群丰度。图6-8展示了不同氨浓度下功能微生物的FISH观测结果。

可见，在不同氨浓度反应器的快速产甲烷阶段，污泥中均出现了大量甲烷八叠球菌Methanosarcina sp.，呈形状不规则的多细胞聚集体形态，直径约10～100μm，或黏附于污泥碎片之间，或形成较小的聚集体悬浮于液体中。且甲烷八叠球菌的信号明亮，说明其处于代谢活跃状态。

图6-8 功能微生物种群的FISH观测结果(www.daowen.com)

对于其他产甲烷菌种群，包括甲烷鬃毛菌和氢营养型的甲烷杆菌和甲烷微菌，则仅在快速产甲烷期检测到微弱信号（图片未显示），随后即消失。焦磷酸通量测序及序列分析结果显示，甲烷杆菌目和甲烷微菌目仅以较低的丰度存在。上述结果表明，氢营养型产甲烷菌处于低活力状态或者其丰度过低，因此，难以在FISH实验捕获其信号。采用EUB338-mix探针检测细菌的存在，发现在接种物中存在球形和短杆状的细菌细胞，其长度从＜1μm到几μm不等；而在培养过程中，仅在液相中发现了细菌信号，且高氨浓度下仅存在球形产甲烷菌。FISH检测结果进一步说明，一些细菌种群也参与了乙酸的降解过程。

以上分析结果均说明，甲烷八叠球菌Methanosarcina sp.为高乙酸浓度下的优势微生物种群。与其他嗜乙酸微生物相比，该产甲烷菌类群具有较高的竞争优势，且对氨胁迫具有一定的耐受力。