采用PCR-ARISA方法，对不同培养阶段采集的样品DNA（包括分级和未分级的），进行了古菌和细菌的ARISA图谱分析（图6-7）。

图6-7 DNA-SIP实验各反应器的细菌和古菌ARISA图谱

首先，分析已分级的DNA的图谱。对于古菌，在重DNA（H-D_H9和H-D_L5）的图谱中仅存在440-bp和500-bp长度的两个片段，这两个片段可能代表了乙酸营养型的甲烷八叠球菌属Methanosarcina和甲烷鬃毛菌属Methanoseata。而轻DNA（L-D_H9和L-D_L5）的古菌ARISA图谱则展示了更高的丰富度，除了上述片段外，还包括了330-bp、560-bp、585-bp、600-bp和650-bp长度的片段。这些片段可能代表氢营养型产甲烷菌（包括甲烷杆菌目Methanobacteriales和甲烷微球菌目Methanomicrobiales）或者泉古菌门Crenarchaeota的微生物种群。对于细菌，250-bp、300-bp和360-bp长度的片段仅存在于重DNA的图谱中，因此可能代表了耐氨胁迫的细菌种群。(www.daowen.com)

图6-7还展示了不同氨浓度下，活跃和惰性微生物种群结构随时间的变化特征。在代表活跃微生物的重DNA古菌图谱中，低氨浓度和高氨浓度下培养的早期阶段，440-bp和510-bp长度的片段颜色最深。而到培养晚期，其他片段（如330-bp、560-bp和650-bp长度的片段）开始出现，表明在底物充分和限制状态时，代谢活跃的产甲烷菌种群发生了变化。由此推测，在培养初期，乙酸营养型产甲烷菌为优势种群；随着乙酸逐渐被消耗，微生物生存的环境发生改变，其他类型的产甲烷菌，如氢营养型产甲烷菌，亦开始参与13C的同化过程。活跃产甲烷菌种群结构的变化，也在未分级DNA的ARISA图谱中得到展现。在低氨浓度环境中，这种变化更为显著。

在整个培养过程中，细菌种群结构的变化并不显著。但是，通过比较不同时期重DNA组分的ARISA图谱，仍可以看出，250-bp、300-bp和360-bp长度的片段为早期图谱的优势片段，这些片段几乎未在轻DNA图谱中出现；随着培养时间的延长，其他长度的片段也开始出现于重DNA细菌图谱中。此种变化表明，一些细菌种群也参与了乙酸中碳的代谢，且在不同培养阶段，活跃的细菌种群的丰度和种类发生了变化。