1.液相样品DNA提取——酚氯仿提取法

（1）将盛有1.5～2 mL液体样品的Eppendorf管于8 000 r/min下离心5 min。

（2）弃去上清液，向沉淀物中加入500μL的AE缓冲液（200 mmol/L乙酸钠，1 mmol/L EDTA-Na2，pH 5.5）和50μL 25%（w/v）的SDS溶液。

（3）加入体积约为0.4 mL的锆珠（直径1 mm）。

（4）将Eppendorf管置于Mobio振荡器上以最大速度振荡10 min。

（5）再以13 400 r/min转速离心2 min。

（6）准备PLG（phase lock gel）管（Eppendorf，Light，2 mL），将其于14 000 r/min转速下离心30 s。

（7）将上清液吸出，放入离心过的PLG管内（Eppendorf，Light，2 mL），并加入550μL酚氯仿溶液（苯酚∶氯仿∶异戊醇=25∶24∶1），充分混合振荡。

（8）以14 000 r/min转速离心5 min。

（9）吸出上清液，转入另一个PLG管内，重复以上操作。

（10）吸出上清液，转入1.5 mL的Eppendorf管中，并加入500μL异丙醇和50μL乙酸钠溶液（3 mol/L），混合并置于-20℃下培养1 h。

（11）以13 000 r/min转速离心30 min。

（12）弃取上清液，用500μL 70%的乙醇溶液清洗沉淀。

（13）以13 000 r/min转速离心5 min。

（14）弃取上清液，用200μL 100%的乙醇清洗沉淀。

（15）以13 000 r/min转速离心5 min。

（16）弃取上清液，于超净工作台内的气流下使乙醇挥发15～20 min，直至沉淀物（即提取出的DNA）干燥。

（17）加入100μL TE缓冲液，振荡使DNA溶解，将DNA溶液保存于-20℃冰箱中。(www.daowen.com)

（18）DNA浓度采用QuantiTTM dsDNaHS分析试剂盒（Invitrogen）测试，测试范围0.2～100 ng/μL，在Qubit®2.0荧光仪上进行浓度的读取。

2.固相样品DNA提取——酚氯仿提取法

（1）向2 mL Eppendorf管中加入颗粒污泥0.2～0.3 g，加入同质量的石英砂，600μL提取缓冲液（100 mmol/L Tris-HCl，100 mmol/L EDTA-Na2，1.5 mol/L NaCl），震荡5～10 min。

（2）加入60μL 20%（w/v）的SDS溶液，继续震荡。

（3）65℃水浴1 h。

（4）于10 000 r/min下离心10 min，收集上清液于2 mL Eppendorf管中。

（5）再向沉淀中加入200μL提取缓冲液，震荡混匀，于65℃水浴10 min后再在10 000 r/min下离心10 min，与第（2）步中上清液收集于同一管中。

（6）向上清液中加入等体积30%（w/v）的聚乙二醇/NaCl（1.6 mol/L）混合溶液，于冰盒中培养2 h。

（7）于16 000 r/min下离心30 min，将核酸沉淀重悬于540μL TE中。

（8）加入60μL乙酸钠溶液（3 mol/L，pH=5.3），于16 000 r/min下离心30 min。

（9）将上清液转移到1.5 mL Eppendorf管中，用等体积苯酚-氯仿-异戊醇（体积比25∶24∶1）溶液抽提两次，取上层液体，再用等体积氯仿-异戊醇（体积比24∶1）抽提两次。

（10）用0.6体积的异丙醇沉淀核酸，于冰盒中放置30 min后在16 000 r/min下离心30 min。

（11）弃取上清液，用70%的冰乙醇溶液（4℃）洗涤核酸沉淀。

（12）于16 000 r/min下离心10 min，弃取乙醇，待剩余的乙醇挥发完全后，加入100μL TE溶液溶解核酸。

（13）将核酸溶液保存于-20℃冰箱中。

（14）DNA浓度采用NanoDrop 2000型分光光度计（Thermo Scientific，U.S.A.）测试。