综合分析1900 年至1949 年中国教育社团运行的史料可以看出，行政部门下属的各种委员会运行较为平顺，但它们的运行也大都依指令和惯例行事，上级行政部门若能正常运行，社团平顺运行也在常理之中。在这期间，虽然各级教育会的运行发生问题的概率多起来了，但相对于非教育会的民间教育社团又相对平稳。教育会常出现的问题是不同权力与势力之间的争夺，权力把持者与专业人员之间的冲突，各种不同观念的争论比拼。非教育会的民间教育社团是运行中出问题概率最高的，由于它们的存在受到自身凝聚力、经济实力、社会压力、专业能力等多方面的影响，一遇到内外因素的变化就会直接导致运行搁浅。

即便如此，依然有少数非教育会的民间教育社团运行得比行政部门的下属委员会、各级教育会还好，中国科学社和中华职业教育社便是这样的例证。

各种教育社团运行中出现频次较高的问题主要有以下三种：

一是运行方式和路径局限。在整个社会对社团的认识不充分的情况下，社团的运行空间受到挤压，导致教育社团运行方式与路径都存在社团自身难以克服的局限。前述五种运行方式，本身就不多，每一种方式的使用都需要经费、人员、场地等作为条件，这些条件中少一项就无法开展活动，而不少教育社团还仅采用其中的一两种，于是运行方式有限成为社团开展活动遇到的障碍。

在运行路径上，需要社团的成员去探索，华法教育会、寰球中国学生会都是自主探索出一条独特的运行路径的，而各级教育会在这方面就比较保守，几乎不去探索新的运行路径。其他非教育会的教育社团则苦于社会资源不丰富，社会上与之有共识者少，活动对象与用户不明确，自身思路与能力有限等各种原因而找不到适合自己的有效路径，只能简单跟随、模仿其他社团运行的路径，从而降低了运行效果。

二是执行力不强。教育社团自身都缺乏独立完整地完成某一社会与教育变革行为的执行力，所以必须在运行中不断寻找有共同认识的个人和机构参与、支持。行政部门下属委员会依靠上级行政部门的公权力可以强化自身的执行力，教育会也在一定程度上有此种借力效应，从而显得还有一定的执行力。(www.daowen.com)

民间教育社团则完全要靠社会对自己的认同、信仰获得执行力，因而多数教育社团被社会认为是有想法、有说法，却很少有做法，也很难把事做成的组织。但在特定时段和特定时间点，民间教育社团也会有巨大的执行力，比如国家教育协会在收回教育权运动中的执行力超过政府行政部门，更超过它们下属的委员会和各级教育会，华法教育会和寰球中国学生会也曾一度执行力超越了政府部门。但是由于内外各种因素的共同作用，其执行力的可持续性不强，说明强劲的执行力除了社团自身的重要作用外，还与时势及其他外部环境相关。

三是运行效率较低。不少教育社团花费的力量不小，收到的成效不高，运行的效率低。

评价教育社团运行是否有效，主要看教育社团通过运行是否实现了自己所确定的目标，以这样的标准来衡量，多数教育社团运行的效率是较低的，其中包括行政部门下属的教育社团、教育会和部分民间教育社团。低效的原因有两个，一个是教育社团自身不能或不会科学合理地设置自己的目标，或目标摇摆、模糊、宽泛、过高，导致运行是盲目的、往复的，无法产生效果。另一个是自身实现目标的能力不足、路径不清晰、社团成员间不能有效配合形成合力，或在运行中半途而废。

教育社团运行中存在的上述问题也是中国现代教育社团发育不够成熟的表现。相对而言，发育比较成熟的社团出现各种问题的概率就小得多，问题较多的大多是不够成熟的教育社团，学生社团和因为各种运动而组建的社团运行中发生问题较多就是实际例证。