教育社团运行质量是教育社团整体质量的重要体现。在数以百计的中国现代教育社团中，运行的质量参差不齐。运行质量高的不多，依据目标达成度、运行方式优化度、社团成员参与度等指标对各个社团加以评量，运行质量较好的教育社团最多仅能占到当时教育社团总数的5%，能够正常运行的社团仅占当时教育社团总数的20%，其余的教育社团不能正常运行。简言之，中国现代教育社团的总体运行质量不高，具体的体现如下。

社团章程中所确立的宗旨和目标不能有效实现。不少教育社团在确立宗旨的时候立意崇高，在制定自身目标的时候选择高远，一旦运行起来就显得过高过难不可及，将它们运行的实际情况与它们所确立的宗旨与目标对照就可看出巨大的差距。出现这种情况当然与一些教育社团确立宗旨和目标的时候过于天真、理想，不了解实际情况直接相关，更多的问题出现在运行过程中。因为确实有一些社团如果能正常运行，它们所确立的目标宗旨在当时的条件下还是可以实现的，但由于运行出现了意气用事、内部分歧、不能持久等问题，最终连本该实现的目标也未能实现。

社团运行中的方式和路径未能经过相应的程序优化。分析文献可以看出，不少教育社团运行质量不高是由于社团内不能够汇聚众人智慧，不同成员间的性格不能调和，宗派观念较重，遇事未经商议就行动，行动过程中又未能制订较为完善稳妥的方案，未能选择较为优化的程序，经常出现盲行盲动，激情高过理性。少年中国学会、国家教育协会以及不少以学生为主要成员的教育社团都不免带有这些特征。

相对而言，各级教育会、政府部门下属的委员会由于通常是看上级行政部门的要求行事，循规蹈矩，例行公事，也很难吸纳专业意见优化程序，并依靠相关部门的强制力施行那些未能优化的方案，从而也很难提高教育社团运行质量，反倒是成员优秀的民间教育社团运行质量超过行政部门所属的教育社团和各级教育会。(www.daowen.com)

社团成员在运行中的参与度不高。不少教育社团内部存在一言堂的现象，或不同人的话语权不平等，因此虽然社团成员人数不少，但多数成员仅名列其中，参加过一两次活动后便与该社团没有任何关系；或者多次参与却仅是浅层次的参与，不发表意见，不参与商议，身在心不在。社团的运行虽然有较大的框架，却是靠少数几个人苦撑，一遇到内部矛盾或外部压力便无以为继。

抗日战争是对众多教育社团运行质量的一种检验，全面抗战开始后，各方面条件都异常困难，但中国物理学会的活动没有中止。1939—1944年间共召开年会6 次。由于战时交通甚为不便，自1942 年开始，年会分散在各处举行。1942 年和1943 年的年会分别在昆明、重庆、成都、兰州、贵阳、桂林等6 个地方举行。1942 年中国物理学工作者还分别在重庆、贵阳、昆明和福建永安等地举行了牛顿诞辰300 周年的纪念大会。《中国物理学报》出版至第3 卷第1 期后因战争爆发而停刊2 年，1939—1945 年在异常困难的情况下一共出版了5 期。其中有些用粗糙的土纸印刷，质量低劣，但论文保持往常的水平，这里凝聚了当时不少中国物理学者的心血。

类似中国物理学会这样的教育社团之所以能在艰难条件下不受太大影响而正常运行，是由于有叶企孙等骨干成员在学会活动中实事求是、一心为公。由此可见，决定教育社团运行质量的第一个因素是骨干成员的素养，包括他们的观念、能力、规则意识、韧性与耐力。再就是该社团的设计是否科学合理，是否有规范的章程、明细的规则，能否将贤能的人推举出来管理社团。当然，教育社团的运行质量还与当时社会的环境，尤其是行政体系的状况及其是否对教育社团有不当的强力干扰直接相关。社会各方面以什么样的态度对待教育社团开展的各类活动也在一定程度上影响教育社团运行的质量，社会的过度漠视和强力抵制都会使教育社团无法正常运行。