在我国的课程设置中，历来存在着课程结构不合理的弊端，新《课程计划》虽说有所调整，但迈出的步伐并不是太大，没有从根本上解决这个问题。课程结构不合理主要表现在以下几个方面：

首先，学科课程所占比例过大，活动课程所占比例太小。未调整之前，在“五·四”学制课程计划中，课时总量为10366课时，其中学科课程8184课时，活动课程1216课时，分别占课时总量的78.95%、11.73%；而在“六·三”学制课程计划中，学科课程为8038课时，活动课程为1420课时，分别占课时总量10162课时的79.10%、13.97%。课程计划调整后，在“五·四”学制中，学科课程为7708课时，活动课程为1014课时，分别占课时总量9420课时的81.83%、10.76%；在“六·三”学制中，学科课程为7600课时，活动课程为1082课时，分别占课时总量9250课时的82.16%、11.70%。由此我们可以看出学科课程与活动课程对比之悬殊，且活动课程大多局限于班团队活动、晨会（夕会），使人易产生活动课程等同于课外活动的错觉。

其次，分科课程所占比重过大，综合课程所占比重太小。在1992年颁布的《课程计划》中，把小学阶段的历史、地理综合成社会课，可以说是我国课程改革的一个进步，但尚嫌不足的是综合课程的比重太小。课程计划未调整之前，在“五·四”学制课程计划中，综合课程（即社会课）为204课时，占小学阶段课时总量5610课时的3.6%；在“六·三”学制课程计划中，综合课程为204课时，占小学阶段课时总量6528课时的3.1%。课程计划调整后，在“五·四”学制中，综合课程为170课时，占小学阶段课时总量4998课时的3.4%；在“六·三”学制中，综合课程为204课时，占小学阶段课时总量5950课时的3.4%。而在中学阶段则没有明确提出综合课程。(www.daowen.com)

再次，在我国的课程设置中，基本上都是必修课，选修课太少。在1992年颁布的《课程计划》及其调整以后的《课程计划》中，小学和初中基本上都是必修课，没有选修课。所有的学校都开设一样的课程，所有的学生都学习同样的内容，造成了“千校一面”和“万人一书”的局面，忽视了学生之间的个性差异，抑制了学生的发展。仅仅在高中阶段开设有选修课，如调整后的《课程计划》规定：高一每周必修课为28课时，选修课为2课时；高二每周必修课为27课时，选修课为2课时；高三每周必修课为14课时，选修课为15课时。选修课在高一占6.7%，高二占6.9%，高三占51.7%。世界上许多国家从初中（有的甚至从小学）开设设置选修课，而我国仅从高中才开始设置，且高一、高二不到10%，高三则超过50%，从而体现出选修课程设置的滞后性和不平衡性。

最后，基本上都是文化基础课，缺乏职业技术职业课程。新《课程计划》虽增加了职业技术课，并作了明确的规定，但由于并未固定课时，同时也由于学科门类过多，课程安排得太满，使得职业技术课流于形式，许多学校尤其是农村中学甚而没有职业技术课这个概念。