京师朱子学派的重要代表者是藤原惺窝及其弟子林罗山。

藤原惺窝（1563—1619）是名门贵族藤原氏冷泉家的后裔，名肃，字歙夫，号惺窝，播磨国（今兵库县）三木郡细川村人。他七、八岁时入景云寺为禅僧，三十岁左右放弃佛教信仰，归依朱子学。惺窝弃佛归儒的一个重要原因是受到朝鲜李朝朱子学的影响。1590年朝鲜通信使许箴之来到日本京都访问，惺窝前去拜访。但因许箴之是李朝朱子学的权威代表李退溪门下三杰之一——柳希春的高徒，由于“儒佛不同道”的缘故，许箴之作书送与惺窝。书中说道：“你是佛释之流我乃圣人之徒，儒佛不同道，故我不能触犯圣人戒律，陷入异端。”书中强调的“儒佛不同道”的思想，对于习惯于禅儒一致风气的惺窝来说，是一次很大的冲击，此后，1598年他又与作为丰臣秀吉侵朝俘虏的姜沆相会。姜沆也是一位造诣较深的李退溪学派的朱子学者。惺窝仰慕他的学识，向他请教朱子学。1599年，惺窝在姜沆协助下，完成了《四书五经倭训》。这是日本的第一部用朱熹观点解释四书五经的著作。《四书五经倭训》的编纂表明惺窝从佛教转入朱子学。

弃佛归儒的藤原惺窝在日本朱子学发展史上占有重要位置。这是因为他使朱子学最终摆脱了禅学的束缚，走上完全独立发展的道路，开一代朱子学新风，被誉为日本朱子学的开创者。

惺窝是从两个方面完成了使朱子学摆脱佛学的束缚，而成为独立学派这一历史使命的。一方面，他对佛教采取批判态度。他以“释氏既绝仁种，又灭义理，故为异端”来批判佛教的出世主义。认为净土不在往生来世，而是在秽土现世，即在各自心的深处。这是以朱子学的现世主义批判佛教的出世主义。

另一方面，他对朱子学采取弘扬态度。他遵照朱熹观点解释“理”观念：理是形而上的根本，人和万物均以“理”为本。理是天道。理在天还未赋予物以前叫天道，赋予物以后为理；理在还未明性以前叫性，明性以后为理。他还倡导朱熹的“理一分殊”说，认为理是一般，但当它分散于个别事物之中，万物又均以理为本，这是分殊。总之，惺窝对朱子学只是宣传、继承，并无发展、创造，虽然仅此而已，但却使朱子学在日本成为独立的学派，标示着日本朱子学的形成。为此，黄遵宪在《日本国志》中说：“自藤原肃始为程朱学，师其说者，凡百五十人。”

日本朱子学的另一位开创者是藤原惺窝的高足弟子——林罗山。林罗山（1583—1657）名忠，字子信，号罗山。祖籍加贺（今石川县），后徙纪伊（今和歌山县）。他是德川时代一位重要的政治家、哲学家和思想家，是德川文化的开创者。如果说藤原惺窝在日本朱子学发展史上的贡献是使朱子学摆脱了禅学的桎梏，走上独立发展道路的话，那么林罗山的功绩则是使朱子学成为德川时代占统治地位的官方哲学思想。

林罗山也是一位脱佛入儒的学者。十八岁时读《朱子集注》，心服之，于是聚徒讲解朱注。二十二岁时闻惺窝高名，拜其为师。从此，学业精进，成为惺窝门下第一流名儒。二十三岁时，经惺窝推荐，谒见幕府将军德川家康。席间，罗山应家康询问，辨析中国古事、规谏日本朝纲，颇中家康之意。以此为契机，罗山进入幕府统治阶层，历仕家康、秀忠、家光、家纲四代将军。自此，罗山协助家康用幕藩制和朱子学，整顿了日本的政治机构和意识形态，使之制约和影响着德川前期日本人民生活的一切领域。罗山在幕府将军的庇护下，通过锁国性、警察式的思想取缔，镇压朱子学之外的“异学”，使其成为德川文化的骨干，并终生致力于维护朱子学为官学的独尊地位。林罗山在把儒学从僧侣手中解放出来，使朱子学成为德川幕府的统治思想过程中，作出了历史的贡献。

林罗山之所以能使朱子学成为德川前期的官方哲学思想，除了借助幕府的政治手段之外，还由于他对朱子学的弘扬和发展。在学术思想上，他从合理主义方面发展了朱熹“理”的思想，提倡“理气合一”说。首先，他从“理”与“气”相互作用的角度，来谈理、气一而二，二而一的关系。他非常赞赏王守仁（王阳明）“理是气的条理，气是理的运用”这一思想，认为“理”与“气”就是这样一种相互依赖、相互作用的关系。其次，他从宁宙自然构成的角度，来谈理与气不可分离的关系。他视太极为“理”，阴阳为“气”。阴阳之气渗透于太极之理中，而太极之理中又固有阴阳之气。太极之理反应于人类社会有仁、义、礼、智、信五常之理；阴阳之气表现于自然社会有水、火、木、金、土——五行之气。而五常之理与五行之气，又呈现出我中有你、你中有我状态。这样，太极、五常（理）与阴阳、五行（气）相互融洽，构成了宇宙自然。

林罗山从维护朱子学的角度，用“理”为武器，批判当时盛行于日本的基督教。这场理论斗争表现为罗山与《妙贞问答》作者不干的辩论中。《林罗山文集·批耶稣》中记录了这次辩论经过：

春（林罗山）问：“耶稣教认为天主创造了天地万物，那么造天主者是谁呢？”

于（不干）答：“天主无始无终，天地曰造作，天主曰无始无终。”

春追问：“理与天地有前后乎？”

于回答：“天主者体也，理者用也。体者前，用者后也。”(www.daowen.com)

春指面前一器物说：“器者体也，所以作器者理也。可见，理者前而天主者后也。”

于不解说：“灯者体也，光者理也。”

春又说：“所以光为灯者，理也；光者非理也。因此，理为体、为先。”

于犹不解说：“作一器之念起处为理，一念不起以前元无想无念而有体，然则体前理后也。”

春批评说：“不可也，不谓无想无念。唯言理与天主而已。无想无念之时，有理而存。”

林罗山用理为体、为先的思想，反对神创说，其哲学意义在于用一种哲理、思辨来批判神秘主义。

除藤原惺窝和林罗山而外，京师朱子学派的另一位重要代表者是新井白石（1657—1725），名君美，字在中，号白石，江户（今东京）人。新井白石着重发挥了朱熹的“穷理”思想，认为“穷理”就是对绝对真理的追求，就是对自然规律的追求。由于朱熹最终所要探求的是那个超感觉、超时空的、形而上的先验之理，所以穷理的结果仍然是先验的。而新井白石则将“穷理”作为追求一切真理、认识客观事物的手段和途径。通过“穷理”，在历史学中他力图揭示日本在社会历史发展的规律，成为日本科学历史学的先驱；通过“穷理”，在自然科学中他了解了西方自然科学的价值，对经验科学产生了浓厚的兴趣，成为日本西学的开祖；通过“穷理”，在经济学中他成为德川时期经济论的三大创始人之一和著名的经世家。为此，日本学者骄傲地称他是德川思想史上的一颗明星。

对于历史研究，白石不满足于对历史事件只作编年式的记述或只作伦理的评价，而是力图从“理”的观点，合理主义地对历史上的因果关系，作出客观的说明。如他研究神代史，从“神者人也”这一命题出发，凡属传说是神的所作所为，都作为“人事”加以解释。这与以前把日本历史作为神统相比，是很大的进步。他参考中国历史，认为日本历史上的所谓“神代”，大体上相当于中国周末秦初时期。这是他对日本历史的合理主义考证。新井白石的历史观有两个特点：一是不停留于尚古，而是面对现实，与中国春秋公羊派（常州学派）相似；二是带有合理主义、实证主义色彩，由此使他成为日本科学历史学的先驱。

白石主张最大限度地发挥朱子学的“穷理”精神，将“穷理”思想贯彻于一切领域之中，他在《西洋纪闻》这部著作中，大力提倡和宣传西方先进的自然科学和技术。他把西方的自然科学同基督教有关造物主、天堂、地狱、不灭的灵魂等观念区别开来，承认前者的优越性和后者的非科学性，明确了西方“形而下”文化是有价值的，是和基督教有所不同的。这种卓有远见的观点打破了当时日本禁教时将西方文化同基督教相混淆的偏见，同时也启发了日本政府后来的文化政策，即移植西方自然科学和技术。同时，白石还以身实践朱子学的“穷理”精神，在实际考证基础上，他在本草学、地理学、军事学等科学方面都有较深的造诣，并写出了许多论著，促进了经验科学的勃兴。

在朱子学“穷理”精神指导下，为探究实际有用的学问，新井白石对经世济民抱有浓厚兴趣，成为一位经世家。在德川政府财政困难之际，他提出了治国理民的五条纲领，使他同熊泽蕃山、获生徂徕一起被后来的学者视为德川时期经济论的三大创始人。

朱熹的“穷理”思想在新井自石身上得到了充分展现。他的“穷理”，是对历史发展根源、科学发展规律、社会发展方向的追寻。这是他对朱子学的改造和发展。