中国朱子学最初传入日本是在镰仓幕府（1192年—1333）的初期。镰仓幕府是关东武士首领源赖朝在关东地区的镰仓（今东京都附近）建立的以武士为中心的政权。武家政治奖励海外贸易，而宋代的学术文化，也恰好适应了日本新兴武家政治的需要。因为武家极力吸收中国的净土宗和禅宗。这样，宋代赴日的中国僧侣和日本来宋的日本僧人，在传播和学习净土宗、禅宗的同时，还将大量有关朱子学的书籍带到了日本。所以，在朱子学传播过程中，起重要作用的是中日两国的僧侣。

据说朱子学的最初传入者是日本禅僧俊芿。俊芿法师于1199年由两位弟子陪同，来到中国，先在四明（今浙江省鄞县）学禅学。后到华亭（今上海松江县）跟北（足+间）禅师学习朱子学。他于1211年回到日本。他回国时携带了大量书籍，其中儒家书籍就有236卷之多。“宋书之入本邦，盖首乎俊芿等，多购儒书回自宋。”另外，还有一种说法，认为在日本，朱子学的首倡者是入宋僧巴尔。他于1241年回国时带回大量儒佛书籍，其中有朱熹著作多卷，如《晦庵大学或问》《晦庵中庸或问》《论语精义》《孟子精义》等。自巴尔后，禅僧天佑、净云等陆续入宋归日，在日本传播禅宗和朱子学。

与此同时，中国僧侣也前往日本，在传授朱子学中起了很大作用。其中著名的有圆尔辨圆、兰溪道隆、子元祖元、一山一宁等僧侣。这些人都是通晓朱子学的禅僧。他们在日本一面传授禅学，一面传授朱子学，使朱子学在日本得到很快传播。到后醍醐天皇时代，禅僧玄惠法印开始为后醍醐天皇进讲朱熹的《四书集注》，使朱子学登上了宫廷讲台。室町幕府时代（1336—1602）京都成了日本文化中心。号称京都的五山禅僧（天寺寺、相国寺、隶仁寺、东福寺、万寿寺等寺院的禅僧）经常在一起学习、研讨朱子学。室町后期的禅僧桂庵开始用“和点”（日文训点）标点朱熹的《四书集注》，并于1481年出版了朱熹的《大学章句》。由此，中国朱子学在日本得到了广泛而深入的传播。(www.daowen.com)

中国朱子学在日本的传播整整用了四百年时间。然而，朱子学在其传播的四百年中，始终从属于佛教，没有摆脱佛教的束缚。一直到了德川时代（1603—1867），朱子学才摆脱了佛教禅学的羁绊，走上了独立之路。

德川时代日本朱子学可分为五个学派，即：京师朱子学派、海西朱子学派、海南朱子学派、大阪朱子学派和水户学派。它们各自从不同的侧面继承、发展了朱熹思想。